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万見
- PDB-2c7h: Solution NMR structure of the DWNN domain from human RBBP6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c7h
タイトルSolution NMR structure of the DWNN domain from human RBBP6
要素RETINOBLASTOMA-BINDING PROTEIN 6, ISOFORM 3
キーワードUBIQUITIN-LIKE PROTEIN / RBBP6 / P53-ASSOCIATED / MRNA PROCESSING / SPLICING-ASSOCIATED / OESOPHAGEAL CANCER
機能・相同性
機能・相同性情報


somite development / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of DNA replication / embryonic organ development / RING-type E3 ubiquitin transferase / multicellular organism growth / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / chromosome ...somite development / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of DNA replication / embryonic organ development / RING-type E3 ubiquitin transferase / multicellular organism growth / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / chromosome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / DNA replication / protein ubiquitination / nuclear speck / centrosome / DNA damage response / nucleolus / protein kinase binding / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc knuckle CX2CX3GHX4C / Zinc knuckle / DWNN domain / DWNN domain / DWNN domain profile. / DWNN / U-box domain / U-box domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ring finger ...Zinc knuckle CX2CX3GHX4C / Zinc knuckle / DWNN domain / DWNN domain / DWNN domain profile. / DWNN / U-box domain / U-box domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin-like (UB roll) / zinc finger / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6 / E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / AUTOMATED NOE ASSIGNMENT USING CANDID
データ登録者Pugh, D.J.R. / Ab, E. / Faro, A. / Lutya, P.T. / Hoffmann, E. / Rees, D.J.G.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2006
タイトル: Dwnn, a Novel Ubiquitin-Like Domain, Implicates Rbbp6 in Mrna Processing and Ubiquitin-Like Pathways
著者: Pugh, D.J.R. / Ab, E. / Faro, A. / Lutya, P.T. / Hoffmann, E. / Rees, D.J.G.
履歴
登録2005年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINOBLASTOMA-BINDING PROTEIN 6, ISOFORM 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5441
ポリマ－9,5441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #18

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要素

#1: タンパク質 RETINOBLASTOMA-BINDING PROTEIN 6, ISOFORM 3 / RBBP6


分子量: 9544.000 Da / 分子数: 1 / 断片: DWNN, RESIDUES 1-81 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-TERMINAL 5 RESIDUES ARE ARTIFACTS OF THE PGEX-6P-2 CLONING VECTOR
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-6P-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q8N0V2, UniProt: Q7Z6E9*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCO
121CBCA(CO)NH
131CBCANH
141(H)CCH-TOCSY
151(H)CCH-COSY
161HNH- HSQC-TOCSY
171HNH-HSQC-NOESY
181HCH-HSQC-NOESY
191HH-NOESY
1101HMQC-J
1111HN-EXCHANGE
1121HH- NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON A 15N,13C-LABELLED SAMPLE.

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試料調製

詳細内容: 95% WATER/5% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM / pH: 6 / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
NMRView構造決定
CANDID構造決定
CYANA構造決定
CNS構造決定
RECOORD構造決定
精密化手法: AUTOMATED NOE ASSIGNMENT USING CANDID / ソフトェア番号: 1
詳細: THE FINAL SET OF NOE-BASED RESTRAINTS, TOGETHER WITH DIHEDRAL RESTRAINTS FOR 90 RESIDUES, WERE USED FOR REFINEMENT IN EXPLICIT SOLVENT USING CNS, ACCORDING TO THE STANDARD RECOORD PROTOCOL.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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