PDB-2c21: Specificity of the Trypanothione-dependednt Leishmania major Glyo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2c21

タイトル

Specificity of the Trypanothione-dependednt Leishmania major Glyoxalase I: Structure and biochemical comparison with the human enzyme

要素

TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

キーワード

LYASE / GLYOXALASE I / LEISHMANIA MAJOR / TRYPANOTHIONE / GLUTATHIONYLSPERMIDINE / METHYLGLYOXAL / DETOXIFICATION

機能・相同性

機能・相同性情報

lactoylglutathione lyase / lactoylglutathione lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ariza, A. / Vickers, T.J. / Greig, N. / Armour, K.A. / Eggleston, I.M. / Fairlamb, A.H. / Bond, C.S.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2006
タイトル: Specificity of the Trypanothione-Dependent Leishmania Major Glyoxalase I: Structure and Biochemical Comparison with the Human Enzyme.
著者: Ariza, A. / Vickers, T.J. / Greig, N. / Armour, K.A. / Dixon, M.J. / Eggleston, I.M. / Fairlamb, A.H. / Bond, C.S.

履歴

登録	2005年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2c21.cif.gz	202.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2c21.ent.gz	163.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2c21.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2c21_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2c21_full_validation.pdf.gz	461.6 KB	表示
XML形式データ	2c21_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	2c21_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/2c21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/2c21	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fa8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2zyq-2 3kys-2 6x7l-d 1y7w-2 4tuf-1 2vxl-d 2zem-1 4mtq-d 5dz2-2 5suw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

B: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

C: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

D: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

E: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

F: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

ヘテロ分子

101 kDa, 6 ポリマー
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1

A: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

B: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

D: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

F: TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	130.193, 148.957, 50.698
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 3 - 141 / Label seq-ID: 6 - 144

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.934961, -0.348219, 0.06775), (-0.352939, 0.893807, -0.276662), (0.035783, -0.28258, -0.958575)	67.4877, 17.9133, 36.1849
2	given	(-0.41519, 0.907263, -0.067004), (-0.879978, -0.381836, 0.282557), (0.230769, 0.176277, 0.956907)	35.5656, 44.801, -1.9631
3	given	(0.708185, -0.706005, 0.00547), (-0.706018, -0.708119, 0.010187), (-0.003318, -0.011077, -0.999933)	18.7717, 45.9082, 27.0539
4	given	(-0.656057, -0.704095, 0.27173), (0.75458, -0.618644, 0.218831), (0.014026, 0.348608, 0.937163)	60.6862, -3.541, 9.8367
5	given	(0.339436, 0.897001, -0.283146), (0.900126, -0.397134, -0.179041), (-0.273047, -0.194094, -0.942216)	12.5815, -9.4216, 30.368

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I 分子量: 16621.896 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア) 株: FRIEDLIN A1 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q68RJ8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離

#1: タンパク質

TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

分子量: 16621.896 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
株: FRIEDLIN A1 / プラスミド: PET15B / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q68RJ8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離

-
非ポリマー , 5種, 855分子

#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 839 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化	pH: 8 / 詳細: 62% (V/V) MPD, 100MM TRIS-HCL PH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月16日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→60 Å / Num. obs: 67613 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 28.36 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FA8

1fa8

解像度: 2→129.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 6.709 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	3378	5 %	RANDOM
R_work	0.155	-	-	-
obs	0.157	64010	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.82 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→129.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6768	0	72	839	7679

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	7136
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6586
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.248	1.984	9627
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.758	3	15352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.992	5	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.439	23.9	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.28	15	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.845	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7721
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	6353
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	3319
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	4199
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	647
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.141	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.174	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.491	1.5	4189
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.875	2	6821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.529	3	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.351	4.5	2796
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2149 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.48	5
2	B	loose positional	0.39	5
3	C	loose positional	0.34	5
4	D	loose positional	0.45	5
5	E	loose positional	0.4	5
6	F	loose positional	0.49	5
1	A	loose thermal	1.34	10
2	B	loose thermal	1.38	10
3	C	loose thermal	1.34	10
4	D	loose thermal	1.18	10
5	E	loose thermal	1.17	10
6	F	loose thermal	1.62	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.232	249
R_work	0.192	4617

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0295	-0.0584	-0.0412	2.1524	-0.4714	3.4238	-0.0052	-0.1493	-0.044	0.1533	-0.0087	0.2261	0.5034	-0.6946	0.0139	-0.0947	-0.1899	0.0026	-0.0192	0.0256	-0.2004	30.7937	-7.6769	30.2588
2	4.0836	-0.6012	-0.7708	3.2475	0.4699	3.315	0.0668	0.4713	-0.1968	-0.5507	-0.1001	0.7377	0.3919	-1.1199	0.0333	-0.0322	-0.23	-0.1203	0.1988	0.0361	-0.076	24.1559	-8.3651	13.532
3	17.1617	3.6437	-8.5949	5.3359	1.1075	11.1979	-0.4604	0.4465	-1.2447	-0.662	-0.0235	-0.1383	1.1545	-0.5248	0.4839	0.493	-0.1597	0.0288	-0.1962	-0.0925	-0.0372	40.0007	-21.3375	5.2019
4	1.2327	-0.2804	0.0053	2.6217	-1.2719	2.7529	-0.0018	0.1611	-0.2922	-0.4353	-0.0084	-0.0322	0.8122	-0.1111	0.0102	0.0397	-0.0704	0.0057	-0.2339	-0.0235	-0.2129	43.1766	-8.4914	10.3183
5	2.8249	0.2084	0.571	2.9115	-1.597	3.8968	0.0379	-0.4679	-0.1301	0.2654	-0.118	-0.1971	0.1901	0.1141	0.08	-0.1578	-0.0378	-0.0068	-0.1956	0.0215	-0.2381	48.947	-2.0327	26.0852
6	17.1783	2.6859	-7.4243	2.0871	-1.6952	6.1227	-0.0207	-0.6778	-0.5896	0.3772	-0.274	-0.1307	0.7193	-0.0764	0.2946	0.1937	-0.2122	-0.0145	-0.04	0.1579	-0.1352	38.3776	-16.7268	38.4825
7	2.026	0.9213	-0.7811	1.5155	-1.0587	2.5031	0.1844	-0.3197	0.2073	0.33	-0.1501	-0.1367	-0.3345	0.3829	-0.0343	-0.1599	-0.0843	0.017	-0.1908	-0.0373	-0.2119	55.6581	21.4049	16.2789
8	3.2188	-0.0217	-1.5658	2.9729	-0.6792	2.9717	0.0497	0.2515	-0.0584	-0.3932	-0.0702	-0.1752	0.2327	0.1483	0.0206	-0.1968	0.0227	0.0327	-0.245	-0.0118	-0.249	55.1298	12.7197	0.5197
9	8.9136	-10.0492	6.2662	13.6629	-8.6004	6.4076	0.1079	0.6227	0.694	-0.5276	-0.3516	-0.6558	-0.1236	0.5206	0.2437	-0.0244	-0.0419	0.1478	-0.0746	0.0948	-0.1301	57.9803	30.5851	-11.9829
10	2.5245	0.3974	-0.2147	1.6144	-0.2482	2.429	0.0418	0.2482	0.2728	-0.1178	-0.0138	0.0944	-0.3493	0.0309	-0.028	-0.1384	0.0076	0.0729	-0.281	0.0202	-0.1844	46.3225	29.433	-3.6902
11	4.1962	0.2273	1.2393	2.565	0.6746	1.6015	0.0296	-0.5052	0.5211	0.4161	-0.0688	0.1781	-0.4034	-0.181	0.0392	-0.026	0.0094	0.1228	-0.2167	-0.0712	-0.0908	42.2248	34.7802	13.0364
12	9.0268	-8.6048	7.3163	14.6615	-7.5528	6.5924	0.1528	-0.4809	0.4589	0.7317	-0.4266	-0.3685	-0.6578	0.3093	0.2738	0.0196	-0.2166	-0.0191	-0.0331	-0.1041	-0.0739	62.6479	32.8338	21.2273
13	5.9141	-1.1354	0.2653	1.8611	0.8129	2.4061	0.0986	-0.5445	0.3557	0.2489	-0.168	0.4275	-0.2707	-0.6337	0.0693	-0.1095	0.0955	0.1602	-0.0211	-0.061	0.0715	16.7172	30.7597	10.0904
14	4.3265	0.0159	0.0658	1.7964	0.0515	4.0605	0.2196	0.8443	0.3598	-0.4677	-0.2528	0.2046	-0.4011	-0.6348	0.0331	-0.0797	0.2111	0.0548	0.0531	0.0293	0.0381	20.3927	30.0157	-7.6324
15	8.939	5.0795	-0.6808	14.2742	1.5563	4.3738	0.3343	1.6077	-0.3527	-0.3534	-0.4666	0.9346	-0.154	-1.4533	0.1324	-0.071	0.2548	-0.1061	0.9952	-0.1435	0.3911	0.0207	23.8605	-13.7129
16	5.1234	-1.0954	0.2455	4.4352	0.8368	3.2272	0.1184	0.9543	-0.5661	-0.2949	-0.3628	0.5443	0.1742	-1.003	0.2444	-0.2037	0.0159	0.0493	0.3982	-0.216	0.2978	7.7828	15.6583	-5.3856
17	5.8804	0.3056	-0.4785	4.1842	0.2636	3.0083	-0.101	-0.6682	-1.0157	0.9452	-0.1439	0.4608	0.6014	-0.6085	0.2449	0.0436	-0.139	0.2058	0.1457	0.0313	0.3497	9.4562	13.2622	12.4895
18	11.9711	12.7209	2.0075	25.7347	5.4795	1.2532	0.4304	-0.5647	0.0985	1.0134	-0.6325	0.7745	-0.1495	-1.0869	0.2022	0.0432	0.124	0.2891	0.284	-0.2216	0.2137	5.3277	34.1876	17.9647

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	68 - 123
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	124 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	3 - 67
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	68 - 123
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	124 - 141
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	3 - 67
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	68 - 123
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	124 - 141
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	3 - 67
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	68 - 123
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	124 - 141
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	3 - 67
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	68 - 123
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	124 - 141
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	3 - 67
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	68 - 123
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	124 - 141

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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