PDB-2c2b: Crystallographic structure of Arabidopsis thaliana Threonine synt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2c2b

タイトル

Crystallographic structure of Arabidopsis thaliana Threonine synthase complexed with pyridoxal phosphate and S-adenosylmethionine

要素

THREONINE SYNTHASE 1, CHLOROPLASTIC

キーワード

LYASE / THREONINE SYNTHESIS / ALLOSTERY / SYNTHASE

機能・相同性

機能・相同性情報

threonine synthase / threonine synthase activity / threonine biosynthetic process / chloroplast stroma / chloroplast / pyridoxal phosphate binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Mas-Droux, C. / Biou, V. / Dumas, R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Allosteric Threonine Synthase: Reorganization of the Pyridoxal Phosphate Site Upon Asymmetric Activation Through S-Adenosylmethionine Binding to a Novel Site.
著者: Mas-Droux, C. / Biou, V. / Dumas, R.

履歴

登録	2005年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2015年11月11日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2c2b.cif.gz	512.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2c2b.ent.gz	422.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2c2b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/2c2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/2c2b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2c2gC 1e5xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bpm-1 6bpm-2 2y8n-3 4lng-d 5hia-d 6dgi-d 1nba-d 4r1z-d 6bpo-1 1itw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: THREONINE SYNTHASE 1, CHLOROPLASTIC

B: THREONINE SYNTHASE 1, CHLOROPLASTIC

C: THREONINE SYNTHASE 1, CHLOROPLASTIC

D: THREONINE SYNTHASE 1, CHLOROPLASTIC

E: THREONINE SYNTHASE 1, CHLOROPLASTIC

F: THREONINE SYNTHASE 1, CHLOROPLASTIC

ヘテロ分子

327 kDa, 6 ポリマー
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1

A: THREONINE SYNTHASE 1, CHLOROPLASTIC

B: THREONINE SYNTHASE 1, CHLOROPLASTIC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 2 ポリマー
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2

C: THREONINE SYNTHASE 1, CHLOROPLASTIC

D: THREONINE SYNTHASE 1, CHLOROPLASTIC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 2 ポリマー
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3

E: THREONINE SYNTHASE 1, CHLOROPLASTIC

F: THREONINE SYNTHASE 1, CHLOROPLASTIC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	191.920, 110.846, 152.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	F
1	2	B
2	2	D
3	2	E
1	3	A
2	3	C
3	3	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ALA	ALA	5	A	A	40 - 470	40 - 470
2	1	SER	SER	ALA	ALA	5	C	C	40 - 470	40 - 470
3	1	SER	SER	ALA	ALA	5	F	F	40 - 470	40 - 470
1	2	SER	SER	ALA	ALA	5	B	B	40 - 470	40 - 470
2	2	SER	SER	ALA	ALA	5	D	D	40 - 470	40 - 470
3	2	SER	SER	ALA	ALA	5	E	E	40 - 470	40 - 470
1	3	TRS	TRS	TRS	TRS	4	A	I	800
2	3	TRS	TRS	TRS	TRS	4	C	P	800
3	3	TRS	TRS	TRS	TRS	4	F	Z	800

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.49938, 0.86639, 0.00017), (-0.86639, -0.49938, -0.00063), (-0.00047, -0.00046, 1)	32.06766, 55.19161, -50.8735
2	given	(0.50075, 0.86559, 0.00023), (0.86559, -0.50075, 0.00035), (0.00042, 2.0E-5, -1)	32.0809, -55.6683, 101.83951
3	given	(-0.4998, 0.86614, 6.0E-5), (-0.86614, -0.4998, 0.00068), (0.00062, 0.00029, 1)	32.11317, 55.10795, -50.94014
4	given	(0.5005, 0.86574, -0.00043), (0.86574, -0.5005, -0.00037), (-0.00054, -0.00019, -1)	32.15505, -55.63955, 101.86627

詳細

THE BIOLOGICAL UNIT OF ARABIDOPSIS THALIANA THREONINESYNTHASE (HOMODIMER) IN COMPLEX WITH SAM IS FORMED BY TWOASYMETRIC MONOMERS. IN ONE MONOMER THE ACTIVE SITECORRESPONDS TO AN INACTIVE FORM WHEREAS IN THE OTHERMONOMER, THE ACTIVE SITE CORRESPONDS TO AN ACTIVE FORM WITHA STANDARD PLP ORIENTATION FOR A TYPE II FAMILY PLPENZYMES.

#1: タンパク質	THREONINE SYNTHASE 1, CHLOROPLASTIC / THREONINE SYNTHASE / TS / PROTEIN METHIONINE OVER-ACCUMULATOR 2 分子量: 53385.590 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) プラスミド: PET23D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9S7B5, threonine synthase
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS SEQUENCE CORRESPONDS TO THE MATURE SEQUENCE WITHOUT THE TRANSIT PEPTIDE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.4 %
結晶化	pH: 6.5 詳細: 10 MM CACL2, 15% (W/V) PEG 2000 MONOMETHYL ETHER, 1 MM PLP, 5MM SAM, 100 MM BISTRIS PH 6.5 BUFFER

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月30日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 93317 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E5X

1e5x

解像度: 2.6→29.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 25.549 / SU ML: 0.272 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.812 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-35 AND 480-486 ARE DISORDERED IN MONOMERS A, C AND F RESIDUS 1-34, 344-362 AND 482-486 ARE DISORDERED IN MONOMERS B, D AND E.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	4904	5 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.208	93254	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.72 Å²	0 Å²	-0.26 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20207	0	438	313	20958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	21143
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.961	1.976	28733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.405	5	2608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.564	24.224	883
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.487	15	3403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.294	15	102
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	3160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	15932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.174	0.2	10204
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	14637
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.112	0.2	719
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.135	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.175	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.733	2	13378
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.296	3	21002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.832	4	9015
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.797	6	7731
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1724	medium positional	0.09	0.5
1	2	C	1724	medium positional	0.07	0.5
1	3	F	1724	medium positional	0.07	0.5
2	1	B	1648	medium positional	0.07	0.5
2	2	D	1648	medium positional	0.08	0.5
2	3	E	1648	medium positional	0.07	0.5
3	1	A	8	medium positional	0.48	0.5
3	2	C	8	medium positional	0.44	0.5
3	3	F	8	medium positional	0.56	0.5
1	1	A	1612	loose positional	0.31	5
1	2	C	1612	loose positional	0.3	5
1	3	F	1612	loose positional	0.35	5
2	1	B	1550	loose positional	0.26	5
2	2	D	1550	loose positional	0.24	5
2	3	E	1550	loose positional	0.24	5
1	1	A	1724	medium thermal	0.14	2
1	2	C	1724	medium thermal	0.15	2
1	3	F	1724	medium thermal	0.15	2
2	1	B	1648	medium thermal	0.14	2
2	2	D	1648	medium thermal	0.14	2
2	3	E	1648	medium thermal	0.14	2
3	1	A	8	medium thermal	0.06	2
3	2	C	8	medium thermal	0.09	2
3	3	F	8	medium thermal	0.13	2
1	1	A	1612	loose thermal	0.81	10
1	2	C	1612	loose thermal	0.9	10
1	3	F	1612	loose thermal	0.85	10
2	1	B	1550	loose thermal	0.86	10
2	2	D	1550	loose thermal	0.85	10
2	3	E	1550	loose thermal	0.85	10

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.347	356
R_work	0.3	6882

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5691	-0.3075	1.4481	1.8604	2.0692	6.1114	-0.1701	0.2278	0.0097	-0.0707	0.1346	-0.2239	-0.7974	1.2009	0.0355	-0.1289	-0.3368	0.0084	-0.0915	0.1066	-0.1676	52.01	49.878	82.433
2	1.9355	-0.0497	0.3199	1.5264	2.0888	6.27	-0.0499	0.4295	-0.1168	-0.4585	-0.0567	0.0959	-0.4778	0.3679	0.1066	-0.0368	-0.0756	0.0233	-0.1514	0.0095	-0.2281	38.571	35.266	45.596
3	2.8366	2.0762	2.196	2.3593	2.0991	5.6918	-0.1682	-0.6911	0.5739	-0.0744	-0.5493	0.5123	-0.5774	-1.3442	0.7175	-0.1649	0.0298	-0.0448	0.0199	-0.1641	-0.0929	28.124	46.765	90.31
4	2.2247	-0.4801	0.4856	2.3168	0.0539	2.5474	-0.2383	0.3573	0.0969	-0.6514	-0.2929	0.6054	-1.0777	-1.2705	0.5312	0.4107	0.3495	-0.3143	0.2987	-0.1734	-0.0047	18.057	49.321	48.745
5	2.0289	0.4469	0.7367	1.4071	0.7649	5.5008	-0.5104	0.0956	0.4993	-0.5033	-0.0947	0.1775	-2.3818	0.1758	0.6051	0.876	-0.0537	-0.2804	-0.3096	0.0491	-0.0343	37.529	64.192	69.139
6	1.7713	-0.1979	-0.6092	1.6018	0.7793	5.9373	-0.0971	0.2052	-0.1681	-0.0826	-0.1719	0.1678	0.8328	-0.9462	0.269	-0.1448	-0.1621	0.0304	-0.1897	-0.0744	-0.1789	27.943	27.174	65.983
7	1.9235	-0.4212	0.6065	1.4251	-1.9967	5.891	0.0154	-0.0319	-0.1638	-0.3725	-0.0936	0.0348	1.5297	-0.043	0.0782	0.1091	0.1864	0.1047	-0.3437	-0.04	-0.1575	49.456	-14.771	31.492
8	1.5028	0.1014	1.3534	1.5951	-1.4425	6.5631	-0.041	0.4178	0.1157	-0.5531	-0.0666	0.0663	0.6325	0.2831	0.1076	-0.1058	0.1109	0.0113	-0.0872	-0.0119	-0.2199	43.386	4.129	-5.315
9	0.9782	-0.702	0.812	4.4411	-2.3782	4.7569	-0.1149	0.0403	0.1604	0.6805	-0.5796	-0.7257	-0.8637	1.132	0.6945	-0.1007	-0.0679	-0.0994	-0.0318	0.1407	-0.0965	58.596	7.434	39.4
10	2.7657	-0.1784	0.1268	1.1818	-0.4235	2.3325	-0.167	0.6053	0.5005	-0.4412	-0.4155	-0.3497	-0.6017	1.4656	0.5826	-0.0072	-0.1231	0.0278	0.6644	0.373	0.0068	65.817	14.878	-2.162
11	1.0062	-0.1111	0.4117	2.2123	-1.3647	5.9693	-0.0221	0.2134	-0.0267	-0.4559	-0.6422	-0.4535	1.3964	2.1579	0.6644	-0.061	0.6104	0.2491	0.6242	0.2194	-0.0566	68.926	-9.468	18.202
12	1.9662	0.1426	1.0872	1.5361	-0.0771	5.987	-0.2194	0.1614	0.2206	-0.0808	-0.0613	0.0729	-1.2668	-0.2305	0.2807	-0.0903	0.1349	-0.0589	-0.2416	0.0322	-0.1718	41.711	17.365	15.055
13	1.6863	-0.6737	-2.6144	1.7806	-0.7365	6.1514	0.0959	-0.345	0.1014	0.075	-0.1978	-0.1152	-0.832	1.4103	0.1019	-0.4297	-0.1635	-0.0289	0.1785	0.0471	-0.1677	101.328	-35.627	19.444
14	1.4878	0.0384	-2.156	1.8587	0.5896	6.8401	0.0022	-0.5369	-0.0206	0.3859	-0.0923	0.1268	-0.1117	0.5795	0.0901	-0.2604	0.0338	0.0122	0.0308	-0.0063	-0.211	81.979	-39.927	56.241
15	3.8828	1.2246	-2.3324	1.2078	-0.601	5.4521	-0.7037	0.3187	-0.6825	-0.3122	0.0803	-0.252	1.443	-0.1961	0.6234	-0.0669	-0.05	0.2116	-0.1156	-0.0363	-0.0979	86.687	-54.767	11.569
16	2.0874	-0.6542	-0.496	2.5648	0.2473	2.5732	-0.3752	-0.5544	-0.5495	0.5277	-0.155	0.2865	1.6929	0.225	0.5302	0.5782	0.2316	0.3257	0.1159	0.193	-0.0286	83.853	-64.723	53.088
17	1.8126	0.2625	-1.1764	1.2735	-0.3093	5.7775	-0.3761	-0.5952	-0.3721	-0.0132	-0.2496	-0.3064	1.0908	2.2142	0.6257	-0.1163	0.5416	0.1457	0.6617	0.259	-0.0442	106.493	-55.282	32.74
18	1.2271	0.0962	-0.505	1.8692	0.6898	5.8018	-0.1133	-0.0438	-0.0307	0.236	-0.1446	0.2405	0.4569	-1.2679	0.2579	-0.3585	-0.0209	0.0966	0.034	-0.0559	-0.1582	69.655	-45.093	35.863

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	36 - 132
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	36 - 132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	163 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	450 - 481
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	163 - 271
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	450 - 480
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	133 - 162
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	272 - 343
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	363 - 449
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	133 - 162
11	X-RAY DIFFRACTION	6	B	272 - 343
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	363 - 449
13	X-RAY DIFFRACTION	7	C	37 - 132
14	X-RAY DIFFRACTION	8	D	36 - 132
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	163 - 271
16	X-RAY DIFFRACTION	9	D	450 - 481
17	X-RAY DIFFRACTION	10	D	163 - 271
18	X-RAY DIFFRACTION	10	C	450 - 480
19	X-RAY DIFFRACTION	11	C	133 - 162
20	X-RAY DIFFRACTION	11	C	272 - 346
21	X-RAY DIFFRACTION	11	C	363 - 449
22	X-RAY DIFFRACTION	12	D	133 - 162
23	X-RAY DIFFRACTION	12	D	272 - 343
24	X-RAY DIFFRACTION	12	D	363 - 449
25	X-RAY DIFFRACTION	13	F	36 - 132
26	X-RAY DIFFRACTION	14	E	36 - 132
27	X-RAY DIFFRACTION	15	F	163 - 271
28	X-RAY DIFFRACTION	15	E	450 - 480
29	X-RAY DIFFRACTION	16	E	163 - 271
30	X-RAY DIFFRACTION	16	F	450 - 480
31	X-RAY DIFFRACTION	17	F	133 - 162
32	X-RAY DIFFRACTION	17	F	272 - 346
33	X-RAY DIFFRACTION	17	F	363 - 449
34	X-RAY DIFFRACTION	18	E	133 - 162
35	X-RAY DIFFRACTION	18	E	272 - 343
36	X-RAY DIFFRACTION	18	E	363 - 449

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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