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- PDB-2bex: Crystal structure of Placental Ribonuclease Inhibitor in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bex
タイトルCrystal structure of Placental Ribonuclease Inhibitor in complex with Human Eosinophil Derived Neurotoxin at 2A resolution
要素
  • NONSECRETORY RIBONUCLEASE
  • RIBONUCLEASE INHIBITOR
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / COMPLEX (INHIBITOR-NUCLEASE) / RIBONUCLEASE INHIBITOR / EOSINOPHIL DERIVED NEUROTOXIN / RNASE 2 / LUECINE-RICH REPEATS / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / MOLECULAR RECOGNITION / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease inhibitor activity / angiogenin-PRI complex / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / RNA catabolic process / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / regulation of angiogenesis / innate immune response in mucosa ...ribonuclease inhibitor activity / angiogenin-PRI complex / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / RNA catabolic process / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / regulation of angiogenesis / innate immune response in mucosa / chemotaxis / azurophil granule lumen / cell migration / lamellipodium / defense response to virus / nucleic acid binding / lyase activity / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease inhibitor, leucine rich repeat cap / Capping Ribonuclease inhibitor Leucine Rich Repeat / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe ...Ribonuclease inhibitor, leucine rich repeat cap / Capping Ribonuclease inhibitor Leucine Rich Repeat / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALPHA-KETOMALONIC ACID / Non-secretory ribonuclease / Ribonuclease inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Iyer, S. / Holloway, D.E. / Kumar, K. / Shapiro, R. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Molecular Recognition of Human Eosinophil-Derived Neurotoxin (Rnase 2) by Placental Ribonuclease Inhibitor
著者: Iyer, S. / Holloway, D.E. / Kumar, K. / Shapiro, R. / Acharya, K.R.
履歴
登録2004年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE INHIBITOR
B: RIBONUCLEASE INHIBITOR
C: NONSECRETORY RIBONUCLEASE
D: NONSECRETORY RIBONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,2086
ポリマ－130,9984
非ポリマー2102
水11,097616
1
A: RIBONUCLEASE INHIBITOR
C: NONSECRETORY RIBONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5913
ポリマ－65,4992
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RIBONUCLEASE INHIBITOR
D: NONSECRETORY RIBONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6173
ポリマ－65,4992
非ポリマー1181
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.980, 91.980, 257.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE INHIBITOR / RIBONUCLEASE/ANGIOGENIN INHIBITOR / RAI / RI / RNASE INHIBITOR


分子量: 49887.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: PLACENTA / 参照: UniProt: P13489
#2: タンパク質 NONSECRETORY RIBONUCLEASE / EOSINOPHIL DERIVED NEUROTOXIN / RIBONUCLEASE US / RNASE UPI-2 / RIBONUCLEASE 2 / RNASE 2


分子量: 15611.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: BLOOD / Cell: EOSINOPHILS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P10153, EC: 3.1.27.5
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MAK / ALPHA-KETOMALONIC ACID / メソしゅう酸


分子量: 118.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 1M SODIUM MALONATE, PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月8日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→40 Å / Num. obs: 89545 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 27.6 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A4Y, PDB ENTRY 1GQV

1a4y

1gqv


解像度: 1.99→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESIDUES 1 TO 4 IN CHAIN A AND RESIDUES 1-3 OF CHAIN B ARE MISSING FROM THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2433 3349 3.8 %RANDOM
Rwork0.2059 ---
obs0.2059 84451 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.0146 Å2 / ksol: 0.35745 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.454 Å2-1.761 Å20 Å2
2---1.454 Å20 Å2
3---2.909 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8875 0 14 616 9505
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004619
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.19367
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.11141
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73195
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.731.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.952.5
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2555 264 7.9 %
Rwork0.24 7659 -
obs--90.34 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3MALONATE.PARAMMALONATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GOL.PARAMGOL.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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