PDB-2c8e: Structure of the ARTT motif E214N mutant C3bot1 Exoenzyme (Free s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2c8e

タイトル

Structure of the ARTT motif E214N mutant C3bot1 Exoenzyme (Free state, crystal form III)

要素

MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3

キーワード

TRANSFERASE / C3 EXOENZYME / ARTT MOTIF / BACTERIAL TOXINS / GLYCOSYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Stura, E.A. / Menetrey, J. / Flatau, G. / Boquet, P. / Menez, A.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Structural Basis for the Nad-Hydrolysis Mechanism and the Artt-Loop Plasticity of C3 Exoenzymes.
著者: Menetrey, J. / Flatau, G. / Boquet, P. / Menez, A. / Stura, E.A.

履歴

登録	2005年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年6月2日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2c8e.cif.gz	141.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2c8e.ent.gz	112.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2c8e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2c8e_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2c8e_full_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示
XML形式データ	2c8e_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	2c8e_validation.cif.gz	44.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/2c8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/2c8e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2c89C 2c8aC 2c8bC 2c8cC 2c8dC 2c8fC 1gzfS 1g24 1gze 1uzi 2c8g 2c8h S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2c8d-2 2c89-1 2c89-3 2c8a-2 1r45-3 2c8f-3 1gze-2 2c8d-1 2c8f-2 1r45-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3

F: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3

G: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3

ヘテロ分子

71.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.674, 70.115, 112.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.63, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3 / EXOENZYME C3 分子量: 23576.957 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P15879, UniProt: Q7M0L1*PLUS, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, GLU 214 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, GLU 214 TO ASN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, GLU 214 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, GLU 214 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, GLU 214 TO ASN

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化	詳細: 22.5% PEG 3350 W/W, 100 MM LI2SO4, 100 MM SODIUM CITRATE PH 3.0,3-10% MPEG 550 V/V

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→37.27 Å / Num. obs: 87212 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GZF

1gzf

解像度: 1.6→37.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 2.142 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	4370	5 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
obs	0.22	82820	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.07 Å²	0 Å²	1.09 Å²
2-	-	-0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4695	0	20	630	5345

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4804
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4322
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.029	1.963	6445
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.665	3	10170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.832	5	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	818
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	4723
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.133	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.17	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.187	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.522	1.5	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.026	2	4743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.447	3	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.449	4.5	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.306	208
R_work	0.262	3989

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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