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- PDB-2bsq: FitAB bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bsq
タイトルFitAB bound to DNA
要素
  • IR36, FORWARD STRAND
  • IR36, REVERSE STRAND
  • TRAFFICKING PROTEIN A
  • TRAFFICKING PROTEIN B
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION COMPLEX / PIN DOMAIN / RIBBON-HELIX-HELIX / DNA BINDING / HETERODIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


migration in host / RNA nuclease activity / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
PIN domain / VapC family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / 5'-nuclease / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / PIN domain / PIN-like domain superfamily / Rossmann fold ...PIN domain / VapC family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / 5'-nuclease / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / PIN domain / PIN-like domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antitoxin FitA / Toxin FitB
類似検索 - 構成要素
生物種NEISSERIA GONORRHOEAE (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Mattison, K. / Wilbur, J.S. / So, M. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of Fitab from Neisseria Gonorrhoeae Bound to DNA Reveals a Tetramer of Toxin-Antitoxin Heterodimers Containing Pin Domains and Ribbon-Helix-Helix Motifs.
著者: Mattison, K. / Wilbur, J.S. / So, M. / Brennan, R.G.
履歴
登録2005年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAFFICKING PROTEIN B
B: TRAFFICKING PROTEIN B
C: TRAFFICKING PROTEIN B
D: TRAFFICKING PROTEIN B
E: TRAFFICKING PROTEIN A
F: TRAFFICKING PROTEIN A
G: TRAFFICKING PROTEIN A
H: TRAFFICKING PROTEIN A
I: IR36, FORWARD STRAND
J: IR36, REVERSE STRAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,95710
ポリマ－120,95710
非ポリマー00
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.040, 82.403, 135.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
TRAFFICKING PROTEIN B / FITB


分子量: 16333.761 Da / 分子数: 4 / 断片: PIN DOMAIN, RESIDUES 1-139 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NEISSERIA GONORRHOEAE (淋菌) / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5F882
#2: タンパク質
TRAFFICKING PROTEIN A / FITA


分子量: 8313.364 Da / 分子数: 4 / 断片: DNA-BINDING PROTEIN, RESIDUES 2-78 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NEISSERIA GONORRHOEAE (淋菌) / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5F881
#3: DNA鎖 IR36, FORWARD STRAND


分子量: 11169.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) NEISSERIA GONORRHOEAE (淋菌)
#4: DNA鎖 IR36, REVERSE STRAND


分子量: 11198.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) NEISSERIA GONORRHOEAE (淋菌)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 139 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 139 TO LEU ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 139 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 139 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASP 139 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ASP 139 TO LEU

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.38 % / 解説: MODEL FILE NOT YET RELEASED-WILL BE IN SAME PAPER
結晶化pH: 4.5
詳細: 0.1 M ACETATE, PH 4.0 7.2 % PEG 20,000 7.2 % PEG 550 MME 0.26 M NA ACETATE, PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0332
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月8日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→81.65 Å / Num. obs: 16708 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 3→3.15 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YH4

1yh4
PDB 未公開エントリ


解像度: 3→70.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1657362.62 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 3316 10 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 33243 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.4919 Å2 / ksol: 0.315881 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.45 Å20 Å2-12.41 Å2
2---17.53 Å20 Å2
3---0.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→70.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6395 1470 0 45 7910
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.911.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.362.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 518 9.5 %
Rwork0.309 4959 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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