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万見
- PDB-2c52: Structural diversity in CBP p160 complexes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c52
タイトルStructural diversity in CBP p160 complexes
要素
  • CREB-BINDING PROTEIN
  • NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 1
キーワードTRANSFERASE / ACTIVATOR / BROMODOMAIN / METAL-BINDING / METHYLATION / NUCLEAR PROTEIN / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / ZINC / ZINC-FINGER / ACYLTRANSFERASE / ALTERNATIVE SPLICING / CHROMOSOMAL TRANSLOCATION / POLYMORPHISM / PROTO-ONCOGENE / UBL CONJUGATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription ...Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / cAMP response element binding protein binding / Notch-HLH transcription pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / germ-line stem cell population maintenance / negative regulation of viral process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / Estrogen-dependent gene expression / CD209 (DC-SIGN) signaling / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / outer kinetochore / negative regulation of interferon-beta production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / MRF binding / face morphogenesis / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / protein-lysine-acetyltransferase activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / hypothalamus development / male mating behavior / histone acetyltransferase activity / acetyltransferase activity / TFIIB-class transcription factor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / histone acetyltransferase complex / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / response to retinoic acid / progesterone receptor signaling pathway / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cellular response to hormone stimulus / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / estrous cycle / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / positive regulation of neuron differentiation / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / hippocampus development / response to progesterone / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear estrogen receptor binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / protein destabilization / Cytoprotection by HMOX1 / PML body / cerebral cortex development / cellular response to virus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #410 / Creb-binding Protein; Chain: A / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. ...Helix Hairpins - #410 / Creb-binding Protein; Chain: A / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Nuclear receptor coactivator 1 / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Helix Hairpins / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Helix non-globular / PAS domain superfamily / Special / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone lysine acetyltransferase CREBBP / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / CANDID
データ登録者Waters, L.C. / Yue, B. / Veverka, V. / Renshaw, P.S. / Bramham, J. / Matsuda, S. / Frenkiel, T. / Kelly, G. / Muskett, F.W. / Carr, M.D. / Heery, D.M.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural diversity in p160/CREB-binding protein coactivator complexes.
著者: Waters, L. / Yue, B. / Veverka, V. / Renshaw, P. / Bramham, J. / Matsuda, S. / Frenkiel, T. / Kelly, G. / Muskett, F. / Carr, M. / Heery, D.M.
履歴
登録2005年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月2日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_spectrometer.model
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREB-BINDING PROTEIN
B: NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8682
ポリマ－12,8682
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)37 / -
代表モデルモデル #20

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要素

#1: タンパク質 CREB-BINDING PROTEIN


分子量: 6568.562 Da / 分子数: 1 / 断片: SID, RESIDUES 2059-2117 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P45481, histone acetyltransferase
#2: タンパク質 NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 1 / STEROID RECEPTOR COACTIVATOR 1 / NCOA-1 / SRC-1 / RIP160 / HIN-2 PROTEIN


分子量: 6299.123 Da / 分子数: 1 / 断片: AD1, RESIDUES 920-970 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
構成要素の詳細ACETYLATES HISTONES, GIVING A SPECIFIC TAG FOR TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION AND NUCLEAR RECEPTOR ...ACETYLATES HISTONES, GIVING A SPECIFIC TAG FOR TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION AND NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR THAT DIRECTLY BINDS NUCLEAR RECEPTORS AND STIMULATES THE TRANSCRIPTIONAL ACTIVITIES

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-1H HSQC 15N-13C-1H HN(CA)CB 15N-13C-1H CBCA(CO)NH 15N-1H TOCSY-HSQC
22215N-1H NOESYHSQC
33313C-1H HMQCNOESY
44413C-1H HCCHTOCSY NOESY TOCSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED CBP-SID SRC1-AD1.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
190% WATER/10% D2O
290% WATER/10% D2O
3100% D2O
4100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH温度 (K)
1100 mM7298.0 K
2100 mM7298.0 K
3100 mM7298.0 K
4100 mM7298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Varian INOVAVarianINOVA8003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6004

-
解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGUNTERT,MUMENTHALER,WUTHRICH精密化
CYANA構造決定
精密化手法: CANDID / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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