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万見
- PDB-2bpf: STRUCTURES OF TERNARY COMPLEXES OF RAT DNA POLYMERASE BETA, A DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bpf
タイトルSTRUCTURES OF TERNARY COMPLEXES OF RAT DNA POLYMERASE BETA, A DNA TEMPLATE-PRIMER, AND DDCTP
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*G)-3')
  • PROTEIN (DNA POLYMERASE BETA (E.C.2.7.7.7))
キーワードTRANSFERASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ ...Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / pyrimidine dimer repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / salivary gland morphogenesis / spleen development / base-excision repair, gap-filling / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / response to gamma radiation / spindle microtubule / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule binding / neuron apoptotic process / in utero embryonic development / microtubule / response to ethanol / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / lyase activity / inflammatory response / apoptotic process / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / DNA binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain ...Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA polymerase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pelletier, H. / Sawaya, M.R. / Kumar, A. / Wilson, S.H. / Kraut, J.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Structures of ternary complexes of rat DNA polymerase beta, a DNA template-primer, and ddCTP.
著者: Pelletier, H. / Sawaya, M.R. / Kumar, A. / Wilson, S.H. / Kraut, J.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of Rat DNA Polymerase Beta: Evidence for a Common Polymerase Mechanism
著者: Sawaya, M.R. / Pelletier, H. / Kumar, A. / Wilson, S.H. / Kraut, J.
履歴
登録1994年5月19日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01994年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
A: PROTEIN (DNA POLYMERASE BETA (E.C.2.7.7.7))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4576
ポリマ－42,9573
非ポリマー5003
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.900, 94.900, 117.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Atom site foot note1: GLY A 274 - SER A 275 OMEGA = 359.63 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATIO

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*G)-3')


分子量: 2468.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')


分子量: 2099.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 PROTEIN (DNA POLYMERASE BETA (E.C.2.7.7.7))


分子量: 38388.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06766

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非ポリマー , 3種, 34分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-DCT / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / ddCTP


タイプ: DNA linking / 分子量: 451.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O12P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: DPOB_RAT SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE ARG 227 LEU 228 THE N-TERMINAL METHIONINE IS INCLUDED IN THE GENE SEQUENCE EVEN THOUGH IT IS REMOVED AFTER TRANSLATION IN THE CELL; SEE MATSUKAGE ET AL., J. BIOL. CHEM. 262, 8960, (1987). FOR THE AMINO ACID SEQUENCE, SEE A. KUMAR ET AL., J. BIOL. CHEM. 265, 2124, (1990).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.23 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MES11
3MGCL211
4LI SULFATE11
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlpol beta1drop
210 mM1dropMgCl2
340-75 mMlithium sulfate1reservoir
41

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU
検出器検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.9 Å / Num. all: 53583 / Num. obs: 13281 / % possible obs: 99 %
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / % possible obs: 99 % / Num. measured all: 53583 / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.9→20 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.193 13281
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2543 305 29 31 2908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d23.56
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.014
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.005
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR/TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection all: 13281 / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.94
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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