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- PDB-2c8a: Structure of the wild-type C3bot1 Exoenzyme (Nicotinamide-bound s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c8a
タイトルStructure of the wild-type C3bot1 Exoenzyme (Nicotinamide-bound state, crystal form I)
要素MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
キーワードTRANSFERASE / C3 EXOENZYME / ARTT MOTIF / BACTERIAL TOXINS / GLYCOSYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mono-ADP-ribosyltransferase C3/Edin / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE / Mono-ADP-ribosyltransferase C3 / Exoenzyme C3
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Stura, E.A. / Menetrey, J. / Flatau, G. / Boquet, P. / Menez, A.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Structural Basis for the Nad-Hydrolysis Mechanism and the Artt-Loop Plasticity of C3 Exoenzymes.
著者: Menetrey, J. / Flatau, G. / Boquet, P. / Menez, A. / Stura, E.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Nad Binding Induces Conformational Changes in Rho Adp-Ribosylating Clostridium Botulinum C3 Exoenzyme.J
著者: Menetrey, J. / Flatau, G. / Stura, E.A. / Charbonnier, J.B. / Gas, F. / Teulon, J.M. / Ledu, M.H. / Boquet, P. / Menez, A.
履歴
登録2005年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
B: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
C: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
D: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,24112
ポリマ－94,3684
非ポリマー8738
水14,088782
1
A: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8103
ポリマ－23,5921
非ポリマー2182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8103
ポリマ－23,5921
非ポリマー2182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8103
ポリマ－23,5921
非ポリマー2182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8103
ポリマ－23,5921
非ポリマー2182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.741, 74.638, 118.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3 / EXOENZYME C3


分子量: 23591.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P15879, UniProt: Q7M0L1*PLUS, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド


分子量: 122.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 782 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化詳細: 22.5% PEG 3350 W/W, 100 MM LI2SO4, 100 MM SODIUM CITRATE PH 3.0, 3-10% MPEG 550 V/V

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9501
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9501 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→24.32 Å / Num. obs: 99953 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 25.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GZF

1gzf


解像度: 1.7→24.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.485 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 4950 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 94351 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å20 Å2-0.43 Å2
2--2.1 Å20 Å2
3----1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6430 0 56 782 7268
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226596
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9461.9678857
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.699313926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0715815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.21256
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.26730
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.23571
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1210.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1730.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5311.54054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02526512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.37132542
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3654.52345
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.287 380
Rwork0.263 6846

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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