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- PDB-2bym: Histone fold heterodimer of the Chromatin Accessibility Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bym
タイトルHistone fold heterodimer of the Chromatin Accessibility Complex
要素
  • CHRAC-14
  • CHRAC-16
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CHRAC-14 / NUCLEOSOME SLIDING / HISTONE FOLD / CHRAC-16 / DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication initiation / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Termination of translesion DNA synthesis / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Activation of the pre-replicative complex / CHRAC / epsilon DNA polymerase complex / CENP-A containing chromatin assembly ...DNA replication initiation / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Termination of translesion DNA synthesis / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Activation of the pre-replicative complex / CHRAC / epsilon DNA polymerase complex / CENP-A containing chromatin assembly / ATAC complex / leading strand elongation / cellular response to gamma radiation / chromatin DNA binding / DNA-templated DNA replication / heterochromatin formation / molecular adaptor activity / nucleic acid binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA damage response / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA polymerase epsilon subunit 3 / Chromatin accessibility complex 16kD protein
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fernandez-Tornero, C. / Hartlepp, K.F. / Grune, T. / Eberharter, A. / Becker, P.B. / Muller, C.W.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2005
タイトル: The Histone Fold Subunits of Drosophila Chrac Facilitate Nucleosome Sliding Through Dynamic DNA Interactions.
著者: Hartlepp, K.F. / Fernandez-Tornero, C. / Eberharter, A. / Grune, T. / Muller, C.W. / Becker, P.B.
履歴
登録2005年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHRAC-16
B: CHRAC-14
C: CHRAC-16
D: CHRAC-14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1047
ポリマ－59,7674
非ポリマー3373
水36020
1
A: CHRAC-16
B: CHRAC-14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9963
ポリマ－29,8832
非ポリマー1121
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: CHRAC-16
D: CHRAC-14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1084
ポリマ－29,8832
非ポリマー2252
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)130.550, 130.550, 59.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.8088, 0.58803, 0.00753), (0.58796, 0.80883, -0.00989), (-0.01191, -0.00357, -0.99992)118.72002, -38.61471, -13.59245
2given(-0.7918, 0.61078, 7.0E-5), (0.61074, 0.79174, 0.01157), (0.00701, 0.0092, -0.99993)116.88046, -39.48368, -15.06593

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要素

#1: タンパク質 CHRAC-16 / CG32956-PA ISOFORM A / CG32956-PE / ISOFORM E


分子量: 16020.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PGEX2T-CHRAC14/16 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9V452
#2: タンパク質 CHRAC-14 / RE59557P / CG15736-PA


分子量: 13862.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PGEX2T-CHRAC14/16 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9V444
#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEOLYTIC CLEAVAGE IN THE CRYSTALLIZATION DROP MIGHT HAVE OCCURRED BUT ATTEMPTS TO CHARACTERIZE ...PROTEOLYTIC CLEAVAGE IN THE CRYSTALLIZATION DROP MIGHT HAVE OCCURRED BUT ATTEMPTS TO CHARACTERIZE IT WERE UNSUCCESSFUL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 12% PEG 3350, 0.1M HEPES PH 7.5, 5MM CDCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 13325 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 72.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→33.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1824194.32 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 1363 10.3 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 13224 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.0043 Å2 / ksol: 0.385781 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.92 Å20 Å20 Å2
2--4.92 Å20 Å2
3----9.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→33.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2322 0 3 20 2345
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it02.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 224 10.4 %
Rwork0.338 1935 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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