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- PDB-2bp1: Structure of the aflatoxin aldehyde reductase in complex with NADPH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bp1
タイトルStructure of the aflatoxin aldehyde reductase in complex with NADPH
要素AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDO-KETO REDUCTASE FAMILY 7 / SSA REDUCTASE / TIM BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


phenanthrene-9,10-epoxide hydrolase activity / : / cellular aldehyde metabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / aldose reductase (NADPH) activity / xenobiotic metabolic process / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity ...phenanthrene-9,10-epoxide hydrolase activity / : / cellular aldehyde metabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / aldose reductase (NADPH) activity / xenobiotic metabolic process / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / Golgi apparatus / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADP-dependent oxidoreductase domain / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Chem-NDP / Aflatoxin B1 aldehyde reductase member 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Debreczeni, J.E. / Lukacik, P. / Kavanagh, K. / Dubinina, E. / Bray, J. / Colebrook, S. / Haroniti, A. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. ...Debreczeni, J.E. / Lukacik, P. / Kavanagh, K. / Dubinina, E. / Bray, J. / Colebrook, S. / Haroniti, A. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / von Delft, F. / Gileadi, O. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the Aflatoxin Aldehyde Reductase in Complex with Nadph
著者: Debreczeni, J.E. / Lukacik, P. / Kavanagh, K. / Dubinina, E. / Bray, J. / Colebrook, S. / Haroniti, A. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / von Delft, F. / Gileadi, O. / Oppermann, U.
履歴
登録2005年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA", "BA", "CA", "DA" IN EACH CHAIN ON ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA", "BA", "CA", "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
B: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
C: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
D: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,63812
ポリマ－158,9004
非ポリマー3,7388
水9,728540
1
A: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
B: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3196
ポリマ－79,4502
非ポリマー1,8694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
D: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3196
ポリマ－79,4502
非ポリマー1,8694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.989, 78.786, 86.019
Angle α, β, γ (deg.)88.72, 71.14, 75.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGGLYGLYAA38 - 9338 - 93
21ARGARGGLYGLYBB38 - 9338 - 93
31ARGARGGLYGLYCC38 - 9338 - 93
41ARGARGGLYGLYDD38 - 9338 - 93
12VALVALARGARGAA101 - 360101 - 360
22VALVALARGARGBB101 - 360101 - 360
32VALVALARGARGCC101 - 360101 - 360
42VALVALARGARGDD101 - 360101 - 360

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.84369, 0.52401, -0.11665), (0.52026, -0.85168, -0.06298), (-0.13235, -0.00755, -0.99117)-5.96727, 20.30972, -4.0198
2given(-0.74242, 0.04297, -0.66855), (0.04525, -0.99244, -0.11404), (-0.6684, -0.11492, 0.73487)-75.44745, 36.37584, -2.6085
3given(-0.52026, -0.47487, -0.70981), (-0.38244, 0.8727, -0.30354), (0.76359, 0.11354, -0.63564)-49.91826, -49.8671, 8.63759

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要素

#1: タンパク質
AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2 / AFLATOXIN ALDEHYDE REDUCTASE / AFB1-AR 1 / ALDOKETOREDUCTASE 7


分子量: 39725.000 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 30-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PLIC-SGC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: O43488
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: SITTING DROP RESERVOIR: 0.2 M AMMONIUM CITRATE 20 % PEG3350 PROTEIN: 0.01 M HEPES PH 7.5 0.5 M NACL 5 % GLYCEROL 0.5 % TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.912
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月13日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→39.98 Å / Num. obs: 49989 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.62 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 0.9 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 60

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GVE

1gve


解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 13.093 / SU ML: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.56 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 1828 3.7 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.157 48161 90.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20.7 Å20.22 Å2
2--0.43 Å20.91 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9951 0 244 540 10735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02110469
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4021.96714261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.025321087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.96451280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.90223.517472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.866151572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8231561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.22206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.29174
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.25010
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.25487
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1140.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2020.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1030.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.50536890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.071510138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.08984608
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.576114123
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1855tight positional0.040.05
2B1855tight positional0.040.05
3C1855tight positional0.040.05
4D1855tight positional0.040.05
1A2740medium positional0.210.5
2B2740medium positional0.260.5
3C2740medium positional0.240.5
4D2740medium positional0.230.5
1A1855tight thermal0.120.5
2B1855tight thermal0.120.5
3C1855tight thermal0.110.5
4D1855tight thermal0.10.5
1A2740medium thermal0.772
2B2740medium thermal0.732
3C2740medium thermal0.712
4D2740medium thermal0.712
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.301 81
Rwork0.219 2280
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.966-0.033-0.46570.5461-0.21950.51730.0233-0.0304-0.01390.12350.02280.0413-0.06640.0146-0.0462-0.0607-0.0011-0.0093-0.0832-0.006-0.0849-17.199625.8961-1.5812
20.8067-0.2395-0.25631.1863-0.01420.6908-0.0308-0.0299-0.03980.0692-0.00530.06920.06510.01310.0361-0.0736-0.0046-0.0113-0.0831-0.0027-0.0882-6.7825-10.7109-1.4874
30.166-0.00390.34840.2638-0.08631.53760.0026-0.046-0.0349-0.0466-0.0366-0.06620.13790.0510.034-0.06940.00680.0126-0.02470.0216-0.0209-44.520812.7872-37.0437
40.6428-0.01780.26811.12850.2371.40950.0302-0.025-0.0032-0.0838-0.05710.0373-0.2947-0.10860.02690.03190.01490.015-0.023-0.0111-0.0691-53.913749.5893-39.7371
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 360
2X-RAY DIFFRACTION2B38 - 360
3X-RAY DIFFRACTION3C38 - 360
4X-RAY DIFFRACTION4D38 - 360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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