[日本語] English
万見
- PDB-2bu3: Acyl-enzyme intermediate between Alr0975 and glutathione at pH 3.4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bu3
タイトルAcyl-enzyme intermediate between Alr0975 and glutathione at pH 3.4
要素ALR0975 PROTEIN
キーワードTRANSFERASE / PHYTOCHELATIN SYNTHASE / PCS / ALR0975 / ACYL-ENZYME INTERMEDIATE / NOSTOC / GLUTATHIONE METABOLISM / CYSTEINE PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione gamma-glutamylcysteinyltransferase / glutathione gamma-glutamylcysteinyltransferase activity / phytochelatin biosynthetic process / response to metal ion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phytochelatin synthase, N-terminal domain / Phytochelatin synthase, N-terminal catalytic domain / Phytochelatin synthase, N-terminal domain superfamily / Phytochelatin synthase / Phytochelatin synthase / Phytochelatin synthase (PCS) domain profile. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-GLUTAMYLCYSTEINE / glutathione gamma-glutamylcysteinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種ANABAENA SP. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Vivares, D. / Arnoux, P. / Pignol, D.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: A Papain-Like Enzyme at Work: Native and Acyl- Enzyme Intermediate Structures in Phytochelatin Synthesis.
著者: Vivares, D. / Arnoux, P. / Pignol, D.
#1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2004
タイトル: Characterization of Phytochelatin Synthase-Like Protein Encoded by Alr0975 from a Prokaryote, Nostoc Sp. Pcc 7120
著者: Tsuji, N. / Nishikori, S. / Iwabe, O. / Shiraki, K. / Miyasaka, H. / Takagi, M. / Hirata, K. / Miyamoto, K.
#2: ジャーナル: Phytochemistry / 年: 2004
タイトル: A Cyanobacterial Protein with Similarity to Phytochelatin Synthases Catalyzes the Conversion of Glutathione to Gamma-Glutamylcysteine and Lacks Phytochelatin Synthase Activity
著者: Harada, E. / Von Roepenack-Lahaye, E. / Clemens, S.
履歴
登録2005年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ALR0975 PROTEIN
B: ALR0975 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5268
ポリマ－58,8742
非ポリマー6526
水6,990388
1
A: ALR0975 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7634
ポリマ－29,4371
非ポリマー3263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ALR0975 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7634
ポリマ－29,4371
非ポリマー3263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.253, 58.259, 72.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.51157, 0.53057, 0.67586), (0.49733, -0.82427, 0.27064), (0.70068, 0.19767, -0.68554)
ベクター: -18.83119, 8.77481, 33.24425)

-
要素

#1: タンパク質 ALR0975 PROTEIN / PRIMITIVE PHYTOCHELATIN SYNTHASE


分子量: 29437.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ANABAENA SP. (バクテリア) / プラスミド: PJC40 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q8YY76, glutathione gamma-glutamylcysteinyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-3GC / GAMMA-GLUTAMYLCYSTEINE / γ-グルタミルシステイン


分子量: 250.272 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14N2O5S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PUTATIVE N-TERMINAL SECRETION SIGNAL WAS NOT INCLUDED IN THE PLASMID CONSTRUCTION

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 %
結晶化pH: 3.2 / 詳細: pH 3.20

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→29 Å / Num. obs: 87418 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BTW

2btw


解像度: 1.4→29.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.477 / SU ML: 0.031 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ARGININE 180 IS DISORDERED AND WAS MODELED AS A GLYCINE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 1744 2 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.174 85298 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3205 0 34 388 3627
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1591.9544453
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6945399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41624.367158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.00515573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1151521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21613
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22330
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.711.52061
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08723243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.77431393
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7284.51210
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.232 109
Rwork0.216 6128
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.961 Å / Origin y: 8.637 Å / Origin z: 21.588 Å
111213212223313233
T0.0084 Å20.0033 Å20.0023 Å2--0.0075 Å20.0003 Å2--0.0126 Å2
L0.0746 °20.1083 °2-0.095 °2-0.3077 °2-0.3186 °2--0.5338 °2
S-0.0118 Å °-0.0085 Å °-0.0197 Å °-0.0135 Å °-0.0124 Å °-0.0389 Å °-0.0063 Å °0.0258 Å °0.0242 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 239
2X-RAY DIFFRACTION1B32 - 239

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る