[日本語] English
万見
- PDB-2c7t: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PLP-BOUND FORM OF BTRR, A DUAL FUNCTIONA... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c7t
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE PLP-BOUND FORM OF BTRR, A DUAL FUNCTIONAL AMINOTRANSFERASE INVOLVED IN BUTIROSIN BIOSYNTHESIS.
要素GLUTAMINE-2-DEOXY-SCYLLO-INOSOSE AMINOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE / SMAT / BUTIROSIN / AMINOGLYCOSIDE ANTIBIOTICS
機能・相同性
機能・相同性情報


L-glutamine:2-deoxy-scyllo-inosose aminotransferase / L-glutamine:3-amino-2,3-dideoxy-scyllo-inosose aminotransferase / polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / antibiotic biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / L-glutamine:2-deoxy-scyllo-inosose aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS CIRCULANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Popovic, B. / Tang, X. / Chirgadze, D.Y. / Huang, F. / Blundell, T.L. / Spencer, J.B.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of the PLP- and PMP-bound forms of BtrR, a dual functional aminotransferase involved in butirosin biosynthesis.
著者: Popovic, B. / Tang, X. / Chirgadze, D.Y. / Huang, F. / Blundell, T.L. / Spencer, J.B.
履歴
登録2005年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GLUTAMINE-2-DEOXY-SCYLLO-INOSOSE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4293
ポリマ－47,0861
非ポリマー3432
水6,179343
1
A: GLUTAMINE-2-DEOXY-SCYLLO-INOSOSE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: GLUTAMINE-2-DEOXY-SCYLLO-INOSOSE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8586
ポリマ－94,1712
非ポリマー6864
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)73.740, 73.740, 162.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 GLUTAMINE-2-DEOXY-SCYLLO-INOSOSE AMINOTRANSFERASE / BTRR - BUTIROSIN BIOSYNTHESIS AMINOTRANSFERASE /


分子量: 47085.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PLP COFACTOR BOUND / 由来: (組換発現) BACILLUS CIRCULANS (バクテリア) / 解説: EMBL LOCUS BCI494863, ACCESSION AJ494863.1 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8G8Y2, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS DESCRIBED IN F HUANG ETAL CHEM COMMUN 23, 2860-2861 (2002)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 %
結晶化詳細: 0.1 M AMMONIUM SULPHATE, 15 % PEG 5000 AND 50 MM MES AT PH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 1.2
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 30455 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B9H

1b9h


解像度: 2.1→31.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2142803.91 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 1536 5.1 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.174 30404 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.8619 Å2 / ksol: 0.335643 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.21 Å21.92 Å20 Å2
2--3.21 Å20 Å2
3----6.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3185 0 20 343 3548
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.862.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 263 5.4 %
Rwork0.19 4604 -
obs--96.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PLP-PATCH.PARPLP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4SO4.PARSO4.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る