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- PDB-2byf: NMR solution structure of phospholipase c epsilon RA 2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2byf
タイトルNMR solution structure of phospholipase c epsilon RA 2 domain
要素PHOSPHOLIPASE C, EPSILON 1
キーワードLIPASE / PHOSPHOLIPASE C EPSILON / RAS BINDING DOMAIN / UBIQUITIN SUPERFOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol biosynthetic process / phosphoinositide phospholipase C / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipase C activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / glomerulus development / phosphatidylinositol-mediated signaling / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / lipid catabolic process / positive regulation of lamellipodium assembly ...diacylglycerol biosynthetic process / phosphoinositide phospholipase C / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipase C activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / glomerulus development / phosphatidylinositol-mediated signaling / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / lipid catabolic process / positive regulation of lamellipodium assembly / release of sequestered calcium ion into cytosol / guanyl-nucleotide exchange factor activity / calcium-mediated signaling / small GTPase binding / epidermal growth factor receptor signaling pathway / lamellipodium / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ras protein signal transduction / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / enzyme binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1 / : / : / Phosphoinositide-specific phospholipase C, EF-hand-like domain / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1 / : / : / Phosphoinositide-specific phospholipase C, EF-hand-like domain / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / EF-hand domain pair / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1 / 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / RESTRAINED SIMULATED ANNEALING, WATER REFINEMENT
データ登録者Bunney, T.D. / Harris, R. / Gandarillas, N.L. / Josephs, M.B. / Roe, S.M. / Paterson, H.F. / Rodrigues-Lima, F. / Esposito, D. / Gieschik, P. / Pearl, L.H. ...Bunney, T.D. / Harris, R. / Gandarillas, N.L. / Josephs, M.B. / Roe, S.M. / Paterson, H.F. / Rodrigues-Lima, F. / Esposito, D. / Gieschik, P. / Pearl, L.H. / Driscoll, P.C. / Katan, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Structural and Mechanistic Insights Into Ras Association Domains of Phospholipase C Epsilon.
著者: Bunney, T.D. / Harris, R. / Gandarillas, N.L. / Josephs, M.B. / Roe, S.M. / Sorli, S.C. / Paterson, H.F. / Rodrigues-Lima, F. / Esposito, D. / Ponting, C.P. / Gierschik, P. / Pearl, L.H. / ...著者: Bunney, T.D. / Harris, R. / Gandarillas, N.L. / Josephs, M.B. / Roe, S.M. / Sorli, S.C. / Paterson, H.F. / Rodrigues-Lima, F. / Esposito, D. / Ponting, C.P. / Gierschik, P. / Pearl, L.H. / Driscoll, P.C. / Katan, M.
履歴
登録2005年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42020年1月15日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE C, EPSILON 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1071
ポリマ－13,1071
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LOWEST ENERGY STRUCTURE WITH NO RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE C, EPSILON 1 / PHOSPHOLIPASE C EPSILON


分子量: 13106.789 Da / 分子数: 1 / 断片: RA2 DOMAIN, RESIDUES 2131-2246 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PTRIEX4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q5VWL5, UniProt: Q9P212*PLUS
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 2150 TO LEU

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111C13-NOESY
221N15-NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED PROTEIN.

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試料調製

詳細内容: 90% WATER, 10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1275 mM6.51.0 atm298.0 K
22756.51.0 atm298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
Xplor-NIHC.D. SCHWIETERS, J.J. KUSZEWSKI, N. TJ精密化
ANSIG構造決定
CNS構造決定
Xplor-NIH構造決定
精密化手法: RESTRAINED SIMULATED ANNEALING, WATER REFINEMENT / ソフトェア番号: 1
詳細: AB INITIO SIMULATED ANNEALING PROTOCOL WITH CARTESIAN MOLECULAR DYNAMICS AND TORSION ANGLE DYNAMICS SIMULATED ANNEALING. A FINAL STEP OF RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS WITH EXPLICIT INCLUSION OF SOLVENT.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY STRUCTURE WITH NO RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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