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- PDB-2bry: Crystal structure of the native monooxygenase domain of MICAL at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bry
タイトルCrystal structure of the native monooxygenase domain of MICAL at 1.45 A resolution
要素NEDD9 INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS
キーワードTRANSPORT / COILED COIL / CYTOSKELETON / FAD / FLAVOPROTEIN / LIM DOMAIN / METAL-BINDING / ZINC
機能・相同性
機能・相同性情報


hippocampal mossy fiber expansion / NADPH oxidase H202-forming activity / F-actin monooxygenase / F-actin monooxygenase activity / NAD(P)H oxidase (H2O2-forming) / sulfur oxidation / regulation of regulated secretory pathway / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / actin filament depolymerization / intercellular bridge ...hippocampal mossy fiber expansion / NADPH oxidase H202-forming activity / F-actin monooxygenase / F-actin monooxygenase activity / NAD(P)H oxidase (H2O2-forming) / sulfur oxidation / regulation of regulated secretory pathway / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / actin filament depolymerization / intercellular bridge / negative regulation of protein phosphorylation / : / FAD binding / monooxygenase activity / actin filament / SH3 domain binding / small GTPase binding / actin binding / midbody / endosome membrane / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / DUF3585 / : / LIM zinc-binding domain signature. / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / FAD-binding domain ...bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / DUF3585 / : / LIM zinc-binding domain signature. / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / FAD-binding domain / FAD binding domain / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / [F-actin]-monooxygenase MICAL1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Siebold, C. / Berrow, N. / Walter, T.S. / Harlos, K. / Owens, R.J. / Terman, J.R. / Stuart, D.I. / Kolodkin, A.L. / Pasterkamp, R.J. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: High-Resolution Structure of the Catalytic Region of Mical (Molecule Interacting with Casl), a Multidomain Flavoenzyme-Signaling Molecule.
著者: Siebold, C. / Berrow, N. / Walter, T.S. / Harlos, K. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. / Terman, J.R. / Kolodkin, A.L. / Pasterkamp, R.J. / Jones, E.Y.
履歴
登録2005年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEDD9 INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS
B: NEDD9 INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4019
ポリマ－110,4752
非ポリマー1,9267
水28,5181583
1
A: NEDD9 INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2475
ポリマ－55,2371
非ポリマー1,0094
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: NEDD9 INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1544
ポリマ－55,2371
非ポリマー9173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.588, 89.548, 83.458
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 7 - 489 / Label seq-ID: 15 - 497

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.98571, 0.16785, 0.01391), (0.16843, 0.98229, 0.08208), (0.00011, 0.08325, -0.99653)
ベクター: 93.6929, -9.65945, 35.6705)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NEDD9 INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS / MICAL / MOLECULE INTERACTING WITH CASL PROTEIN 1


分子量: 55237.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VDP3

-
非ポリマー , 5種, 1590分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細FUNCTION: POSSIBLE CYTOSKELETAL REGULATOR THAT CONNECTS NEDD9 TO INTERMEDIATE FILAMENTS
配列の詳細RESIDUE TYR265 WAS MODDELED AS A265 IN CHAINS A AND B BECAUSE THE SIDE CHAIN WAS NOT VISIBLE IN THE ...RESIDUE TYR265 WAS MODDELED AS A265 IN CHAINS A AND B BECAUSE THE SIDE CHAIN WAS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化詳細: 0.1 M NA ACETATE, PH 4.6 0.2 AMMONIUM SULFATE 30% PEG 2000 MONOMETHYL ETHER

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.957
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 160458 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.45→1.55 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 54.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→76.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.29 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 6406 4 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.181 154050 88.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.84 Å20 Å2-0.73 Å2
2--1.81 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→76.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7482 0 124 1583 9189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227825
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.97610621
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6955954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.48423.506348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.357151318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6471558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.24237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.25336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.21254
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2670.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8431.54884
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26527638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79633394
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7664.52979
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3732 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.335
loose thermal3.5210
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.324 249
Rwork0.324 6188
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46190.17880.15430.27-0.38151.79660.0323-0.40290.00110.09250.01860.06140.02210.0091-0.051-0.1458-0.0130.0055-0.02530.0687-0.117258.60923.68560.129
22.6497-0.27870.26410.91470.13621.79540.08280.1094-0.0283-0.0987-0.0505-0.05110.01790.0846-0.0324-0.10760.00030.0137-0.23660.0655-0.139555.6423.84741.115
32.7787-0.3179-1.10521.665-0.01324.59610.21850.54490.3649-0.4074-0.12680.1129-0.4105-0.577-0.09180.01310.12620.00660.03710.1118-0.059830.67237.65134.29
44.5467-1.4435-0.02681.69160.22842.03890.15380.4732-0.3606-0.2132-0.1081-0.07420.3570.0365-0.0456-0.02130.0359-0.0004-0.1746-0.0165-0.07954.07812.62433.238
55.3174-0.4553-0.03192.1768-0.14112.2925-0.04830.4887-1.0851-0.1763-0.06830.0970.7334-0.06170.11670.12240.0127-0.042-0.1475-0.07050.136550.6425.22434.732
61.6630.42150.7760.3372-0.23751.18040.06050.29510.0864-0.02170.090.03320.0975-0.0006-0.1505-0.0270.0136-0.01330.0452-0.0085-0.024240.73328.3-22.261
70.9401-0.09510.59020.0493-0.11960.46080.0893-0.1072-0.0193-0.05210.0226-0.01440.0245-0.0843-0.1119-0.0194-0.0063-0.00310.0183-0.01090.006443.30326.526-3.369
80.5557-0.1005-0.1490.4364-0.20871.68790.0206-0.00740.03140.11160.0282-0.0155-0.10820.1728-0.04870.0127-0.02440.02240.0132-0.0372-0.01270.37435.2414.667
91.07660.1630.22790.3868-0.31250.47840.2262-0.1832-0.1397-0.05590.0238-0.01220.1291-0.1151-0.24990.0109-0.0626-0.06890.03170.04810.018342.89414.7113.666
101.49430.1507-0.52380.6413-0.15771.94420.2576-0.0712-0.3967-0.05230.0177-0.06290.3443-0.1816-0.27530.0352-0.0621-0.1563-0.06190.05070.069245.27.0891.767
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2A81 - 236
3X-RAY DIFFRACTION3A237 - 369
4X-RAY DIFFRACTION4A370 - 443
5X-RAY DIFFRACTION5A444 - 489
6X-RAY DIFFRACTION6B7 - 80
7X-RAY DIFFRACTION7B81 - 236
8X-RAY DIFFRACTION8B237 - 369
9X-RAY DIFFRACTION9B370 - 443
10X-RAY DIFFRACTION10B444 - 489

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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