- PDB-2bm5: The Structure of MfpA (Rv3361c, P21 Crystal form). The Pentapepti... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2bm5
タイトル
The Structure of MfpA (Rv3361c, P21 Crystal form). The Pentapeptide Repeat Protein from Mycobacterium tuberculosis Folds as A Right- handed Quadrilateral Beta-helix.
要素
PENTAPEPTIDE REPEAT FAMILY PROTEIN
キーワード
PENTAPEPTIDE REPEAT PROTEIN / FLUROQUINOLONE RESISTANCE / DNA GYRASE / DNA MIMICRY / RIGHT-HANDED QUADRILATERAL BETA-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報
DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / response to antibiotic / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能
THREE RESIDUES FROM N-TERMINAL HIS-TAG REMAIN AFTER THROMBIN CLEAVAGE OF THE TAG.
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
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試料調製
結晶
マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.52 %
結晶化
pH: 5.5 詳細: PROTEIN (10 MG/ML, 30 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, 10 MM AMMONIUM CITRATE) CRYSTALLIZED IN 30% ETHYLENE GLYCOL, 100 MM CITRATE PHOSPHATE PH5.5, 200 MM AMMONIUM SULFATE., pH 5.50
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データ収集
回折
平均測定温度: 93 K
放射光源
由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器
タイプ: MSC RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2→30 Å / Num. obs: 21905 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル
解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / % possible all: 95.8
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
CNS
1
精密化
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
AMoRE
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PREVIOUS STRUCTURE DETERMINED BY SE-MET MAD 解像度: 2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: MISSING RESIDUES FROM MISSING RESIDUES FROM THE N AND C-TERMINI OF THE SUBMITTED COORDINATES AS COMPARED TO THE SUBMITTED SEQUENCE ARE REGIONS WHICH EXHIBITED NO ELECTRON DENSITY AND THEREFORE WERE NOT MODELED.