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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bho
タイトルCrystal structure of the Yersinia enterocolitica type III secretion chaperone SycT
要素CHAPERONE PROTEIN SYCT
キーワードCHAPERONE / YERSINIA / SECRETION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type III secretion system
類似検索 - 分子機能
Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chaperone protein SycT / Chaperone protein SycT
類似検索 - 構成要素
生物種YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Groll, M. / Wilharm, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of the Yersinia Enterocolitica Type III Secretion Chaperone Syct
著者: Locher, M. / Lehnert, B. / Krauss, K. / Heesemann, J. / Groll, M. / Wilharm, G.
履歴
登録2005年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHAPERONE PROTEIN SYCT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3752
ポリマ－15,1801
非ポリマー1951
水39622
1
A: CHAPERONE PROTEIN SYCT
ヘテロ分子

A: CHAPERONE PROTEIN SYCT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7504
ポリマ－30,3602
非ポリマー3902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.170, 45.834, 34.453
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2015-

HOH

21A-2016-

HOH

31A-2017-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CHAPERONE PROTEIN SYCT


分子量: 15180.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
プラスミド: PMS470 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: O85243, UniProt: P0C2V9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細IT IS AS A SPECIFIC CHAPERONE FOR YOPT
配列の詳細VARIANT S -> P (IN PLASMID PYVE8081 AND PLASMID PYVA127/90).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 7
詳細: 1.2 M DL-MALIC ACID, PH 7.0 100MM BIS-TRIS PROPANE, PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.0723, 1.0719, 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月14日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.07231
21.07191
30.981
反射解像度: 2.5→99 Å / Num. obs: 99007 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 36.5
反射 シェル解像度: 2.51→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 32.085 / SU ML: 0.298 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.546 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 432 10.2 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.245 3790 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.01 Å20 Å2-1.23 Å2
2--10.16 Å20 Å2
3----5.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数909 0 1 22 932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.021932
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.02807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2561.921267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.59231881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.175109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg45.89725.74154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.05215156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg29.771153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021045
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2740.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.310.2863
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.2451
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.120.2457
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.227
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3450.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2980.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0350.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5051.5714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4721.5226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0482879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6743458
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4134.5388
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 28 -
Rwork0.308 278 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.4751 Å / Origin y: -3.2598 Å / Origin z: 24.0678 Å
111213212223313233
T0.1023 Å20.0145 Å2-0.0564 Å2-0.2339 Å2-0.0709 Å2--0.1428 Å2
L9.3639 °20.3748 °20.3366 °2-6.1189 °2-1.1418 °2--10.9208 °2
S0.0302 Å °-1.0058 Å °0.044 Å °0.5266 Å °-0.0325 Å °-0.3539 Å °-0.2512 Å °1.2821 Å °0.0023 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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