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万見
- PDB-2bn5: P-Element Somatic Inhibitor Protein Complex with U1-70k proline-r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bn5
タイトルP-Element Somatic Inhibitor Protein Complex with U1-70k proline-rich peptide
要素
  • PSI
  • U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 70 KDA
キーワードNUCLEAR PROTEIN / SPLICING / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / PROLINE-RICH PEPTIDE / INHIBITOR / COMPLEX / NUCLEAR PROTEIN-COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA Splicing - Major Pathway / snRNA binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / oogenesis / precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / regulation of RNA splicing ...mRNA Splicing - Major Pathway / snRNA binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / oogenesis / precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / regulation of RNA splicing / U1 snRNA binding / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / spermatogenesis / nuclear speck / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Far upstream element-binding protein, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1897) / snRNP70, RNA recognition motif / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily ...: / Far upstream element-binding protein, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1897) / snRNP70, RNA recognition motif / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / PSI
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEAING
データ登録者Ignjatovic, T. / Yang, J.-C. / Butler, P.J.G. / Neuhaus, D. / Nagai, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural Basis of the Interaction between P-Element Somatic Inhibitor and U1-70K Essential for the Alternative Splicing of P-Element Transposase.
著者: Ignjatovic, T. / Yang, J.-C. / Butler, J. / Neuhaus, D. / Nagai, K.
履歴
登録2005年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PSI
B: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 70 KDA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0752
ポリマ－6,0752
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)28 / 50LOW NOE ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PSI / P-ELEMENT SOMATIC INHIBITOR


分子量: 3796.136 Da / 分子数: 1 / 断片: B BOX, RESIDUES 651-683 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7JPS0
#2: タンパク質・ペプチド U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 70 KDA / U1 SNRNP 70 KDA / SNRNP70 / U1-70K PROTEIN


分子量: 2278.678 Da / 分子数: 1 / 断片: PSI BINDING REGION, RESIDUES 405-425 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P17133
配列の詳細RESIDUES 651-683 ONLY RESIDUES 405-425 ONLY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-15N HSQC
1412D 1H-13C HSQC
1513D HNCA
161HN(CO)CA
171CBCA(CO)NH
181CBCANH
191HBHA(CO)NH
1101HBHANH
1111(H)CCH- COSY
1121(H)CCH-TOCSY
11313D 1H- 15N NOESY-HSQC
11413D 1H-13C NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 15N, 13C DOUBLE- LABELLED PROTEIN AND UNLABELLED PEPTIDE. DOUBLE-FILTERED 2D EXPERIMENTS WERE USED TO OBSERVE PEPTIDE RESONANCES SELECTIVELY

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試料調製

詳細内容: 93% H2O, 7% D2O
試料状態イオン強度: 100MM NACL, 10MM SODIUM PHOSPHATE / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 290.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CNS構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEAING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOW NOE ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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