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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bn5 | ||||||
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タイトル | P-Element Somatic Inhibitor Protein Complex with U1-70k proline-rich peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | NUCLEAR PROTEIN / SPLICING / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / PROLINE-RICH PEPTIDE / INHIBITOR / COMPLEX / NUCLEAR PROTEIN-COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 U1 snRNP / U2-type prespliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / precatalytic spliceosome / oogenesis / regulation of RNA splicing / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U1 snRNA binding / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex ...U1 snRNP / U2-type prespliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / precatalytic spliceosome / oogenesis / regulation of RNA splicing / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U1 snRNA binding / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / spermatogenesis / nuclear speck / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / SIMULATED ANNEAING | ||||||
データ登録者 | Ignjatovic, T. / Yang, J.-C. / Butler, P.J.G. / Neuhaus, D. / Nagai, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Structural Basis of the Interaction between P-Element Somatic Inhibitor and U1-70K Essential for the Alternative Splicing of P-Element Transposase. 著者: Ignjatovic, T. / Yang, J.-C. / Butler, J. / Neuhaus, D. / Nagai, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bn5.cif.gz | 463 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bn5.ent.gz | 388 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bn5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2bn5_validation.pdf.gz | 417.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2bn5_full_validation.pdf.gz | 595.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2bn5_validation.xml.gz | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2bn5_validation.cif.gz | 57.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/2bn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/2bn5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3796.136 Da / 分子数: 1 / 断片: B BOX, RESIDUES 651-683 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7JPS0 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2278.678 Da / 分子数: 1 / 断片: PSI BINDING REGION, RESIDUES 405-425 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: P17133 |
配列の詳細 | RESIDUES 651-683 ONLY RESIDUES 405-425 ONLY |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 15N, 13C DOUBLE- LABELLED PROTEIN AND UNLABELLED PEPTIDE. DOUBLE-FILTERED 2D EXPERIMENTS WERE USED TO OBSERVE PEPTIDE RESONANCES SELECTIVELY |
-試料調製
詳細 | 内容: 93% H2O, 7% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 100MM NACL, 10MM SODIUM PHOSPHATE / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 290.0 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: SIMULATED ANNEAING / ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LOW NOE ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 28 |