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万見
- PDB-2cb6: Crystal structure of the catalytic domain of the mosquitocidal to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cb6
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of the mosquitocidal toxin from Bacillus sphaericus, mutant E195Q
要素MOSQUITOCIDAL TOXIN
キーワードTOXIN / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Clostridium botulinum HA-17 domain / : / Scabin-like / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins ...Clostridium botulinum HA-17 domain / : / Scabin-like / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mosquitocidal toxin
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SPHAERICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Reinert, D.J. / Carpusca, I. / Aktories, K. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the Mosquitocidal Toxin from Bacillus Sphaericus.
著者: Reinert, D.J. / Carpusca, I. / Aktories, K. / Schulz, G.E.
履歴
登録2005年12月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOSQUITOCIDAL TOXIN
B: MOSQUITOCIDAL TOXIN
C: MOSQUITOCIDAL TOXIN
D: MOSQUITOCIDAL TOXIN
E: MOSQUITOCIDAL TOXIN
F: MOSQUITOCIDAL TOXIN
G: MOSQUITOCIDAL TOXIN
H: MOSQUITOCIDAL TOXIN
I: MOSQUITOCIDAL TOXIN
J: MOSQUITOCIDAL TOXIN
K: MOSQUITOCIDAL TOXIN
L: MOSQUITOCIDAL TOXIN
M: MOSQUITOCIDAL TOXIN
N: MOSQUITOCIDAL TOXIN
O: MOSQUITOCIDAL TOXIN
P: MOSQUITOCIDAL TOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)526,70816
ポリマ－526,70816
非ポリマー00
水00
1
A: MOSQUITOCIDAL TOXIN
B: MOSQUITOCIDAL TOXIN
C: MOSQUITOCIDAL TOXIN
D: MOSQUITOCIDAL TOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6774
ポリマ－131,6774
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: MOSQUITOCIDAL TOXIN
F: MOSQUITOCIDAL TOXIN
G: MOSQUITOCIDAL TOXIN
H: MOSQUITOCIDAL TOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6774
ポリマ－131,6774
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
I: MOSQUITOCIDAL TOXIN
J: MOSQUITOCIDAL TOXIN
K: MOSQUITOCIDAL TOXIN
L: MOSQUITOCIDAL TOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6774
ポリマ－131,6774
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
M: MOSQUITOCIDAL TOXIN
N: MOSQUITOCIDAL TOXIN
O: MOSQUITOCIDAL TOXIN
P: MOSQUITOCIDAL TOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6774
ポリマ－131,6774
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.302, 175.802, 335.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
MOSQUITOCIDAL TOXIN


分子量: 32919.254 Da / 分子数: 16 / 断片: CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 30-308 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS SPHAERICUS (バクテリア)
株: SSII-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q03988
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 195 TO GLN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN I, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN J, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN K, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN L, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN M, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN N, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN O, GLU 195 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN P, GLU 195 TO GLN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.45 %
結晶化pH: 6.3
詳細: 100 MM NA-K PHOSPHATE (PH 6.3), 8-14% (W/V) PEG 8000, 50-150 MM NACL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9787
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 126014 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5.6.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CB4

2cb4


解像度: 3→50 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT CSDX_PROTGEO
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 6301 5 %0.2281
Rwork0.2271 ---
all0.2281 ---
obs0.2271 126013 --
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK / Bsol: 187 Å2 / ksol: 1 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31202 0 0 0 31202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.008320911
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.167435321
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.606182810
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.00810422
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0145735
X-RAY DIFFRACTIONt_it0.9943209120
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0736905
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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