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- PDB-2bsi: Crystal structure of the type III secretion chaperone SycT from Y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bsi
タイトルCrystal structure of the type III secretion chaperone SycT from Yersinia enterocolitica (crystal form 1)
要素YOPT CHAPERONE SYCT
キーワードCHAPERONE / TYPE III SECRETION / YERSINIA / EFFECTOR / YOPT
機能・相同性Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / protein secretion by the type III secretion system / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Chaperone protein SycT / Chaperone protein SycT
機能・相同性情報
生物種YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Buttner, C.R. / Cornelis, G.R. / Heinz, D.W. / Niemann, H.H.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of Yersinia Enterocolitica Type III Secretion Chaperone Syct.
著者: Buttner, C.R. / Cornelis, G.R. / Heinz, D.W. / Niemann, H.H.
履歴
登録2005年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YOPT CHAPERONE SYCT
B: YOPT CHAPERONE SYCT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2742
ポリマ－29,2742
非ポリマー00
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.539, 63.090, 74.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99997, -0.00234, -0.0076), (0.0021, -0.99949, 0.03173), (-0.00767, 0.03172, 0.99947)
ベクター: -25.9313, -11.24665, 0.12778)

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要素

#1: タンパク質 YOPT CHAPERONE SYCT


分子量: 14636.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
株: W22703 / 解説: YERSINIA ENTEROCOLITICA VIRULENCE PLASMID PYVE227 / Variant: SEROTYPE O\:9 / プラスミド: PET-M-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O85243, UniProt: P0C2V9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M CAPS PH 10.5, 150 MM LITHIUM SULFATE HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AT 4 DEG C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.1 Å / Num. obs: 16331 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BSH

2bsh


解像度: 2.01→48.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 10.329 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 821 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.206 15511 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.28 Å20 Å20 Å2
2---2.08 Å20 Å2
3---4.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→48.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1876 0 0 123 1999
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0212013
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0711.9192745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1535246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.42425.726117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.0115346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.833158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2911
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21375
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2330.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2530.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.331.51254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95721921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0013914
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8894.5824
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.07 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 65 -
Rwork0.233 1099 -
obs--97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.14892.36331.43814.39010.16721.10750.0439-0.1441-0.38170.1416-0.04990.2140.0394-0.08670.006-0.0769-0.00530.0274-0.1301-0.0044-0.2515-20.863-14.168-15.275
25.89581.5562-0.48754.7291-0.05141.5335-0.0611-0.12120.27860.08940.043-0.4276-0.0760.02150.018-0.087-0.0035-0.0346-0.15970.0067-0.2362-4.7172.5-15.503
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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