PDB-2bhv: Structure of ComB10 of the Com Type IV secretion system of Helico...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bhv

タイトル

Structure of ComB10 of the Com Type IV secretion system of Helicobacter pylori

要素

COMB10

キーワード

BACTERIAL PROTEIN / BACTERIAL TYPE IV SECRETION

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3 Å

データ登録者

Terradot, L. / Oomen, C. / Bayliss, R. / Leonard, G. / Waksman, G.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structures of Two Core Subunits of the Bacterial Type Iv Secretion System, Virb8 from Brucella Suis and Comb10 from Helicobacter Pylori
著者: Terradot, L. / Bayliss, R. / Oomen, C. / Leonard, G. / Baron, C. / Waksman, G.

履歴

登録	2005年1月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bhv.cif.gz	220.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bhv.ent.gz	178.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bhv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/2bhv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/2bhv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bhmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6urq-2 2hnu-d 6urq-1 1td0-d 5ckq-d 2hnv-d 2xt2-d 1z98-d 1a17-2 1t82-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: COMB10

B: COMB10

C: COMB10

D: COMB10

E: COMB10

F: COMB10

163 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: COMB10

E: COMB10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: COMB10

C: COMB10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: COMB10

F: COMB10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.735, 139.411, 168.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	167 - 224
2	1	1	1	B	167 - 224
3	1	1	1	C	167 - 224
4	1	1	1	D	167 - 224
5	1	1	1	E	167 - 224
6	1	1	1	F	167 - 224
1	2	1	6	A	225 - 231
2	2	1	6	B	225 - 231
3	2	1	6	C	225 - 231
4	2	1	6	D	225 - 231
5	2	1	6	E	225 - 231
6	2	1	6	F	225 - 231
1	3	1	1	A	232 - 253
2	3	1	1	B	232 - 253
3	3	1	1	C	232 - 253
4	3	1	1	D	232 - 253
5	3	1	1	E	232 - 253
6	3	1	1	F	232 - 253
1	4	1	1	A	278 - 293
2	4	1	1	B	278 - 293
3	4	1	1	C	278 - 293
4	4	1	1	D	278 - 293
5	4	1	1	E	278 - 293
6	4	1	1	F	278 - 293
1	5	1	6	A	294 - 343
2	5	1	6	B	294 - 343
3	5	1	6	C	294 - 343
4	5	1	6	D	294 - 343
5	5	1	6	E	294 - 343
6	5	1	6	F	294 - 343
1	6	1	1	A	344 - 376
2	6	1	1	B	344 - 376
3	6	1	1	C	344 - 376
4	6	1	1	D	344 - 376
5	6	1	1	E	344 - 376
6	6	1	1	F	344 - 376
1	7	1	6	A	262 - 277
2	7	1	6	B	262 - 277
3	7	1	6	C	262 - 277
4	7	1	6	D	262 - 277
5	7	1	6	E	262 - 277
6	7	1	6	F	262 - 277

#1: タンパク質	COMB10 分子量: 27183.570 Da / 分子数: 6 / 断片: PERIPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 131-376 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / プラスミド: PPROEXHTC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O24883
配列の詳細	PYLORIGEN DATABASE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	pH: 6 詳細: 8-14% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 8000, 100MM SODIUM CACODYLATE PH6.0 AND 200 MM MAGNESIUM ACETATE, pH 6.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→20 Å / Num. obs: 32829 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.874 / SU ML: 0.416 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.476
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOODWITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.293	1671	5.1 %	RANDOM
R_work	0.257	-	-	-
obs	0.259	31301	98.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8759	0	0	0	8759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	8894
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.274	1.976	12032
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.308	5	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.851	23.884	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.276	15	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.25	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	3593
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	5960
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.323	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.222	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.408	1.5	5740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.709	2	9131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.721	3	3447
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.177	4.5	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	963	tight positional	0.04	0.05
2	B	963	tight positional	0.04	0.05
3	C	963	tight positional	0.04	0.05
4	D	963	tight positional	0.03	0.05
5	E	963	tight positional	0.03	0.05
6	F	963	tight positional	0.03	0.05
1	A	422	loose positional	2.65	5
2	B	422	loose positional	2.17	5
3	C	422	loose positional	3.18	5
4	D	422	loose positional	2.04	5
5	E	422	loose positional	1.86	5
6	F	422	loose positional	2.15	5
1	A	963	tight thermal	0.06	0.5
2	B	963	tight thermal	0.06	0.5
3	C	963	tight thermal	0.06	0.5
4	D	963	tight thermal	0.05	0.5
5	E	963	tight thermal	0.05	0.5
6	F	963	tight thermal	0.05	0.5
1	A	422	loose thermal	2.27	10
2	B	422	loose thermal	2.85	10
3	C	422	loose thermal	1.79	10
4	D	422	loose thermal	2.53	10
5	E	422	loose thermal	3.82	10
6	F	422	loose thermal	2.84	10

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.359	125
R_work	0.33	2223

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8493	0.7938	-0.4337	5.0366	0.9473	2.5424	0.0728	0.1961	0.0278	0.0118	-0.1323	0.6565	-0.4871	-0.222	0.0595	0.2181	0.0776	0.0214	0.104	-0.0041	-0.0662	-61.823	-14.438	-18.912
2	0.0727	0.4701	-0.3907	3.0941	-2.9395	5.3269	-0.0304	-0.0256	0.042	-0.0734	-0.467	-0.6758	-0.0057	0.854	0.4974	0.1077	-0.0858	0.0093	0.2446	0.0559	0.1131	-28.932	-27.15	-25.729
3	0.0495	0.3677	0.5536	3.8997	5.0723	6.9801	-0.0499	0.0183	0.1506	-0.6543	0.3301	-0.5239	-0.8574	0.5009	-0.2802	0.3075	-0.0146	0.0708	0.1205	-0.108	0.0186	0.329	4.956	15.043
4	1.6305	1.0859	1.4653	2.0959	2.0551	2.916	0.2294	-0.2373	-0.3879	0.138	-0.3861	0.2215	0.1019	-0.6453	0.1567	0.2889	0.1381	-0.0546	0.3951	-0.1601	0.1893	-17.346	31.496	37.147
5	0.7273	-2.647	-0.5534	9.6338	2.014	0.4211	0.299	0.0766	0.3565	-2.028	-0.3693	-1.0839	-0.3067	0.4429	0.0702	1.1353	0.1767	0.1612	0.239	0.0526	0.2553	-4.829	43.463	6.016
6	2.1519	-1.4543	1.2979	3.0017	-1.0087	1.1905	0.0966	-0.1923	-0.423	0.1997	0.0472	1.1507	-0.0174	-0.4866	-0.1438	0.3166	-0.006	0.0908	0.3309	-0.1267	0.3692	-22.665	-16.534	28.592

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	166 - 376
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	165 - 376
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	166 - 376
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	166 - 376
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	166 - 376
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	166 - 376

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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