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- PDB-2oqp: Solution structure of human interleukin-21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oqp
タイトルSolution structure of human interleukin-21
要素Interleukin-21
キーワードCYTOKINE / FOUR HELIX BUNDLE / MULTIPLE CONFORMERS
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-2 receptor binding / germinal center B cell differentiation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of tissue remodeling / Interleukin-21 signaling / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / cytokine receptor binding / T follicular helper cell differentiation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of immunoglobulin production ...interleukin-2 receptor binding / germinal center B cell differentiation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of tissue remodeling / Interleukin-21 signaling / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / cytokine receptor binding / T follicular helper cell differentiation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of interleukin-17 production / cell maturation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / cellular response to virus / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / defense response to virus / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-15/Interleukin-21 family / Interleukin 15 / Interleukin-15/Interleukin-21 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bondensgaard, K. / Breinholt, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The existence of multiple conformers of interleukin-21 directs engineering of a superpotent analogue.
著者: Bondensgaard, K. / Breinholt, J. / Madsen, D. / Omkvist, D.H. / Kang, L. / Worsaae, A. / Becker, P. / Schiodt, C.B. / Hjorth, S.A.
履歴
登録2007年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6231
ポリマ－15,6231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 64structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-21 / IL-21 / Za11


分子量: 15622.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL21 / プラスミド: pTAP337 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
発現宿主: Escherichia coli str. K12 substr. W3110 (大腸菌)
株 (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: Q9HBE4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1322D NOESY
141HNHA
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8mM IL21 U-15N, 20mM phosphate, 50mM NaCl, 1mM NaN390% H2O/10% D2O
20.8mM IL21 U-15N,13C, 20mM phosphate, 50mM NaCl, 1mM NaN3100% D2O
試料状態イオン強度: 50mM NaCl / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVBrukerAV6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1.0.8Guntert P.精密化
TALOSCornilescu G., Delaglio F., Bax A.データ解析
Sparky3.11Goddard T.D., Kneller D.G.データ解析
Felix2004Accelrys解析
XwinNMR3.5Brukercollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: A total of 1235, 2994 and 449 peaks from 15N-separated, 13C-separated NOESY and 2D NOESY spectra, respectively, were included in structure calculations. Together with chemical shifts for the ...詳細: A total of 1235, 2994 and 449 peaks from 15N-separated, 13C-separated NOESY and 2D NOESY spectra, respectively, were included in structure calculations. Together with chemical shifts for the assigned resonances, the NOEs were analyzed with Cyana using the candid protocol for automatic NOE assignment and structure calculation. Additional sources of structural information were included in the calculations. Thus two disulfide bonds were enforced between Cys43 and Cys94, and between Cys50 and Cys97. This disulfide pattern has been established for the hIL-21 molecule through an analysis which combined protease cleavage, Edman degradation, and MS. Test calculations without disulfide bond constraints supported this pattern. Chemical shift values for HA, CA, CB, N and CO atoms were analyzed to predict phi and psi backbone angles using the computer program Talos. Talos gave good predictions for 78 residues, and 156 angle phi/psi angle constraints were included in the calculations with an uncertainty of 30 degrees. From the HNHA spectrum 72 J(HA-HN) scalar coupling constants were extracted and included in the structure calculations. Hydrogen bond constraints were added for 20 backbone amide protons which exchange slowly in deuterium exchange experiments. Hydrogen bond patterns were identified based on structures calculated without hydrogen bond constraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 64 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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