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- PDB-2c31: CRYSTAL STRUCTURE OF OXALYL-COA DECARBOXYLASE IN COMPLEX WITH THE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c31
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF OXALYL-COA DECARBOXYLASE IN COMPLEX WITH THE COFACTOR DERIVATIVE THIAMIN-2-THIAZOLONE DIPHOSPHATE AND ADENOSINE DIPHOSPHATE
要素OXALYL-COA DECARBOXYLASE
キーワードLYASE / OXALYL-COA DECARBOXYLASE / OXALATE / THIAMIN DIPHOSPHATE / FLAVOPROTEIN / THIAMINE PYROPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalyl-CoA decarboxylase / oxalyl-CoA decarboxylase activity / oxalate catabolic process / fatty acid alpha-oxidation / thiamine pyrophosphate binding / ADP binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Oxalyl-CoA decarboxylase / TPP-binding domain containing protein HACL1-like / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain ...Oxalyl-CoA decarboxylase / TPP-binding domain containing protein HACL1-like / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-TZD / Oxalyl-CoA decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種OXALOBACTER FORMIGENES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Berthold, C.L. / Moussatche, P. / Richards, N.G.J. / Lindqvist, Y.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural Basis for Activation of the Thiamin Diphosphate-Dependent Enzyme Oxalyl-Coa Decarboxylase by Adenosine Diphosphate.
著者: Berthold, C.L. / Moussatche, P. / Richards, N.G.J. / Lindqvist, Y.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2006
タイトル: Detection and Characterization of Merohedral Twinning in Crystals of Oxalyl-Coenzyme a Decarboxylase from Oxalobacter Formigenes.
著者: Berthold, C.L. / Sidhu, H. / Ricagno, S. / Richards, N.G.J. / Lindqvist, Y.
履歴
登録2005年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OXALYL-COA DECARBOXYLASE
B: OXALYL-COA DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,2838
ポリマ－121,5002
非ポリマー1,7846
水11,854658
1
A: OXALYL-COA DECARBOXYLASE
B: OXALYL-COA DECARBOXYLASE
ヘテロ分子

A: OXALYL-COA DECARBOXYLASE
B: OXALYL-COA DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,56716
ポリマ－242,9994
非ポリマー3,56712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.300, 124.300, 151.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, -4.0E-5, 0.00211), (-5.0E-5, -0.99905, -0.04362), (0.00211, -0.04362, 0.99905)
ベクター: 117.80213, -0.0752, -0.07706)

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要素

#1: タンパク質 OXALYL-COA DECARBOXYLASE / OXALYL-COENZYME A DECARBOXYLASE


分子量: 60749.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) OXALOBACTER FORMIGENES (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40149, oxalyl-CoA decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-TZD / 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / THIAMIN THIAZOLONE DIPHOSPHATE


分子量: 440.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N4O8P2S
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.61 %
解説: ACETOHYDROXYACID SYNTHASE WAS USED AS TEMPLATE TO SOLVE AN APPROXIMATE INCOMPLETE NOT FULLY REFINED STRUCTURE OF OXALYL-COA DECARBOXYLASE IN A DIFFERENT SPACE GROUP TO 4.1 A RESOLUTION. THIS ...解説: ACETOHYDROXYACID SYNTHASE WAS USED AS TEMPLATE TO SOLVE AN APPROXIMATE INCOMPLETE NOT FULLY REFINED STRUCTURE OF OXALYL-COA DECARBOXYLASE IN A DIFFERENT SPACE GROUP TO 4.1 A RESOLUTION. THIS LOW RESOLUTION MODEL WAS THEN USED FOR MOLECULAR REPLACE IN THIS DATA.
結晶化pH: 6.5
詳細: 27V/V % PEG 550MME, 100MM BIS-TRIS PH 6.5, 50MM CACL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97565
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月14日 / 詳細: SILICON TOROIDAL MIRROR COATED WITH RHODIUM
放射モノクロメーター: SILICON (1 1 1) CHANNEL- CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→29.24 Å / Num. obs: 140751 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 21.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.73→1.82 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JSC

1jsc


解像度: 1.73→29.2 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: LEAST SQUARES RESIDUAL FOR HEMIHEDRAL TWINNING
詳細: THE PROTOCOLL FOR HEMIHEDRALLY TWINNED DATA WAS USED. THE R-VALUES SHOWN IN REMARK 3 ABOVE ARE FOR TWINNED DATA.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1749 12699 4.6 %RANDOM BUT WITH TWIN RELATED REFLECTIONS IN SAME SET
Rwork0.1505 ---
obs0.1505 272696 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.1554 Å2 / ksol: 0.357619 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.81 Å22.18 Å20 Å2
2--2.81 Å20 Å2
3----5.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8157 0 110 658 8925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006619
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29298
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.73
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9397
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.792.5
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.278 1219
Rwork0.2523 26176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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