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- PDB-2bn2: CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE NEUROPHYSIN II COMPLEXED WITH THE VAS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bn2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE NEUROPHYSIN II COMPLEXED WITH THE VASOPRESSIN ANALOGUE PHE-TYR AMIDE
要素NEUROPHYSIN II
キーワードHORMONE / HORMONE PACKAGING / TRANSPORT / PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


neurohypophyseal hormone activity / V1A vasopressin receptor binding / neuropeptide hormone activity / vasoconstriction / secretory granule / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Neurophysin II; Chain A / Neurohypophysial hormone domain / Neurohypophysial hormone / Neurohypophysial hormone, conserved site / Neurohypophysial hormone domain superfamily / Neurohypophysial hormones, C-terminal Domain / Neurohypophysial hormones, N-terminal Domain / Neurohypophysial hormones signature. / Neurohypophysial hormones / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLALANINE / TYROSINE / Vasopressin-neurophysin 2-copeptin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / SAS / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rose, J.P. / Wang, B.C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991
タイトル: Crystal structure of a bovine neurophysin II dipeptide complex at 2.8 A determined from the single-wavelength anomalous scattering signal of an incorporated iodine atom.
著者: Chen, L.Q. / Rose, J.P. / Breslow, E. / Yang, D. / Chang, W.R. / Furey Jr., W.F. / Sax, M. / Wang, B.C.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of the Neurophysin-Oxytocin Complex
著者: Rose, J.P. / Wu, C.K. / Hsiao, C.D. / Breslow, E. / Wang, B.C.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1988
タイトル: Crystals of Modified Bovine Neurophysin II
著者: Rose, J.P. / Yang, D. / Yoo, C.S. / Sax, M. / Breslow, E. / Wang, B.C.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Crystals of a Bovine Neurophysin II-Dipeptide Amide Complex
著者: Yoo, C.S. / Wang, B.C. / Sax, M. / Breslow, E.
履歴
登録1998年12月18日処理サイト: BNL
置き換え1999年2月16日ID: 1BN2
改定 1.01999年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: KSDSSP
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: KSDSSP

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUROPHYSIN II
C: NEUROPHYSIN II
E: NEUROPHYSIN II
G: NEUROPHYSIN II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,94712
ポリマ－39,5614
非ポリマー1,3868
水00
1
A: NEUROPHYSIN II
C: NEUROPHYSIN II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4736
ポリマ－19,7812
非ポリマー6934
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8560 Å2
手法PISA
2
E: NEUROPHYSIN II
G: NEUROPHYSIN II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4736
ポリマ－19,7812
非ポリマー6934
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.670, 67.960, 62.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.482, 0.672, 0.571), (0.665, -0.137, 0.734), (0.571, 0.727, -0.381)85.457, -13.489, -62.477
2given(-0.875, -0.035, 0.483), (0.003, -0.998, -0.066), (0.484, -0.056, 0.873)48.179, 61.021, -10.337
3given(-0.815, 0.49, -0.309), (0.495, 0.314, -0.81), (-0.3, -0.813, -0.499)60.831, -12.774, 15.613
4given(-0.81, 0.509, -0.291), (0.507, 0.358, -0.784), (-0.295, -0.783, -0.548)60.407, -13.869, 13.694

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要素

#1: タンパク質
NEUROPHYSIN II / BNPII


分子量: 9890.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: POSTERIOR PITUITARY / 参照: UniProt: P01180
#2: 化合物
ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#3: 化合物
ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細RESIDUES 98 AND 99 WITH CHAIN IDS A, C, E AND G FORM THE PHENYLALANINE-TYROSINE AMIDE DIPEPTIDE ...RESIDUES 98 AND 99 WITH CHAIN IDS A, C, E AND G FORM THE PHENYLALANINE-TYROSINE AMIDE DIPEPTIDE (VAL-LYS) WAS BOUND IN THE HORMONE (VASOPRESSIN) BINDING SITE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
解説: SAS DATA WERE COLLECTED IN-HOUSE. THE ANOMALOUS SCATTERER WAS PARA IODO-PHENYLALANINE-TYROSINE AMIDE WHICH WAS BOUND IN THE HORMONE BINDING SITE.
結晶化pH: 6.8
詳細: 5 MG OF PROTEIN WAS DISSOLVED IN 0.5 ML OF WATER, 0.5 MG OF PHENYLALANINE-TYROSINE AMIDE AND 20 MICRO LITERS OF SATURATED AMMONIUM SULPHATE SOLUTION WERE ADDED. THE PH OF THE SOLUTION WAS ADJUSTED TO 6.8
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
一般名: ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1989年9月13日 / 詳細: SUPPER MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.64 Å / Num. obs: 24898 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17 % / Biso Wilson estimate: 60.2 Å2 / Rsym value: 0.0404 / Net I/σ(I): 17.05
反射 シェル解像度: 2.64→2.74 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.12 / Rsym value: 0.1799 / % possible all: 43.45
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 12840 / Num. measured all: 58983 / Rmerge(I) obs: 0.0577

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XENGENデータ収集
XENGENデータ削減
反復単波長異常分散モデル構築
X-PLOR3.843精密化
XENGENデータスケーリング
反復単波長異常分散位相決定
精密化構造決定の手法: SAS / 解像度: 2.8→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1207 10.4 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 11589 92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2232 0 92 0 2324
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.94
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 177 11 %
Rwork0.298 1435 -
obs--76.9 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 10729 / Rfactor obs: 0.225
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.94
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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