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- PDB-2bsh: Crystal structure of the type III secretion chaperone SycT from Y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bsh
タイトルCrystal structure of the type III secretion chaperone SycT from Yersinia enterocolitica (crystal form 2)
要素SYCT
キーワードCHAPERONE / TYPE III SECRETION / YERSINIA / EFFECTOR / YOPT
機能・相同性Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / protein secretion by the type III secretion system / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Chaperone protein SycT / Chaperone protein SycT
機能・相同性情報
生物種YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Buttner, C.R. / Cornelis, G.R. / Heinz, D.W. / Niemann, H.H.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of Yersinia enterocolitica type III secretion chaperone SycT.
著者: Buttner, C.R. / Cornelis, G.R. / Heinz, D.W. / Niemann, H.H.
履歴
登録2005年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow ...citation / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol / struct_conn
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: SECONDARY STRUCTURE ASSIGNED BY STRIDE

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SYCT
B: SYCT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2742
ポリマ－29,2742
非ポリマー00
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.040, 92.040, 55.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.87503, 0.43364, 0.21513), (0.43477, -0.89944, 0.04459), (0.21283, 0.05451, -0.97557)
ベクター: 2.79374, -1.00649, -22.34988)

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要素

#1: タンパク質 SYCT


分子量: 14636.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
株: W22703 / 解説: YERSINIA ENTEROCOLITICA VIRULENCE PLASMID PYVE227 / Variant: SEROTYPE O\:9 / プラスミド: PET-M-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O85243, UniProt: P0C2V9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細IT IS A SPECIFIC CHAPERONE FOR YOPT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM BICARBONATE PH 10.5, 50 MM MAGNESIUM CHLORIDE HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AT 4 CELSIUS DEGREE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97957
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→79.81 Å / Num. obs: 21134 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.2 % / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 5.53 / Rsym value: 0.07 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELX位相決定
CDE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→79.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 6.12 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1085 5.1 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.176 20049 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å2-0.37 Å20 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3---1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→79.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1941 0 0 139 2080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0211988
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8751.9192700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0115234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.97125.948116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.93615335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.209156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.3939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3230.51363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.5251
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.357
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.515
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.28921204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.38831884
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7512907
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6463816
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 67 -
Rwork0.2 1461 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7273-0.45340.37493.3314-0.87562.34210.04790.1269-0.07770.1384-0.13780.048-0.06910.0120.08990.051-0.02620.03490.0183-0.00090.048457.620213.8417-2.1721
215.5612-0.10750.46771.4857-0.3131.6413-0.08270.586-0.47790.2421-0.00350.0968-0.15720.12140.08620.1201-0.06440.02580.0834-0.03760.038355.746616.66123.4244
36.22611.6489-0.55612.3028-1.80572.64020.0867-0.7161-0.4237-0.235-0.4118-0.6488-0.29650.33770.3252-0.043-0.05980.08890.15210.13090.178981.122921.3229-11.3036
43.63821.1483-1.24193.8104-1.37872.19240.0262-0.007-0.13380.0021-0.1313-0.10470.0298-0.02240.10520.0186-0.01190.02940.00490.01290.00662.417812.8547-9.0314
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2A94 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3B-2 - 33
4X-RAY DIFFRACTION4B34 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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