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- PDB-2bw1: Iron-bound crystal structure of Dps-like peroxide resistance prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bw1
タイトルIron-bound crystal structure of Dps-like peroxide resistance protein (Dpr) from Streptococcus suis.
要素DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
キーワードPEROXIDE RESISTANCE / DPR / IRON-BINDING / FERROXIDASE / DPS-FAMILY / FERRITIN-LIKE
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA protection during starvation protein / DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS SUIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Kauko, A. / Pulliainen, A. / Haataja, S. / Finne, J. / Papageorgiou, A.C.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2006
タイトル: Iron incorporation in Streptococcus suis Dps-like peroxide resistance protein Dpr requires mobility in the ferroxidase center and leads to the formation of a ferrihydrite-like core.
著者: Kauko, A. / Pulliainen, A.T. / Haataja, S. / Meyer-Klaucke, W. / Finne, J. / Papageorgiou, A.C.
履歴
登録2005年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Experimental preparation / Other
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_biol
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_2
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
B: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
C: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
D: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
E: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
F: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
G: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
H: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
I: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
J: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
K: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
L: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,50329
ポリマ－222,83912
非ポリマー1,66317
水27,0591502
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.130, 138.050, 142.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99219, -0.09213, -0.0841), (-0.08445, -8.0E-5, 0.99643), (-0.0918, 0.99575, -0.0077)22.40622, 136.30128, -135.0296
2given(-0.99871, -0.0378, 0.03383), (-0.03354, -0.00818, -0.9994), (0.03805, -0.99925, 0.0069)14.65724, 142.10468, 140.49066
3given(0.99064, 0.12423, 0.05648), (0.12443, -0.99223, -5.0E-5), (0.05604, 0.00708, -0.9984)-17.29762, 275.14285, 3.65605
4given(0.08998, -0.7502, -0.65506), (-0.71592, 0.40852, -0.56619), (0.69236, 0.51991, -0.50033)109.82722, 86.63286, -71.66862
5given(0.04482, -0.66097, -0.74908), (0.72178, -0.49698, 0.48171), (-0.69067, -0.56226, 0.4548)97.93053, 202.59447, 82.52335
6given(-0.09227, 0.65699, 0.74823), (0.68151, 0.58952, -0.43359), (-0.72597, 0.46992, -0.50214)-87.55195, 54.53841, -58.03191
7given(-0.04694, 0.75114, 0.65847), (-0.68627, -0.50324, 0.52515), (0.72583, -0.42724, 0.53911)-100.50269, 210.04353, 56.85093
8given(0.09638, -0.71497, 0.69248), (-0.75325, 0.40239, 0.52029), (-0.65064, -0.57175, -0.49977)101.63394, 84.96857, 85.78767
9given(-0.0841, 0.6844, -0.72424), (0.65887, 0.58345, 0.47484), (0.74754, -0.43725, -0.49999)-87.80016, 53.33699, 60.50747
10given(-0.04463, -0.68886, 0.72352), (0.75852, -0.49468, -0.42419), (0.65012, 0.52987, 0.54459)98.61969, 204.12083, -75.21578
11given(0.03506, 0.72358, -0.68935), (-0.66056, -0.50083, -0.5593), (-0.74995, 0.47497, 0.46041)-93.85978, 212.22171, -60.92449

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要素

#1: タンパク質
DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN / DPR


分子量: 18569.938 Da / 分子数: 12 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-TERMINUS TRUNCATED AND FIRST SEVEN RESIDUES REMOVED.
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS SUIS (バクテリア) / 株: D282 / プラスミド: PET30EK / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9F5J9, UniProt: P0CB53*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION GLN 8 TO GLY IN CHAINS A-L. ONLY THE CHAIN G MUTATION WAS VISIBLE IN THE ...ENGINEERED MUTATION GLN 8 TO GLY IN CHAINS A-L. ONLY THE CHAIN G MUTATION WAS VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.
配列の詳細UNIPROT ENTRY HAS FULL LENGTH PROTEIN. PROTEIN DESCRIBED IN THIS PDB-ENTRY HAS TRUNCATED N-TERMINUS ...UNIPROT ENTRY HAS FULL LENGTH PROTEIN. PROTEIN DESCRIBED IN THIS PDB-ENTRY HAS TRUNCATED N-TERMINUS WITH FIRST 7 RESIDUES MISSING AND Q8G MUTATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
解説: A 2.81A DATASET FOR THIS STRUCTURE WAS USED AS STARTING MODEL.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 2UL AND 2UL VOLUME DROP, 30 % PEG 400, 0.2 M CACL2, 0.1 M HEPES-NAOH, PH 7.4, HANGING DROP, 16C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8128
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: TRIANGULAR HORIZONTAL- FOCUSING SI III
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 188319 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: STRUCTURE FROM PREVIOUS DATASET

解像度: 1.81→19.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.178 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: LAST CYCLE OF REFINEMENT WAS DONE WITHOUT R-FREE SET. STATISTICS RELATED TO R-FREE ARE FORM SECOND LAST CYCLE. CRYSTAL SOAKED FOR 10 MIN IN 10 MM (NH4) 2FE(SO4)2 AND 2.5 PERCENT (SO2NA)2 I.E. REDUCTANT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 9304 4.9 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.188 188314 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→19.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14499 0 73 1502 16074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02215413
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3181.9520906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.97451885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.48225.26787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.619152679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5871565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.22290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211788
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.28901
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.210819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.21584
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7941.59609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.182215048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.15436616
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2044.55858
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.294 636
Rwork0.236 12917

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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