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- PDB-2bf5: Crystal structure of a toluene 4-monooxygenase catalytic effector... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bf5
タイトルCrystal structure of a toluene 4-monooxygenase catalytic effector protein variant missing four N-terminal residues (delta-N4 T4moD)
要素TOLUENE-4-MONOOXYGENASE SYSTEM PROTEIN D
キーワードOXIDOREDUCTASE / CATALYTIC EFFECTOR PROTEIN / N-TERMINAL TRUNCATED MUTANT / AROMATIC HYDROCARBON CATABOLISM / MONOOXYGENASE / TOLUENE OXIDATION / MOLECULAR REPLACEMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


toluene catabolic process / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toluene-4-monooxygenase system, effector component
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS MENDOCINA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Lountos, G.T. / Mitchell, K.H. / Studts, J.M. / Fox, B.G. / Orville, A.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures and Functional Studies of T4Mod, the Toluene 4-Monooxygenase Catalytic Effector Protein
著者: Lountos, G.T. / Mitchell, K.H. / Studts, J.M. / Fox, B.G. / Orville, A.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and Preliminary Analysis of Native and N-Terminal Truncated Isoforms of Toluene-4- Monooxygenase Catalytic Effector Protein
著者: Orville, A.M. / Studts, J.M. / Lountos, G.T. / Mitchell, K.H. / Fox, B.G.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Solution Structure of the Toluene 4-Monooxygenase Effector Protein (T4Mod)
著者: Hemmi, H. / Studts, J.M. / Chae, Y.K. / Song, J. / Markley, J.L. / Fox, B.G.
#3: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1999
タイトル: Application of Fed-Batch Fermentation to the Preparation of Isotopically Labeled or Selenomethionyl-Labeled Proteins
著者: Studts, J.M. / Fox, B.G.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Combined Participation of Hydroxylase Active Site Residues and Effector Protein Binding in a Para to Ortho Modulation of Toluene 4-Monooxygenase Regiospecificity
著者: Mitchell, K.H. / Studts, J.M. / Fox, B.G.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Recombinant Toluene 4-Monooxygenase: Catalytic and Mossbauer Studies of the Purified Diiron and Rieske Components of a Four Protein Complex
著者: Pikus, J.D. / Studts, J.M. / Achim, C. / Kauffmann, K.E. / Munck, E. / Steffan, R.J. / Mcclay, K. / Fox, B.G.
履歴
登録2004年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOLUENE-4-MONOOXYGENASE SYSTEM PROTEIN D
B: TOLUENE-4-MONOOXYGENASE SYSTEM PROTEIN D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2512
ポリマ－22,2512
非ポリマー00
水4,288238
1
A: TOLUENE-4-MONOOXYGENASE SYSTEM PROTEIN D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1251
ポリマ－11,1251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: TOLUENE-4-MONOOXYGENASE SYSTEM PROTEIN D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1251
ポリマ－11,1251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)86.215, 86.215, 86.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2021-

HOH

21A-2022-

HOH

31B-2023-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 TOLUENE-4-MONOOXYGENASE SYSTEM PROTEIN D / DELTA-N4 TOLUENE 4-MONOOXYGENASE CATALYTIC EFFECTOR


分子量: 11125.419 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 5-102 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS MENDOCINA (バクテリア)
株: KR1 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE DELTA-N4 T4MOD VARIANT WAS CREATED WITH A VECTOR THAT INITIATES PROTEIN TRANSLATION AT RESIDUE ...THE DELTA-N4 T4MOD VARIANT WAS CREATED WITH A VECTOR THAT INITIATES PROTEIN TRANSLATION AT RESIDUE 5 IN THE OPEN READING FRAME. DETAILS WILL APPEAR IN LOUNTOS ET AL, BIOCHEMISTRY, SUBMITTED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 5% (V/V) 2-PROPANOL, AND 1.5% (V/V) 1,2,3-HEPTANETRIOL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0332
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→37 Å / Num. obs: 23407 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 21.8 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 1.71→1.8 Å / 冗長度: 21.6 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NATIVE TOLUENE 4-MONOOXYGENASE

解像度: 1.71→37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.559 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 5-10 IN CHAIN A AND CHAIN B AND RESIDUE 102 IN CHAIN B WERE NOT INCLUDED DUE TO THE LACK OF ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 2381 10.2 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.157 21007 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1460 0 0 238 1698
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221492
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5831.9692015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89733206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4365181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.260.21661
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2969
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3430.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2810.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0461.5912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.00121475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2913580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6554.5540
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.75 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.213 191
Rwork0.171 1522

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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