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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2can | ||||||
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タイトル | HUMAN ORNITHINE AMINOTRANSFERASE COMPLEXED WITH L-CANALINE | ||||||
![]() | ORNITHINE AMINOTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ORNITHINE AMINOTRANSFERASE / UREA CYCLE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE | ||||||
機能・相同性 | ![]() arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shah, S.A. / Shen, B.W. / Brunger, A.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Human ornithine aminotransferase complexed with L-canaline and gabaculine: structural basis for substrate recognition. 著者: Shah, S.A. / Shen, B.W. / Brunger, A.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 286.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 231.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44706.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BOUND INHIBITOR L-CANALINE / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1996年1月10日 / 詳細: DUAL SLITS |
放射 | モノクロメーター: CRYSTAL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9417 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 56813 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 5.33 / Rsym value: 0.18 / % possible all: 66.3 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 66.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OAT 解像度: 2.3→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 530974.48 / Data cutoff low absF: 0.0001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.2099 / Rfactor Rfree: 0.2366 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.295 / Num. reflection Rwork: 4654 / Rfactor obs: 0.262 |