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- PDB-2boi: 1.1A Structure of Chromobacterium Violaceum Lectin CV2L in Comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2boi
タイトル1.1A Structure of Chromobacterium Violaceum Lectin CV2L in Complex with alpha-methyl-fucoside
要素CV-IIL LECTIN
キーワードLECTIN (レクチン) / FUCOSE (フコース) / CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM / PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-L-fucopyranoside / Calcium-mediated lectin domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Pokorna, M. / Cioci, G. / Perret, S. / Rebuffet, E. / Adam, J. / Gilboa-Garber, N. / Mitchell, E.P. / Imberty, A. / Wimmerova, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Unusual Entropy Driven Affinity of Chromobacter Violaceum Lectin Cv-Iil Towards Fucose and Mannose
著者: Pokorna, M. / Cioci, G. / Perret, S. / Rebuffet, E. / Kostlanova, N. / Adam, J. / Gilboa-Garber, N. / Mitchell, E.P. / Imberty, A. / Wimmerova, M.
履歴
登録2005年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMIMATION METHOD: PROVIDED BY DEPOSITOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CV-IIL LECTIN
B: CV-IIL LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2138
ポリマ－23,6962
非ポリマー5176
水5,999333
1
A: CV-IIL LECTIN
B: CV-IIL LECTIN
ヘテロ分子

A: CV-IIL LECTIN
B: CV-IIL LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,42616
ポリマ－47,3924
非ポリマー1,03312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.093, 89.836, 46.479
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 CV-IIL LECTIN


分子量: 11848.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア)
プラスミド: PET25(B) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER(DE3) / 参照: UniProt: Q7NX84
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-MFU / methyl alpha-L-fucopyranoside / ALPHA-L-METHYL-FUCOSE / methyl 6-deoxy-alpha-L-galactopyranoside / methyl alpha-L-fucoside / methyl L-fucoside / methyl fucoside / メチルα-L-フコピラノシド / メチル基


タイプ: L-saccharide / 分子量: 178.183 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O5
識別子タイププログラム
LFucp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-a-L-fucoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
解説: MOLREP WAS USED WITH MODEL 1GZT TO FIND THE POSITIONS OF 4 CA ATOMS IN THE A.U. PHASING WAS PERFORMED BY ACORN STARTING FROM THE POSITIONS OF THESE CA ATOMS.
結晶化詳細: PEG 8000 10%, 0.1 M (NH4)2SO4 PH 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND AND GE DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→34.38 Å / Num. obs: 87549 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.14 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 5.36
反射 シェル解像度: 1.1→1.13 Å / 冗長度: 7.04 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
ACORN位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GZT

1gzt


解像度: 1.1→46.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 0.541 / SU ML: 0.012 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.117 4389 5 %RANDOM
Rwork0.101 ---
obs0.102 83099 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→46.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1668 0 28 333 2029
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221908
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6341.9612639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84434070
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8815271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.69926.15478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.54515300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.834158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02359
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2690.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.21752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.2998
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21204
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2192
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.050.217
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3310.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.290.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6061.51282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6571.5522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.14322058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7783682
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0014.5581
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.13 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.137 327 -
Rwork0.119 6038 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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