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- PDB-2c21: Specificity of the Trypanothione-dependednt Leishmania major Glyo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c21
タイトルSpecificity of the Trypanothione-dependednt Leishmania major Glyoxalase I: Structure and biochemical comparison with the human enzyme
要素TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I
キーワードLYASE / GLYOXALASE I / LEISHMANIA MAJOR / TRYPANOTHIONE / GLUTATHIONYLSPERMIDINE / METHYLGLYOXAL / DETOXIFICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


lactoylglutathione lyase / lactoylglutathione lyase activity / methylglyoxal catabolic process to D-lactate via S-lactoyl-glutathione / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glyoxalase I / Glyoxalase I, conserved site / Glyoxalase I signature 1. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase ...Glyoxalase I / Glyoxalase I, conserved site / Glyoxalase I signature 1. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Glyoxalase I
類似検索 - 構成要素
生物種LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ariza, A. / Vickers, T.J. / Greig, N. / Armour, K.A. / Eggleston, I.M. / Fairlamb, A.H. / Bond, C.S.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2006
タイトル: Specificity of the Trypanothione-Dependent Leishmania Major Glyoxalase I: Structure and Biochemical Comparison with the Human Enzyme.
著者: Ariza, A. / Vickers, T.J. / Greig, N. / Armour, K.A. / Dixon, M.J. / Eggleston, I.M. / Fairlamb, A.H. / Bond, C.S.
履歴
登録2005年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I
B: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I
C: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I
D: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I
E: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I
F: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,07522
ポリマ－99,7316
非ポリマー1,34416
水15,115839
1
A: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I
B: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7398
ポリマ－33,2442
非ポリマー4956
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I
D: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8579
ポリマ－33,2442
非ポリマー6137
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
E: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I
F: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4795
ポリマ－33,2442
非ポリマー2363
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)130.193, 148.957, 50.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 3 - 141 / Label seq-ID: 6 - 144

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.934961, -0.348219, 0.06775), (-0.352939, 0.893807, -0.276662), (0.035783, -0.28258, -0.958575)67.4877, 17.9133, 36.1849
2given(-0.41519, 0.907263, -0.067004), (-0.879978, -0.381836, 0.282557), (0.230769, 0.176277, 0.956907)35.5656, 44.801, -1.9631
3given(0.708185, -0.706005, 0.00547), (-0.706018, -0.708119, 0.010187), (-0.003318, -0.011077, -0.999933)18.7717, 45.9082, 27.0539
4given(-0.656057, -0.704095, 0.27173), (0.75458, -0.618644, 0.218831), (0.014026, 0.348608, 0.937163)60.6862, -3.541, 9.8367
5given(0.339436, 0.897001, -0.283146), (0.900126, -0.397134, -0.179041), (-0.273047, -0.194094, -0.942216)12.5815, -9.4216, 30.368

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I


分子量: 16621.896 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
株: FRIEDLIN A1 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q68RJ8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離

-
非ポリマー , 5種, 855分子

#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 839 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 62% (V/V) MPD, 100MM TRIS-HCL PH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月16日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→60 Å / Num. obs: 67613 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 28.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FA8

1fa8


解像度: 2→129.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.709 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 3378 5 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.157 64010 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→129.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6768 0 72 839 7679
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0227136
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2481.9849627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.758315352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9925848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.43923.9341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.28151373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8451547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21042
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021440
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.26353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.23319
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.24199
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2647
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1740.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4911.54189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87526821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.52933034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3514.52796
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2149 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.485
2Bloose positional0.395
3Cloose positional0.345
4Dloose positional0.455
5Eloose positional0.45
6Floose positional0.495
1Aloose thermal1.3410
2Bloose thermal1.3810
3Cloose thermal1.3410
4Dloose thermal1.1810
5Eloose thermal1.1710
6Floose thermal1.6210
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.232 249
Rwork0.192 4617
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0295-0.0584-0.04122.1524-0.47143.4238-0.0052-0.1493-0.0440.1533-0.00870.22610.5034-0.69460.0139-0.0947-0.18990.0026-0.01920.0256-0.200430.7937-7.676930.2588
24.0836-0.6012-0.77083.24750.46993.3150.06680.4713-0.1968-0.5507-0.10010.73770.3919-1.11990.0333-0.0322-0.23-0.12030.19880.0361-0.07624.1559-8.365113.532
317.16173.6437-8.59495.33591.107511.1979-0.46040.4465-1.2447-0.662-0.0235-0.13831.1545-0.52480.48390.493-0.15970.0288-0.1962-0.0925-0.037240.0007-21.33755.2019
41.2327-0.28040.00532.6217-1.27192.7529-0.00180.1611-0.2922-0.4353-0.0084-0.03220.8122-0.11110.01020.0397-0.07040.0057-0.2339-0.0235-0.212943.1766-8.491410.3183
52.82490.20840.5712.9115-1.5973.89680.0379-0.4679-0.13010.2654-0.118-0.19710.19010.11410.08-0.1578-0.0378-0.0068-0.19560.0215-0.238148.947-2.032726.0852
617.17832.6859-7.42432.0871-1.69526.1227-0.0207-0.6778-0.58960.3772-0.274-0.13070.7193-0.07640.29460.1937-0.2122-0.0145-0.040.1579-0.135238.3776-16.726838.4825
72.0260.9213-0.78111.5155-1.05872.50310.1844-0.31970.20730.33-0.1501-0.1367-0.33450.3829-0.0343-0.1599-0.08430.017-0.1908-0.0373-0.211955.658121.404916.2789
83.2188-0.0217-1.56582.9729-0.67922.97170.04970.2515-0.0584-0.3932-0.0702-0.17520.23270.14830.0206-0.19680.02270.0327-0.245-0.0118-0.24955.129812.71970.5197
98.9136-10.04926.266213.6629-8.60046.40760.10790.62270.694-0.5276-0.3516-0.6558-0.12360.52060.2437-0.0244-0.04190.1478-0.07460.0948-0.130157.980330.5851-11.9829
102.52450.3974-0.21471.6144-0.24822.4290.04180.24820.2728-0.1178-0.01380.0944-0.34930.0309-0.028-0.13840.00760.0729-0.2810.0202-0.184446.322529.433-3.6902
114.19620.22731.23932.5650.67461.60150.0296-0.50520.52110.4161-0.06880.1781-0.4034-0.1810.0392-0.0260.00940.1228-0.2167-0.0712-0.090842.224834.780213.0364
129.0268-8.60487.316314.6615-7.55286.59240.1528-0.48090.45890.7317-0.4266-0.3685-0.65780.30930.27380.0196-0.2166-0.0191-0.0331-0.1041-0.073962.647932.833821.2273
135.9141-1.13540.26531.86110.81292.40610.0986-0.54450.35570.2489-0.1680.4275-0.2707-0.63370.0693-0.10950.09550.1602-0.0211-0.0610.071516.717230.759710.0904
144.32650.01590.06581.79640.05154.06050.21960.84430.3598-0.4677-0.25280.2046-0.4011-0.63480.0331-0.07970.21110.05480.05310.02930.038120.392730.0157-7.6324
158.9395.0795-0.680814.27421.55634.37380.33431.6077-0.3527-0.3534-0.46660.9346-0.154-1.45330.1324-0.0710.2548-0.10610.9952-0.14350.39110.020723.8605-13.7129
165.1234-1.09540.24554.43520.83683.22720.11840.9543-0.5661-0.2949-0.36280.54430.1742-1.0030.2444-0.20370.01590.04930.3982-0.2160.29787.782815.6583-5.3856
175.88040.3056-0.47854.18420.26363.0083-0.101-0.6682-1.01570.9452-0.14390.46080.6014-0.60850.24490.0436-0.1390.20580.14570.03130.34979.456213.262212.4895
1811.971112.72092.007525.73475.47951.25320.4304-0.56470.09851.0134-0.63250.7745-0.1495-1.08690.20220.04320.1240.28910.284-0.22160.21375.327734.187617.9647
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2A68 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3A124 - 141
4X-RAY DIFFRACTION4B3 - 67
5X-RAY DIFFRACTION5B68 - 123
6X-RAY DIFFRACTION6B124 - 141
7X-RAY DIFFRACTION7C3 - 67
8X-RAY DIFFRACTION8C68 - 123
9X-RAY DIFFRACTION9C124 - 141
10X-RAY DIFFRACTION10D3 - 67
11X-RAY DIFFRACTION11D68 - 123
12X-RAY DIFFRACTION12D124 - 141
13X-RAY DIFFRACTION13E3 - 67
14X-RAY DIFFRACTION14E68 - 123
15X-RAY DIFFRACTION15E124 - 141
16X-RAY DIFFRACTION16F3 - 67
17X-RAY DIFFRACTION17F68 - 123
18X-RAY DIFFRACTION18F124 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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