[日本語] English
万見
- PDB-2c12: Crystal Structure of Nitroalkane Oxidase in Complex with Spermine... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c12
タイトルCrystal Structure of Nitroalkane Oxidase in Complex with Spermine, a Competitive Inhibitor
要素NITROALKANE OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / NITROALKANE / ACYL-COA DEHYDROGENASE / LONG CELL EDGE / FAD / INHIBITOR / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nitroalkane oxidase activity / nitroalkane oxidase / : / butyrate catabolic process / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / : / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily ...Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / SPERMINE / Nitroalkane oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種FUSARIUM OXYSPORUM (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Nagpal, A. / Valley, M.P. / Fitzpatrick, P.F. / Orville, A.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Crystal Structures of Nitroalkane Oxidase: Insights Into the Reaction Mechanism from a Covalent Complex of the Flavoenzyme Trapped During Turnover.
著者: Nagpal, A. / Valley, M.P. / Fitzpatrick, P.F. / Orville, A.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and Preliminary Analysis of Active Nitroalkane Oxidase in Three Crystal Forms
著者: Nagpal, A. / Valley, M.P. / Fitzpatrick, P.F. / Orville, A.M.
#2: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2005
タイトル: Nitroalkane Oxidase, a Carbanion-Forming Flavoprotein Homologous to Acyl-Coa Dehydrogenase
著者: Fitzpatrick, P.F. / Orville, A.M. / Nagpal, A. / Valley, M.P.
履歴
登録2005年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NITROALKANE OXIDASE
B: NITROALKANE OXIDASE
C: NITROALKANE OXIDASE
D: NITROALKANE OXIDASE
E: NITROALKANE OXIDASE
F: NITROALKANE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,92833
ポリマ－289,3156
非ポリマー7,61327
水20,1231117
1
A: NITROALKANE OXIDASE
B: NITROALKANE OXIDASE
C: NITROALKANE OXIDASE
D: NITROALKANE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,99423
ポリマ－192,8774
非ポリマー5,11719
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31330 Å2
ΔGint-143.8 kcal/mol
Surface area52880 Å2
手法PISA
2
E: NITROALKANE OXIDASE
F: NITROALKANE OXIDASE
ヘテロ分子

E: NITROALKANE OXIDASE
F: NITROALKANE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,86920
ポリマ－192,8774
非ポリマー4,99316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+2/31
Buried area30490 Å2
ΔGint-138.5 kcal/mol
Surface area52960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.393, 103.393, 485.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
NITROALKANE OXIDASE


分子量: 48219.246 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) FUSARIUM OXYSPORUM (菌類) / プラスミド: PETNAO4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8X1D8

-
非ポリマー , 5種, 1144分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#5: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 25%(W/V) PEG 4000, 35% (V/V) GLYCEROL, 200 MM SODIUM CACODYLATE TRIHYDRATE PH 7.5, 1 MM SPERMINE TETRAHYDROCHLORIDE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 180533 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 1.64 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.07→2.15 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 81.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C0U

2c0u


解像度: 2.07→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 4.182 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 9048 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.19 171484 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20.34 Å20 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19842 0 512 1117 21471
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02220793
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0218829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.98728204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.992343945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.42252574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.23192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0222636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023870
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.24879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2440.223597
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.211803
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.21228
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2540.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5751.512858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11220720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.87437935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.134.57484
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.12 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.293 495
Rwork0.226 9710

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る