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- PDB-2cas: THE CANINE PARVOVIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cas
タイトルTHE CANINE PARVOVIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE
要素CANINE PARVOVIRUS EMPTY CAPSID (STRAIN D) VIRAL PROTEIN 2
キーワードVIRUS / PARVOVIRUS COAT PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell nucleus ...permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Canine parvovirus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wu, H. / Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: The canine parvovirus empty capsid structure.
著者: Wu, H. / Rossmann, M.G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Determination and Refinement of the Canine Parvovirus Empty Capsid Structure
著者: Wu, H. / Keller, W. / Rossmann, M.G.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1992
タイトル: Structure Determination of Monoclinic Canine Parvovirus
著者: Tsao, J. / Chapman, M.S. / Wu, H. / Agbandje, M. / Keller, W. / Rossmann, M.G.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Canine Parvovirus and its Functional Implications
著者: Tsao, J. / Chapman, M.S. / Agbandje, M. / Keller, W. / Smith, K. / Wu, H. / Luo, M. / Smith, T.J. / Rossmann, M.G. / Compans, R.W. / Parrish, C.R.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Preliminary X-Ray Crystallographic Analysis of Canine Parvovirus Crystals
著者: Luo, M. / Tsao, J. / Rossmann, M.G. / Basak, S. / Compans, R.W.
履歴
登録1993年8月24日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月7日Group: Structure summary
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 700SHEET THE STRUCTURE OF CANINE PARVOVIRUS FOLLOWS THE CANONICAL PICORNA-VIRUS LIKE "JELLY ROLL" ...SHEET THE STRUCTURE OF CANINE PARVOVIRUS FOLLOWS THE CANONICAL PICORNA-VIRUS LIKE "JELLY ROLL" BARREL. THE SHEET IDENTIFIED AS "BDG" IS THAT REFERRED TO AS "BIDG" IN THE LITERATURE WITH STRANDS 1 TO 5 CORRESPONDING TO STRANDS A, B, I, D, AND G. THE SHEET IDENTIFIED AS "CHF" IS THE SO-CALLED CHEF SHEET WITH STRANDS 1 TO 4 CORRESPONDING TO STRANDS C, H, E, AND F. THESE TWO SHEETS ARE LOOSELY CONNECTED TOGETHER BY HYDROGEN BONDS BETWEEN STRAND 4 OF "CHF" AND RESIDUE 45 IMMEDIATELY PRECEDING STRAND 1 OF "BDG" OF A FIVE-FOLD RELATED PROTOMER THAT IS NOT EXPLICITLY PRESENTED ON THE ATOM RECORDS, BUT WHICH CAN BE GENERATED USING THE SYMMETRY OPERATORS LISTED BELOW. CPV CONTAINS SEVERAL LONG LOOPS BETWEEN STRANDS OF "BDG" AND "CHF" WITH ONLY A FEW ORGANIZED SECONDARY STRUCTURES.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CANINE PARVOVIRUS EMPTY CAPSID (STRAIN D) VIRAL PROTEIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5621
ポリマ－61,5621
非ポリマー00
水1,56787
1
A: CANINE PARVOVIRUS EMPTY CAPSID (STRAIN D) VIRAL PROTEIN 2
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,693,74260
ポリマ－3,693,74260
非ポリマー00
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: CANINE PARVOVIRUS EMPTY CAPSID (STRAIN D) VIRAL PROTEIN 2
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 308 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,8125
ポリマ－307,8125
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: CANINE PARVOVIRUS EMPTY CAPSID (STRAIN D) VIRAL PROTEIN 2
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 369 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,3746
ポリマ－369,3746
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: CANINE PARVOVIRUS EMPTY CAPSID (STRAIN D) VIRAL PROTEIN 2
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.85 MDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,846,87130
ポリマ－1,846,87130
非ポリマー00
水54030
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)254.500, 254.500, 795.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Atom site foot note1: ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 155 - 163 AND 361 - 372 IS WEAK.
2: CIS PROLINE - PRO 465
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.48631532, -0.70550442, 0.51552076), (0.87137665, 0.34781245, -0.34601837), (0.06481287, 0.61748693, 0.78390622)165.47426, -29.74941, -92.60504
3generate(-0.3448451, -0.2701535, 0.89894306), (0.70441302, -0.7074484, 0.05761731), (0.62039041, 0.65309571, 0.43425952)219.19544, 136.13683, -172.84371
4generate(-0.34484582, 0.7044126, 0.62039032), (-0.27015283, -0.70744792, 0.65309624), (0.89894333, 0.05761622, 0.43425976)86.9227, 268.40957, -129.8289
5generate(0.48631416, 0.87137664, 0.06481295), (-0.70550402, 0.34781322, 0.61748679), (0.51552097, -0.34601913, 0.78390661)-48.54753, 184.27238, -23.00561
6generate(-0.94977884, -0.05022116, 0.30886529), (-0.05022116, -0.94977884, -0.30886529), (0.30886605, -0.30886605, 0.89955767)271.4497, 271.4497
7generate(-0.4856351, 0.8433259, -0.23013184), (-0.87205687, -0.48563392, 0.06062945), (-0.06062945, 0.23013129, 0.97126903)87.17732, 319.99723, -23.00561
8generate(0.4837672, 0.49383355, -0.72256301), (-0.84333512, 0.48376835, -0.23399736), (0.23399674, 0.7225628, 0.65049844)3.04013, 184.527, -129.8289
9generate(0.61874704, -0.61571167, -0.48790508), (-0.00374839, 0.61874699, -0.78558148), (0.78558123, 0.48790489, 0.38053995)135.31287, 52.25426, -172.84371
10generate(-0.26723313, -0.95195597, 0.14955267), (0.48642299, -0.26723389, -0.83185241), (0.83185301, -0.1495532, 0.53446701)301.19911, 105.97544, -92.60504
11generate(0.70853412, -0.48443366, 0.51313174), (0.26603246, -0.49013291, -0.83005793), (0.65361021, 0.72463381, -0.2184012)105.30885, 166.14085, -187.06196
12generate(-0.04429564, -0.35151386, 0.93513415), (-0.35151315, -0.87071132, -0.34394732), (0.93513444, -0.34394812, -0.08499304)189.44604, 301.61108, -80.23867
13generate(-0.26723389, 0.48642299, 0.83185241), (-0.95195597, -0.26723313, -0.14955267), (0.1495532, -0.83185301, 0.53446701)105.97544, 301.19911, 92.60504
14generate(0.34781245, 0.87137665, 0.34601837), (-0.70550442, 0.48631532, -0.51552076), (-0.61748693, -0.06481287, 0.78390622)-29.74941, 165.47426, 92.60504
15generate(0.95087023, 0.27135424, 0.14903816), (0.04725382, 0.34855568, -0.93609614), (-0.30596257, 0.89714889, 0.31860807)-30.16138, 82.00366, -80.23867
16generate(-0.49013291, 0.26603246, 0.83005793), (-0.48443366, 0.70853412, -0.51313174), (-0.72463381, -0.65361021, -0.2184012)166.14085, 105.30885, 187.06196
17generate(0.04725376, 0.95087026, 0.30596176), (0.34855503, 0.27135493, -0.89714859), (-0.93609641, 0.14903871, -0.3186087)0.25462, 51.58766, 106.82329
18generate(0.87137664, 0.48631416, -0.06481295), (0.34781322, -0.70550402, -0.61748679), (-0.34601913, 0.51552097, -0.78390661)-48.54753, 184.27238, -23.00561
19generate(0.8433259, -0.4856351, 0.23013184), (-0.48563392, -0.87205687, -0.06062945), (0.23013129, -0.06062945, -0.97126903)87.17732, 319.99723, -23.00561
20generate(0.00186673, -0.62177668, 0.78319246), (-0.99999078, 0.00186676, 0.00386552), (-0.00386545, -0.78319226, -0.62176747)219.86204, 271.19508, 106.82329
21generate(0.70853366, 0.26603172, 0.65361075), (-0.48443253, -0.49013285, 0.72463406), (0.51313199, -0.83005857, -0.21840082)3.45211, 267.99759, 43.01481
22generate(0.61874699, -0.00374839, 0.78558148), (-0.61571167, 0.61874704, 0.48790508), (-0.48790489, -0.78558123, 0.38053995)52.25426, 135.31287, 172.84371
23generate(0.34855568, 0.04725382, 0.93609614), (0.27135424, 0.95087023, -0.14903816), (-0.89714889, 0.30596257, 0.31860807)82.00366, -30.16138, 80.23867
24generate(0.27135493, 0.34855503, 0.89714859), (0.95087026, 0.04725376, -0.30596176), (-0.14903871, 0.93609641, -0.3186087)51.58766, 0.25462, -106.82329
25generate(0.49383355, 0.4837672, 0.72256301), (0.48376835, -0.84333512, 0.23399736), (0.7225628, 0.23399674, -0.65049844)3.04013, 184.527, -129.8289
26generate(0.26603172, 0.70853366, -0.65361075), (-0.49013285, -0.48443253, -0.72463406), (-0.83005857, 0.51313199, 0.21840082)3.45211, 267.99759, 43.01481
27generate(0.7044126, -0.34484582, -0.62039032), (-0.70744792, -0.27015283, -0.65309624), (0.05761622, 0.89894333, -0.43425976)86.9227, 268.40957, -129.8289
28generate(0.00186676, -0.99999078, -0.00386552), (-0.62177668, 0.00186673, -0.78319246), (0.78319226, 0.00386545, -0.62176747)271.19508, 219.86204, -106.82329
29generate(-0.87071132, -0.35151315, 0.34394732), (-0.35151386, -0.04429564, -0.93513415), (0.34394812, -0.93513444, -0.08499304)301.61108, 189.44604, 80.23867
30generate(-0.7074484, 0.70441302, -0.05761731), (-0.2701535, -0.3448451, -0.89894306), (-0.65309571, -0.62039041, 0.43425952)136.13683, 219.19544, 172.84371

-
要素

#1: タンパク質 CANINE PARVOVIRUS EMPTY CAPSID (STRAIN D) VIRAL PROTEIN 2


分子量: 61562.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canine parvovirus (ウイルス) / 属: Parvovirus / 生物種: Feline panleukopenia virus / 株: D / 参照: UniProt: Q11213
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 200.209-211 1988
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.75 %PEG80001reservoir
26 mM1reservoirCaCl2
310 mMTris-HCl1reservoir
410 mg/mlvirus1drop
50.75 %PEG80001drop
66 mM1dropCaCl2
710 mMTris-HCl1drop

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor obs: 0.211 / 最高解像度: 3 Å
詳細: ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 155 - 163 AND 361 - 372 IS WEAK.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4347 0 0 87 4434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.9
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Rfactor obs: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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