PDB-4per: Structure of Gallus gallus ribonuclease inhibitor complexed with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4per

タイトル

Structure of Gallus gallus ribonuclease inhibitor complexed with Gallus gallus ribonuclease I

要素

Angiogenin
Ribonuclease Inhibitorリボヌクレアーゼインヒビター

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR /

leucine-rich repeat (ロイシンリッチリピート) / protein-protein complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Adherens junctions interactions /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity /

抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / cytoplasmic vesicle /

血管新生 /

endonuclease activity / negative regulation of translation /

細胞分化 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Bianchetti, C.M. / Lomax, J.E. / Raines, R.T. / Fox, B.G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Functional evolution of ribonuclease inhibitor: insights from birds and reptiles.
著者: Lomax, J.E. / Bianchetti, C.M. / Chang, A. / Phillips, G.N. / Fox, B.G. / Raines, R.T.

履歴

登録	2014年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月2日	Group: Database references
改定 1.2	2014年9月24日	Group: Structure summary
改定 1.3	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4per.cif.gz	235.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4per.ent.gz	188.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4per.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/4per ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/4per	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tsrC 4peqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2bex-1 4peq-2 3tsr-3 4mj2-1 5i3q-d 1sw4-d 6hyu-1 4mj4-d 2lp4-d 4kh2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

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#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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リゾチーム (Lysozyme)
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神経栄養因子 (Neurotrophins)
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#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease Inhibitor

B: Angiogenin

63.3 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.662, 84.538, 121.661
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ribonuclease Inhibitor / リボヌクレアーゼインヒビター分子量: 50388.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: RNH1, RCJMB04_22k18 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZIY8
#2: タンパク質	Angiogenin / / Ribonuclease A / Ribonuclease I 分子量: 12898.765 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 25-137 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ANG, RNaseA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P27043, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 1:1 protein solution (20 mM HEPES-NaOH, 10 mM DTT, 2% w/v glycerol, pH 7.5) to well solution (100 mM citric acid, pH 3.5, 21% PEG1500), cryoprotectant: 100 mM citric acid, pH 3.5, 21% PEG1500, 15% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月11日

放射

モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4 % / 数: 201341 / R_merge(I) obs: 0.134 / Χ²: 0.93 / D res high: 1.82 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 50875 / % possible obs: 99.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.94	50	1	0.032	0.493	3.9
3.92	4.94	1	0.04	0.945	4.1
3.43	3.92	1	0.055	1.022	4.1
3.11	3.43	1	0.065	1.227	4.1
2.89	3.11	1	0.067	1.014	4.1
2.72	2.89	1	0.067	1.082	4.1
2.58	2.72	1	0.076	0.967	4
2.47	2.58	1	0.083	1.027	4
2.37	2.47	1	0.096	1.051	4
2.29	2.37	1	0.11	1.064	4
2.22	2.29	1	0.128	1.042	4
2.16	2.22	1	0.145	1.026	4
2.1	2.16	1	0.172	0.991	4
2.05	2.1	1	0.206	0.945	4
2	2.05	1	0.247	0.902	3.9
1.96	2	1	0.317	0.828	3.9
1.92	1.96	1	0.386	0.803	3.8
1.89	1.92	1	0.488	0.76	3.8
1.85	1.89	1	0.565	0.709	3.8
1.82	1.85	1	0.687	0.691	3.7

反射

解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 50875 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 2.21 Å² / R_merge(I) obs: 0.134 / Χ²: 0.934 / Net I/av σ(I): 9.161 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 201341

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.82-1.85	3.7	0.687	2547	0.691	99.8
1.85-1.89	3.8	0.565	2463	0.709	99.7
1.89-1.92	3.8	0.488	2551	0.76	100
1.92-1.96	3.8	0.386	2482	0.803	100
1.96-2	3.9	0.317	2524	0.828	100
2-2.05	3.9	0.247	2521	0.902	99.9
2.05-2.1	4	0.206	2520	0.945	99.8
2.1-2.16	4	0.172	2559	0.991	100
2.16-2.22	4	0.145	2518	1.026	99.9
2.22-2.29	4	0.128	2520	1.042	100
2.29-2.37	4	0.11	2548	1.064	99.9
2.37-2.47	4	0.096	2547	1.051	99.9
2.47-2.58	4	0.083	2532	1.027	99.8
2.58-2.72	4	0.076	2549	0.967	99.6
2.72-2.89	4.1	0.067	2548	1.082	99.8
2.89-3.11	4.1	0.067	2574	1.014	99.8
3.11-3.43	4.1	0.065	2565	1.227	99.4
3.43-3.92	4.1	0.055	2584	1.022	99.4
3.92-4.94	4.1	0.04	2616	0.945	98.7
4.94-50	3.9	0.032	2607	0.493	94

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.45 Å	39.81 Å
Translation	6.45 Å	39.81 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.92→39.815 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2535	2064	5.01 %
R_work	0.2023	39152	-
obs	0.2049	41216	97.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.95 Å² / B_iso mean: 30.7346 Å² / B_iso min: 1.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.92→39.815 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4358	0	0	233	4591
B_iso mean	-	-	-	33.98	-
残基数	-	-	-	-	567

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4478
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.158	6083
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	726
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	785
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.029	1684

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.92-1.9647	0.2629	126	0.2337	2433	2559	92
1.9647-2.0138	0.2392	129	0.2079	2496	2625	95
2.0138-2.0682	0.2334	133	0.1989	2540	2673	96
2.0682-2.1291	0.2619	133	0.198	2545	2678	96
2.1291-2.1978	0.2938	137	0.2001	2575	2712	98
2.1978-2.2764	0.2396	139	0.2047	2603	2742	98
2.2764-2.3675	0.2659	136	0.2021	2619	2755	98
2.3675-2.4752	0.261	138	0.2018	2601	2739	98
2.4752-2.6057	0.2603	142	0.2111	2643	2785	99
2.6057-2.7689	0.246	140	0.2002	2673	2813	99
2.7689-2.9826	0.2505	138	0.2125	2631	2769	99
2.9826-3.2827	0.2839	143	0.2168	2689	2832	99
3.2827-3.7574	0.254	141	0.1912	2681	2822	99
3.7574-4.7327	0.2276	144	0.1693	2708	2852	99
4.7327-39.8233	0.2444	145	0.2173	2715	2860	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7559	0.2144	0.1614	1.0833	-0.0123	0.5005	0.0556	-0.0942	-0.4543	0.0176	0.0079	0.0021	0.4671	-0.0047	-0.1128	0.3843	0.001	0.0563	0.0927	0.0298	0.3499	0.0634	31.0501	61.7756
2	0.6409	-0.1441	0.2748	0.8126	-0.1739	0.7533	-0.0576	-0.0959	-0.0681	-0.028	0.0013	0.0205	-0.0461	-0.0527	-0.015	0.0137	0.0052	-0.0086	0.0201	0.049	0.0824	-2.9369	59.6284	65.4875
3	0.348	-0.1216	0.1425	0.4218	-0.0874	0.2094	-0.0407	-0.2513	-0.1001	0.2452	-0.0093	-0.1043	-0.0412	-0.1442	-0.0628	0.3481	-0.0582	-0.1459	0.4135	0.1221	0.1867	7.5311	54.6563	94.1957
4	2.9835	-0.9057	0.8731	1.1041	0.3095	1.1197	0.1251	0.056	-0.0359	0.0466	-0.092	-0.3155	0.2396	0.3411	-0.0323	0.2236	0.0778	-0.0027	0.3455	0.2012	0.4126	20.3807	39.8298	77.8035
5	5.3906	-0.0021	3.03	0.5716	1.0015	3.4621	-0.1996	0.3229	0.4221	0.0055	-0.0798	-0.3657	-0.2042	0.7318	0.282	0.4813	-0.1801	-0.2508	0.7187	0.3209	0.9643	36.7638	46.3719	85.5656
6	4.6907	-1.2356	0.4468	1.6366	-0.6881	1.2696	0.012	0.2163	0.2112	-0.1538	-0.1883	-0.3041	0.0236	0.2932	0.1704	0.1978	0.0417	-0.0051	0.298	0.1835	0.3231	13.5565	48.3091	74.0814
7	2.7141	-1.0407	0.3533	0.6498	0.3818	1.1126	-0.0551	0.2635	0.2173	-0.0146	-0.1481	-0.1934	-0.1562	0.2512	0.2088	0.3647	-0.1205	-0.1616	0.7057	0.4399	0.8567	30.1434	46.4757	86.094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 150 )	A	0 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 151 through 291 )	A	151 - 291
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 292 through 456 )	A	292 - 456
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 57 )	B	3 - 57
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 58 through 75 )	B	58 - 75
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 76 through 97 )	B	76 - 97
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 98 through 115 )	B	98 - 115

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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