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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bnz | ||||||
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タイトル | Structural basis for cooperative binding of Ribbon-Helix-Helix Omega repressor to inverted DNA heptad repeats | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX / RIBBON-HELIX-HELIX / RHH / METJ/ARC SUPERFAMILY / COOPERATIVE DNA BINDING / INC18 FAMILY | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weihofen, W.A. / Cicek, A. / Pratto, F. / Alonso, J.C. / Saenger, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Omega Repressors Bound to Direct and Inverted DNA Repeats Explain Modulation of Transcription. 著者: Weihofen, W.A. / Cicek, A. / Pratto, F. / Alonso, J.C. / Saenger, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | THE DESIGNATION OF THE QUATERNARY STRUCTURE AS OCTAMERICREFLECTS THE STANDARD PQS CONVENTION FOR DESCRIBINGHETEROGENEOUS ASSEMBLIES. HOWEVER, THE CRYSTALLOGRAPHICASYMMETRIC UNIT ACTUALLY CONTAINS ONE DNA FRAGMENT(COMPRISED OF CHAINS E AND F) WHICH IS BOUND TO TWOPROTEIN DIMERS (CHAINS A, B, C AND D). A FURTHER FREEDNA FRAGMENT (CHAINS G AND H) IS PRESENT IN THE A.U. BUTIS LARGELY UNOBSERVED IN ELECTRON DENSITY MAPS. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6137.223 Da / 分子数: 4 / 断片: RIBBON-HELIX-HELIX DOMAIN, RESIDUES 20-71 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 解説: OMEGA TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR IS ENCODED BY PLASMID PSM19035 OF THE INC18 FAMILY OF PLASMIDS プラスミド: PET28A-DELTA19OMEGA / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 5548.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: INVERTED REPEATS OCCUR IN PROMOTER REGIONS PRECEDING GENES CONTROLLED BY OMEGA TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR, PLASMID PSM19035 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 5481.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: INVERTED REPEATS OCCUR IN PROMOTER REGIONS PRECEDING GENES CONTROLLED BY OMEGA TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR, PLASMID PSM19035 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | 19 N-TERMINAL RESIDUES TRUNCATED, NEW N-TERMINAL MET19 IS A CLONING ARTEFACT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.9 % |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 120 MM NA/KPO4, PH 7.2, 2.2 M DINATRIUMMALONATE, PH 7.5, 3 % 2-METHYL-2,4-PENTANDIOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→35 Å / Num. obs: 18516 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 72.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BNW 解像度: 2.6→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 18.753 / SU ML: 0.202 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.365 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. NUCLEOTIDES G5-G16, G18, E18 AND H19-H31 WERE NOT MODELLED DUE TO PATCHY ELECTRON DENSITY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→100 Å
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拘束条件 |
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