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- PDB-2bzl: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE N14 A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bzl
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE N14 AT 1. 65 A RESOLUTION
要素TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE, NON-RECEPTOR TYPE 14
キーワードHYDROLASE / PTPN14 / PROTEIN PHOSPHATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphangiogenesis / regulation of protein export from nucleus / Interleukin-37 signaling / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / transcription coregulator activity / receptor tyrosine kinase binding / cytoskeleton / negative regulation of cell population proliferation ...lymphangiogenesis / regulation of protein export from nucleus / Interleukin-37 signaling / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / transcription coregulator activity / receptor tyrosine kinase binding / cytoskeleton / negative regulation of cell population proliferation / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-14/21 / PTPN14/21, FERM domain C-lobe / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-14/21 / PTPN14/21, FERM domain C-lobe / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 14
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Debreczeni, J.E. / Barr, A. / Eswaran, J. / Das, S. / Burgess, N. / Longman, E. / Fedorov, O. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Sundstrom, M. ...Debreczeni, J.E. / Barr, A. / Eswaran, J. / Das, S. / Burgess, N. / Longman, E. / Fedorov, O. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Human Protein Tyrosine Phosphatase 14 (Ptpn14) at 1.65-A Resolution.
著者: Barr, A.J. / Debreczeni, J.E. / Eswaran, J. / Knapp, S.
履歴
登録2005年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_biol
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.52019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE, NON-RECEPTOR TYPE 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9385
ポリマ－37,6221
非ポリマー3164
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)87.636, 87.636, 77.115
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE, NON-RECEPTOR TYPE 14 / PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE PEZ


分子量: 37622.031 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 886-1187 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PLIC SGC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q15678, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BELONGS TO THE PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE FAMILY. NON-RECEPTOR CLASS SUBFAMILY.
配列の詳細RESIDUES 886-1187 CORRESPOND TO THE CATALYTIC DOMAIN OF OF THE PROTEIN, RESIDUES 863-885 ARE PART ...RESIDUES 886-1187 CORRESPOND TO THE CATALYTIC DOMAIN OF OF THE PROTEIN, RESIDUES 863-885 ARE PART OF A EXPRESSION SYSTEM HIS-TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: SITTING DROP, 20% PEG3350, 0.2 M LI2SO4, 0.1 M BIS TRIS PROPANE PH 6.5, CRYO 20% ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.008
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月2日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 41374 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.73 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.08
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FPR

1fpr


解像度: 1.65→77.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.067 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1820 4.4 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.186 39553 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20.18 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→77.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2235 0 18 244 2497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212348
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1671.9393195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72834880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0185295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.42223.301103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.08515385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9831514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02486
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.22068
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21139
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.21280
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1850.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8931.51454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42422325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.45431004
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0914.5863
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.308 127
Rwork0.25 2845

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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