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- PDB-2bm6: The Structure of MfpA (Rv3361c, C2221 Crystal form). The Pentapep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bm6
タイトルThe Structure of MfpA (Rv3361c, C2221 Crystal form). The Pentapeptide Repeat Protein from Mycobacterium tuberculosis Folds as A Right- handed Quadrilateral Beta-helix.
要素PENTAPEPTIDE REPEAT FAMILY PROTEIN
キーワードPENTAPEPTIDE REPEAT PROTEIN / FLUROQUINOLONE RESISTANCE / DNA GYRASE / DNA MIMICRY / RIGHT-HANDED QUADRILATERAL BETA-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / response to antibiotic / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / Pentapeptide repeats (8 copies) / E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pentapeptide repeat region / Pentapeptide repeat / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Pentapeptide repeat family protein
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hegde, S.S. / Vetting, M.W. / Roderick, S.L. / Mitchenall, L.A. / Maxwell, A. / Takiff, H.E. / Blanchard, J.S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: A Fluroquinolone Resistance Protein from Mycobacterium Tuberculosis that Mimics DNA
著者: Hegde, S.S. / Vetting, M.W. / Roderick, S.L. / Mitchenall, L.A. / Maxwell, A. / Takiff, H.E. / Blanchard, J.S.
履歴
登録2005年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PENTAPEPTIDE REPEAT FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1237
ポリマ－20,3261
非ポリマー7976
水1,35175
1
A: PENTAPEPTIDE REPEAT FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子

A: PENTAPEPTIDE REPEAT FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,24714
ポリマ－40,6522
非ポリマー1,59512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)33.393, 48.573, 188.367
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2015-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PENTAPEPTIDE REPEAT FAMILY PROTEIN / MFPA / RV3361C


分子量: 20325.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O50390
#2: 化合物
ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THREE RESIDUES FROM N-TERMINAL HIS-TAG REMAIN AFTER THROMBIN CLEAVAGE OF THE TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.02 %
結晶化pH: 5.5
詳細: PROTEIN (10 MG/ML, 10 MM AMMONIUM CITRATE PH 7.5, 30 MM BETA-MERCAPTOETHANOL) CRYSTALLIZED IN 35% 2-ETHOXYETHANOL, 100 MM CITRATE PH 5.5. CRYSTAL WAS SOAKED IN 100 MM MES PH 5.2, 30 % PEG400, ...詳細: PROTEIN (10 MG/ML, 10 MM AMMONIUM CITRATE PH 7.5, 30 MM BETA-MERCAPTOETHANOL) CRYSTALLIZED IN 35% 2-ETHOXYETHANOL, 100 MM CITRATE PH 5.5. CRYSTAL WAS SOAKED IN 100 MM MES PH 5.2, 30 % PEG400, 1 M CESIUM CHLORIDE PRIOR TO VITRIFICATION AND DATA COLLECTION.

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MSC RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 8004 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 8 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PREVIOUS STRUCTURE DETERMINED BY SE-MET MAD

解像度: 2.2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: MISSING RESIDUES FROM MISSING RESIDUES FROM THE N AND C-TERMINI OF THE SUBMITTED COORDINATES AS COMPARED TO THE SUBMITTED SEQUENCE ARE REGIONS WHICH EXHIBITED NO ELECTRON DENSITY AND THEREFORE WERE NOT MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 424 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 7575 97.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: SHELL MODEL / Bsol: 42.6576 Å2 / ksol: 0.325602 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.052 Å20 Å20 Å2
2---4.034 Å20 Å2
3---0.982 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1371 0 6 75 1452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.92
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor%反射
Rfree0.276 5 %
Rwork0.212 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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