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- PDB-2bk6: The X-ray crystal structure of the Listeria innocua H31G Dps mutant. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bk6
タイトルThe X-ray crystal structure of the Listeria innocua H31G Dps mutant.
要素NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
キーワードIRON OXIDATION AND STORAGE / DPS (DNA BINDING PROTEIN FROM STARVED CELLS) / FERROXIDASE CENTER / MUTAGENESIS STUDY / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種LISTERIA INNOCUA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Ilari, A. / Latella, M.C. / Ribacchi, F. / Su, M. / Giangiacomo, L. / Stefanini, S. / Chasteen, N.D. / Chiancone, E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: The unusual intersubunit ferroxidase center of Listeria innocua Dps is required for hydrogen peroxide detoxification but not for iron uptake. A study with site-specific mutants.
著者: Ilari, A. / Latella, M.C. / Ceci, P. / Ribacchi, F. / Su, M. / Giangiacomo, L. / Stefanini, S. / Chasteen, N.D. / Chiancone, E.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: The Dodecameric Ferritin from Listeria Innocua Contains a Novel Intersubunit Iron-Binding Site
著者: Ilari, A. / Stefanini, S. / Chiancone, E. / Tsernoglou, D.
履歴
登録2005年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
B: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
C: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
D: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
E: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
F: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,9376
ポリマ－107,9376
非ポリマー00
水9,836546
1
A: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
B: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
C: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
D: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
E: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
F: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN

A: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
B: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
C: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
D: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
E: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
F: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,87412
ポリマ－215,87412
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_765-x+2,-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)136.330, 136.330, 242.489
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 7 - 156 / Label seq-ID: 7 - 156

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.51371, 0.85797, 0.0005), (0.85795, 0.51369, 0.00634), (0.00518, 0.00368, -0.99998)147.81442, -84.56923, 241.39777
3given(0.42942, -0.24269, -0.86988), (0.75541, -0.43135, 0.49325), (-0.49493, -0.86893, -0.0019)199.73341, -65.25654, 248.10295
4given(0.43034, -0.24168, 0.86971), (0.75786, -0.42667, -0.49356), (0.49036, 0.87152, -0.00045)-11.15555, 53.79253, -5.37477
5given(0.43197, 0.75535, -0.4928), (-0.244, -0.42816, -0.87014), (-0.86826, 0.49612, -0.00065)85.69594, 236.03551, 205.79767
6given(0.42866, 0.75552, 0.49542), (-0.24333, -0.43154, 0.86865), (0.87008, -0.49291, -0.00114)-33.59064, 25.52122, 36.04324

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要素

#1: タンパク質
NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN


分子量: 17989.459 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: H31G MUTANT OF DPS FROM LISTERIA INNOCUA / 由来: (組換発現) LISTERIA INNOCUA (バクテリア) / プラスミド: PET-11A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P80725
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, B, C, D, E, F HIS31GLY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 %
結晶化詳細: PEG 1000 15-30 % W/V, ACETATE BUFFERS IN A PH RANGE BETWEEN 5.0-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 57503 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QGH

1qgh


解像度: 2.19→119.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 5.576 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2883 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.212 54615 97.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→119.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7308 0 0 546 7854
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227464
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9091.95710064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5675898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.45525.691376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.406151366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5051518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1610.21098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1670.24238
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2710.25132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.110.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.00524702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55237213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.11323220
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.59932851
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A600tight positional0.030.05
2B600tight positional0.030.05
3C600tight positional0.030.05
4D600tight positional0.030.05
5E600tight positional0.030.05
6F600tight positional0.030.05
1A607loose positional0.385
2B607loose positional0.375
3C607loose positional0.55
4D607loose positional0.445
5E607loose positional0.335
6F607loose positional0.355
1A600tight thermal0.090.5
2B600tight thermal0.10.5
3C600tight thermal0.120.5
4D600tight thermal0.10.5
5E600tight thermal0.10.5
6F600tight thermal0.10.5
1A607loose thermal1.0610
2B607loose thermal1.0910
3C607loose thermal1.5510
4D607loose thermal1.1310
5E607loose thermal1.0610
6F607loose thermal1.1810
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.24 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.283 225
Rwork0.254 3778

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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