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万見
- PDB-2c7l: Low temperature structure of phycoerythrocyanin from Mastigocladu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c7l
タイトルLow temperature structure of phycoerythrocyanin from Mastigocladus laminosus
要素
  • Phycoerythrocyanin alpha chain
  • Phycoerythrocyanin beta chain
キーワードELECTRON TRANSPORT / PHYCOERYTHROCYANIN / PHYCOVIOLOBILIN / PHYCOCYANOBILIN / BILE PIGMENT / CHROMOPHORE / PHOTOSYNTHESIS / PHYCOBILISOME / ANTENNA PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / Phycoerythrocyanin alpha chain / Phycoerythrocyanin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mastigocladus laminosus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Schmidt, M. / Krasselt, A. / Reuter, W.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2006
タイトル: Local Protein Flexibility as a Prerequisite for Reversible Chromophore Isomerization in Alpha-Phycoerythrocyanin
著者: Schmidt, M. / Krasselt, A. / Reuter, W.
履歴
登録2005年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 2.02025年3月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_PDB_caveat / entity / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _pdbx_modification_feature.auth_comp_id / _pdbx_modification_feature.label_comp_id / _pdbx_modification_feature.ref_comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phycoerythrocyanin alpha chain
B: Phycoerythrocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8565
ポリマ－36,0902
非ポリマー1,7663
水7,062392
1
A: Phycoerythrocyanin alpha chain
B: Phycoerythrocyanin beta chain
ヘテロ分子

A: Phycoerythrocyanin alpha chain
B: Phycoerythrocyanin beta chain
ヘテロ分子

A: Phycoerythrocyanin alpha chain
B: Phycoerythrocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,56715
ポリマ－108,2696
非ポリマー5,2989
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)155.000, 155.000, 39.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Phycoerythrocyanin alpha chain


分子量: 17581.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 株: FISCHERELLA PCC7603 / 参照: UniProt: P00309
#2: タンパク質 Phycoerythrocyanin beta chain


分子量: 18507.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 株: FISCHERELLA PCC7603 / 参照: UniProt: P00313
#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
解説: ALPHA-BETA STRUCTURE PUBLISHED BY DUERRING ET AL. 1990 WAS USED AS A START
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5% PEG 4000, 5 MMOL/L POTASSIUM PHOSPHATE, PH 8.5, 4 DEG C, PEC 20 MG/ML, 5 MICO-LITER IN HANGING DROPS

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→39.53 Å / Num. obs: 11512 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 71.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SAINTデータ削減
SAINTデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SEE REMARK

解像度: 2.85→39.5 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE BLA CHROMOPHORES WERE ATTACHED TO CYSTEINS WITH RESTRAINTS ADOPTED FROM METHIONINE AND TREATED IN THE REFINEMENT AS IF THEY WERE REGULAR AMINO ACID RESIDUES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2703 576 4.4 %RANDOM
Rwork0.2157 ---
obs0.2157 11511 88 %-
溶媒の処理Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.25227 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.109 Å25.727 Å20 Å2
2---1.109 Å20 Å2
3---2.219 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→39.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2534 0 129 392 3055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.60953
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.51
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.98 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 56 3.5 %
Rwork0.222 1038 -
obs--69.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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