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- PDB-2c7k: Laue structure of phycoerythrocyanin from Mastigocladus laminosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c7k
タイトルLaue structure of phycoerythrocyanin from Mastigocladus laminosus
要素
  • Phycoerythrocyanin alpha chain
  • Phycoerythrocyanin beta chain
キーワードELECTRON TRANSPORT / PHYCOERYTHROCYANIN / PHYCOVIOLOBILIN / PHYCOCYANOBILIN / BILE PIGMENT / CHROMOPHORE / PHOTOSYNTHESIS / PHYCOBILISOME / ANTENNA PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / Phycoerythrocyanin alpha chain / Phycoerythrocyanin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mastigocladus laminosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Schmidt, M. / Krasselt, A. / Reuter, W.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2006
タイトル: Local Protein Flexibility as a Prerequisite for Reversible Chromophore Isomerization in Alpha-Phycoerythrocyanin
著者: Schmidt, M. / Krasselt, A. / Reuter, W.
履歴
登録2005年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 2.02025年3月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_PDB_caveat / entity / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _pdbx_modification_feature.auth_comp_id / _pdbx_modification_feature.label_comp_id / _pdbx_modification_feature.ref_comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phycoerythrocyanin alpha chain
B: Phycoerythrocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8565
ポリマ－36,0902
非ポリマー1,7663
水3,351186
1
A: Phycoerythrocyanin alpha chain
B: Phycoerythrocyanin beta chain
ヘテロ分子

A: Phycoerythrocyanin alpha chain
B: Phycoerythrocyanin beta chain
ヘテロ分子

A: Phycoerythrocyanin alpha chain
B: Phycoerythrocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,56715
ポリマ－108,2696
非ポリマー5,2989
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
Buried area24770 Å2
ΔGint-210.7 kcal/mol
Surface area40340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.745, 156.745, 40.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Phycoerythrocyanin alpha chain


分子量: 17581.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 株: FISCHERELLA PCC7603 / 参照: UniProt: P00309
#2: タンパク質 Phycoerythrocyanin beta chain


分子量: 18507.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 株: FISCHERELLA PCC7603 / 参照: UniProt: P00313
#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5% PEG, 5MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 8.5, 4 DEG C, 4 MICRO-LITER PROTEIN, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50.2 Å / Num. obs: 5868 / % possible obs: 60.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.16
反射 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / % possible all: 30.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
LaueViewデータ削減
LaueViewデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C7J

2c7j


解像度: 3.2→50.3 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE CHROMOPHORES WHERE ATTACHED TO THE CYSTEINS USING RESTRAINTS FROM METHIONINE AND TREATED IN THE REFINEMENT AS REGULAR AMINO ACIDS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 208 2.2 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 5868 60.8 %-
溶媒の処理Bsol: 26.0488 Å2 / ksol: 0.152315 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.465 Å2-1.669 Å20 Å2
2--3.465 Å20 Å2
3----6.929 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2534 0 129 186 2849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006507
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24066
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.86
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.002
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 -0.5 %
Rwork0.218 458 -
obs--33 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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