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- PDB-2c2j: Crystal Structure Of The Dps92 From Deinococcus Radiodurans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c2j
タイトルCrystal Structure Of The Dps92 From Deinococcus Radiodurans
要素DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / DPS / DEINOCOCCUS / RADIODURANS / DNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA protection during starvation protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Romao, C.V. / Mitchell, E. / McSweeney, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Crystal Structure of the Dps2 from Deinococcus Radiodurans Reveals an Unusual Pore Profile with a Non-Specific Metal Binding Site.
著者: Cuypers, M.G. / Mitchell, E.P. / Romao, C.V. / Mcsweeney, S.M.
履歴
登録2005年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3703
ポリマ－23,2901
非ポリマー802
水2,306128
1
A: DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,43836
ポリマ－279,47712
非ポリマー96224
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation6_665z+1,-x+1,-y1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation12_654-y+1,-z,x-11
crystal symmetry operation11_656y+1,-z,-x+11
crystal symmetry operation9_654y+1,z,x-11
crystal symmetry operation8_645-z+1,x-1,-y1
crystal symmetry operation5_645z+1,x-1,y1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)88.453, 88.453, 88.453
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1210-

FE

21A-2015-

HOH

31A-2044-

HOH

41A-2124-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN / DRDPS92 / DPS FAMILY


分子量: 23289.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DRB0092 WAS TRUNCATED - RESIDUE NUMBERING STARTS AFTER N-TERMINAL RESIDUE NUMBER 30
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
株: R1 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q9RZN1
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.01M MGCL2, 0.05M TRIS-HCL PH 7.5, 5% ISOPROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→44.2 Å / Num. obs: 14773 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 21.1 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 40.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 18.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→88.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / SU B: 2.587 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE 41 N-TERMINAL AND 5 C-TERMINAL RESIDUES ARE MISSING IN THE STRUCTURE. WATERS 22, 31, 43 AND 126 HAVE OCCUPANCIES BELOW 1 BECAUSE OF ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE 41 N-TERMINAL AND 5 C-TERMINAL RESIDUES ARE MISSING IN THE STRUCTURE. WATERS 22, 31, 43 AND 126 HAVE OCCUPANCIES BELOW 1 BECAUSE OF THEIR LOCALISATION ON SYMMETRY AXIS. Z22 LIES ON A CELL EDGE AND A 2 FOLD AXIS Z43 LIES ON A CELL EDGE AND A 2 FOLD AXIS Z126 LIES ON A 3 FOLD AXIS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.179 ---
obs0.179 14753 100 %-
Rfree---RANDOM
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→88.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1318 0 2 128 1448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3831.9361831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8475164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.50925.63471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.17715225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg31.898156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3750.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1811.5846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81321330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7463570
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.164.5501
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.255 -
Rwork0.202 1078

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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