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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ca4 | ||||||
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タイトル | Sulfite dehydrogenase from Starkeya Novella mutant | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / SULFITE OXIDASE / MOLYBDOPTERIN / C-TYPE CYTOCHROME / HEME / MUTANT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sulfite oxidase activity / sulfur compound metabolic process / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | STARKEYA NOVELLA (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Bailey, S. / Kappler, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009 タイトル: Molecular Basis for Enzymatic Sulfite Oxidation: How Three Conserved Active Site Residues Shape Enzyme Activity. 著者: Bailey, S. / Rapson, T. / Johnson-Winters, K. / Astashkin, A.V. / Enemark, J.H. / Kappler, U. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Molecular Basis of Intramolecular Electron Transfer in Sulfite-Oxidizing Enzymes is Revealed by High Resolution Structure of a Heterodimeric Complex of the Catalytic Molybdopterin ...タイトル: Molecular Basis of Intramolecular Electron Transfer in Sulfite-Oxidizing Enzymes is Revealed by High Resolution Structure of a Heterodimeric Complex of the Catalytic Molybdopterin Subunit and a C-Type Cytochrome Subunit 著者: Kappler, U. / Bailey, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ca4.cif.gz | 113.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ca4.ent.gz | 84.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ca4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/2ca4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/2ca4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40127.648 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) STARKEYA NOVELLA (バクテリア) / 発現宿主: RHODOBACTER CAPSULATUS (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9LA16 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 8844.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) STARKEYA NOVELLA (バクテリア) / 発現宿主: RHODOBACTER CAPSULATUS (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9LA15 | ||
#3: 化合物 | ChemComp-MSS / ( | ||
#4: 化合物 | ChemComp-HEC / | ||
#5: 水 | ChemComp-HOH / | ||
構成要素の詳細 | ENGINEERED配列の詳細 | THE TRANSLATED SEQUENCES FOR CHAINS A AND B INCLUDE SIGNAL PEPTIDES WHICH ARE NOT PART OF THE ...THE TRANSLATED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | pH: 7.4 詳細: 0.1M HEPES PH 7.4, 2.2 M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG 200 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.074 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.074 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 27649 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 83.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2BLF 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.337 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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