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- PDB-2bhm: Crystal structure of VirB8 from Brucella suis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bhm
タイトルCrystal structure of VirB8 from Brucella suis
要素TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
キーワードBACTERIAL PROTEIN / BACTERIAL TYPE IV SECRETION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type IV secretion system / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
VirB8 protein / Type IV secretion system protein VirB8/PtlE / Bacterial virulence protein VirB8 / VirB8 protein / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV secretion system protein virB8
類似検索 - 構成要素
生物種BRUCELLA MELITENSIS BIOVAR SUIS (ブタ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bayliss, R. / Baron, C. / Waksman, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2005
タイトル: Structures of Two Core Subunits of the Bacterial Type Iv Secretion System, Virb8 from Brucella Suis and Comb10 from Helicobacter Pylori
著者: Terradot, L. / Bayliss, R. / Oomen, C. / Leonard, G. / Baron, C. / Waksman, G.
履歴
登録2005年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
B: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
C: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
D: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
E: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1015
ポリマ-91,1015
非ポリマー00
1,09961
1
A: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8

A: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4402
ポリマ-36,4402
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
手法PQS
2
B: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
D: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4402
ポリマ-36,4402
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
E: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4402
ポリマ-36,4402
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)202.757, 202.757, 103.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細ACCORDING TO THE AUTHORS OF THIS ENTRY, THE DIMER THAT ISGENERATED BY REMARK 350 BELOW MAY SHOW A LIKELY MODE OFSELF-ASSEMBLY OF VIRB8 WHICH IS KNOWN TO SELF-ASSOCIATETO FORM A LARGE COMPLEX.

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要素

#1: タンパク質
TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8


分子量: 18220.145 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 77-239 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BRUCELLA MELITENSIS BIOVAR SUIS (ブタ流産菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 PLYSS / 参照: UniProt: Q7CEG3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→22.6 Å / Num. obs: 44402 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
RESOLVE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.4→26.6 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2733 2083 5 %RANDOM
Rwork0.2456 ---
obs0.2456 41354 98.4 %-
溶媒の処理Bsol: 34.2631 Å2 / ksol: 0.357974 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.731 Å20 Å20 Å2
2---4.731 Å20 Å2
3---9.462 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→26.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5304 0 0 61 5365
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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