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- PDB-2c29: Structure of dihydroflavonol reductase from Vitis vinifera at 1.8 A. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c29
タイトルStructure of dihydroflavonol reductase from Vitis vinifera at 1.8 A.
要素DIHYDROFLAVONOL 4-REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVONOIDS / SHORT DEHYDROGENASE REDUCTASE / NADPH / DIHYDROQUERCETIN / ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroflavonol 4-reductase / dihydrokaempferol 4-reductase activity / flavanone 4-reductase / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DQH / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Flavanone 4-reductase
類似検索 - 構成要素
生物種VITIS VINIFERA (ブドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Petit, P. / Granier, T. / D'Estaintot, B.L. / Hamdi, S. / Gallois, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Grape Dihydroflavonol 4-Reductase, a Key Enzyme in Flavonoid Biosynthesis.
著者: Petit, P. / Granier, T. / D'Estaintot, B.L. / Manigand, C. / Bathany, K. / Schmitter, J.M. / Lauvergeat, V. / Hamdi, S. / Gallois, B.
履歴
登録2005年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DIHYDROFLAVONOL 4-REDUCTASE
F: DIHYDROFLAVONOL 4-REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4846
ポリマ－75,3892
非ポリマー2,0954
水10,377576
1
D: DIHYDROFLAVONOL 4-REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7423
ポリマ－37,6941
非ポリマー1,0482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
F: DIHYDROFLAVONOL 4-REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7423
ポリマ－37,6941
非ポリマー1,0482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)87.818, 89.927, 93.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115D6 - 110
2115F6 - 110
1215D130 - 177
2215F130 - 177
1315D184 - 261
2315F184 - 261
1415D271 - 329
2415F271 - 329
1511D332 - 333
2511F332 - 333

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.03694, -0.99926, 0.01094), (-0.99928, 0.03703, 0.00793), (-0.00833, -0.01064, -0.99991)
ベクター: 115.17899, 106.01623, 69.9229)

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROFLAVONOL 4-REDUCTASE


分子量: 37694.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ROSSMANN FOLD / 由来: (組換発現) VITIS VINIFERA (ブドウ) / プラスミド: PQE(30XA) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15(PREP4) / 参照: UniProt: P93799, dihydroflavonol 4-reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-DQH / (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE / (2R,3R)-TRANS-DIHYDROQUERCETIN / タキシホリン


分子量: 304.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.83 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: NACL 80-200MM PEG 3350 25-30% HEPES 100MM PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97319
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→1.91 Å / Num. obs: 66981 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.81→1.91 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.81→16.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 3382 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.195 63444 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å20 Å20 Å2
2--3.49 Å20 Å2
3----2.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→16.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4990 0 140 576 5706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225303
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4281.9897238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.751310955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5985656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.84523.869199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.05715851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4331522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021044
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21119
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2250.24414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.22564
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1090.22332
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1160.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1660.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2733268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3365291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.64632035
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.63361947
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: D / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
97tight positional0.060.05
1699medium positional0.140.5
2587loose positional0.375
97tight thermal0.260.5
1699medium thermal1.692
2587loose thermal2.6910
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.86 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.376 234
Rwork0.341 4378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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