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- PDB-2c35: Subunits Rpb4 and Rpb7 of human RNA polymerase II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c35
タイトルSubunits Rpb4 and Rpb7 of human RNA polymerase II
要素
  • DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 16 KDA POLYPEPTIDE
  • DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 19 KDA POLYPEPTIDE
キーワードTRANSFERASE / TRANSCRIPTION / RNA POLYMERASE II / POLYMERASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex ...Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Splicing - Minor Pathway / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / translation initiation factor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Inhibition of DNA recombination at telomere / mRNA Splicing - Major Pathway / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Transcriptional regulation by small RNAs / P-body / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / single-stranded DNA binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / nuclear speck / nucleotide binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Growth Hormone; Chain: A; / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / HRDC-like superfamily ...RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Growth Hormone; Chain: A; / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Up-down Bundle / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Meka, H. / Werner, F. / Cordell, S.C. / Onesti, S. / Brick, P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure and RNA Binding of the Rpb4/Rpb7 Subunits of Human RNA Polymerase II.
著者: Meka, H. / Werner, F. / Cordell, S.C. / Onesti, S. / Brick, P.
履歴
登録2005年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA", "DA", "FA", "HA" IN EACH CHAIN ON ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA", "DA", "FA", "HA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 16 KDA POLYPEPTIDE
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 19 KDA POLYPEPTIDE
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 16 KDA POLYPEPTIDE
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 19 KDA POLYPEPTIDE
E: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 16 KDA POLYPEPTIDE
F: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 19 KDA POLYPEPTIDE
G: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 16 KDA POLYPEPTIDE
H: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 19 KDA POLYPEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,5348
ポリマ－146,5348
非ポリマー00
水97354
1
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 16 KDA POLYPEPTIDE
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 19 KDA POLYPEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6342
ポリマ－36,6342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-20.9 kcal/mol
Surface area14720 Å2
手法PISA
2
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 16 KDA POLYPEPTIDE
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 19 KDA POLYPEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6342
ポリマ－36,6342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-20.8 kcal/mol
Surface area14750 Å2
手法PISA
3
E: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 16 KDA POLYPEPTIDE
F: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 19 KDA POLYPEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6342
ポリマ－36,6342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-18.8 kcal/mol
Surface area14570 Å2
手法PISA
4
G: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 16 KDA POLYPEPTIDE
H: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 19 KDA POLYPEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6342
ポリマ－36,6342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-18.8 kcal/mol
Surface area14560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.690, 83.190, 99.310
Angle α, β, γ (deg.)85.53, 81.80, 81.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 16 KDA POLYPEPTIDE / HUMAN RPB4


分子量: 17319.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-2TK (AMERSHAM) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15514, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質
DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 19 KDA POLYPEPTIDE / HUMAN RPB7


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-2TK / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62487
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: VAPOUR DIFFUSION AT 18C USING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN AT 15MG/ML IN 20MM PIPES PH 6.8, 100MM NACL, 15% GLYCEROL, PRECIPITANT CONTAINING 100MM PIPES PH 7.4, 25% PEG (MW4000), 15% GLYCEROL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年4月3日 / 詳細: OSMIC
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→43.3 Å / Num. obs: 37416 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 38.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Y14

1y14


解像度: 2.7→43.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 981491.52 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: GROUP 1 CHAINS A,B,S RESTRAINED TO CHAINS C,D,T GROUP 2 CHAINS E,F,U RESTRAINED TO CHAINS G,H,V THE INITIAL 10 RESIDUES OF CHAINS A, C, E, G ARE DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR. THEY ARE ...詳細: GROUP 1 CHAINS A,B,S RESTRAINED TO CHAINS C,D,T GROUP 2 CHAINS E,F,U RESTRAINED TO CHAINS G,H,V THE INITIAL 10 RESIDUES OF CHAINS A, C, E, G ARE DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR. THEY ARE DISORDERED IN THE CRYSTAL STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1860 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 37414 95.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.8003 Å2 / ksol: 0.359069 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.25 Å214.24 Å2-7.84 Å2
2---6.86 Å2-7.75 Å2
3----12.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9236 0 0 54 9290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.982.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 296 4.8 %
Rwork0.342 5890 -
obs--93.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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