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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c7k | ||||||
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タイトル | Laue structure of phycoerythrocyanin from Mastigocladus laminosus | ||||||
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![]() | ELECTRON TRANSPORT / PHYCOERYTHROCYANIN / PHYCOVIOLOBILIN / PHYCOCYANOBILIN / BILE PIGMENT / CHROMOPHORE / PHOTOSYNTHESIS / PHYCOBILISOME / ANTENNA PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schmidt, M. / Krasselt, A. / Reuter, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Local Protein Flexibility as a Prerequisite for Reversible Chromophore Isomerization in Alpha-Phycoerythrocyanin 著者: Schmidt, M. / Krasselt, A. / Reuter, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 596.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 614 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17581.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 18507.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#3: 化合物 | ChemComp-BLA / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 5% PEG, 5MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 8.5, 4 DEG C, 4 MICRO-LITER PROTEIN, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50.2 Å / Num. obs: 5868 / % possible obs: 60.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.16 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / % possible all: 30.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2C7J 解像度: 3.2→50.3 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: THE CHROMOPHORES WHERE ATTACHED TO THE CYSTEINS USING RESTRAINTS FROM METHIONINE AND TREATED IN THE REFINEMENT AS REGULAR AMINO ACIDS.
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溶媒の処理 | Bsol: 26.0488 Å2 / ksol: 0.152315 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→50.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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