PDB-2bel: Structure of human 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bel

タイトル

Structure of human 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase in complex with NADP and carbenoxolone

要素

CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GLUCOCORTICOID ACTIVATION / DRUG TARGET / INHIBITOR / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / HORMONE METABOLISM / MICROSOME / NADP / STEROID METABOLISM

機能・相同性

機能・相同性情報

cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Kavanagh, K. / Wu, X. / Svensson, S. / Elleby, B. / von Delft, F. / Debreczeni, J.E. / Sharma, S. / Bray, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The High Resolution Structures of Human, Murine and Guinea Pig 11-Beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 Reveal Critical Differences in Active Site Architecture
著者: Wu, X. / Kavanagh, K. / Svensson, S. / Elleby, B. / Hult, M. / von Delft, F. / Marsden, B. / Jornvall, H. / Abrahmsen, L. / Oppermann, U.

履歴

登録	2004年11月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bel.cif.gz	210.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bel.ent.gz	168 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bel.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2bel_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bel_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	2bel_validation.xml.gz	40.3 KB	表示
CIF形式データ	2bel_validation.cif.gz	55.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/2bel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/2bel	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xu7 1xu9
類似構造データ	3hfg-2 3ey4-1 1e05-2 3d4n-2 3h6k-2 5iax-d 3lx6-2 6wni-1 3czr-d 3d3e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1

B: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1

C: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1

D: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1

B: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1

D: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.162, 112.984, 66.326
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.93801, 0.33752, 0.07885), (0.33814, 0.84112, 0.42212), (0.07615, 0.42261, -0.90311)	-8.42495, 2.91119, -5.86785
2	given	(0.23114, 0.92361, 0.30582), (0.97182, -0.20419, -0.11782), (-0.04637, 0.32443, -0.94477)	23.52363, 3.88708, -11.89135
3	given	(0.09458, 0.98932, 0.11088), (-0.99278, 0.08548, 0.08414), (0.07376, -0.11804, 0.99027)	22.28565, -3.96804, -5.53188

#1: タンパク質	CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1 / HUMAN 11-BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE TYPE 1 / 11-DH / 11-BETA-HSD1 分子量: 31105.963 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 26-284 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: P11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P28845, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-CBO / CARBENOXOLONE / カルベノキソロン分子量: 570.757 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₅₀O₇
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	FUNCTION: CATALYZES REVERSIBLY THE CONVERSION OF CORTISOL TO THE INACTIVE METABOLITE CORTISONE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化	pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M MGCL2, 15% PEG 3350,, pH 5.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9765
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月2日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→61.08 Å / Num. obs: 68824 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 33 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 84.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: UNPUBLISHED MODEL OF HUMAN 11BETA HSD1

解像度: 2.11→56.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 15.196 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	1953	2.8 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.19	66821	98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→56.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7439	0	348	268	8055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	7956
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7400
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.607	2.017	10870
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.859	3	17106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.357	5	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.654	24.047	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.838	15	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.998	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	7459
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	3917
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	4580
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	343
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.076	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.214	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.132	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.01	3	5158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.969	5	7932
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.676	7	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.138	11	2936
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.11→2.16 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.306	115
R_work	0.288	4333

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3616	-0.1717	-0.2123	1.454	-0.5538	2.3701	0.0328	-0.3304	-0.1705	0.326	0.1743	0.2586	-0.0543	-0.2862	-0.2071	-0.1247	0.0523	0.0905	0.0157	0.14	-0.0483	-6.4651	18.3629	16.5308
2	1.4279	-0.3271	0.6865	1.2343	-0.542	3.2123	0.0827	0.214	-0.0542	-0.0866	-0.0055	0.0593	-0.0138	0.1639	-0.0772	-0.22	0.0417	0.0147	-0.0433	0.0271	-0.1359	4.8711	23.527	-12.8828
3	0.8367	-0.6098	-0.0702	3.668	0.5743	1.0072	0.1268	0.2171	0.0961	-1.1445	-0.1036	0.0161	-0.2805	0.0198	-0.0232	0.218	0.0159	-0.0336	-0.1165	0.0506	-0.0865	44.6656	-9.3341	-20.5652
4	1.0576	-0.5658	-0.3827	3.0447	1.0301	2.0825	-0.0422	-0.1194	-0.0361	0.2138	0.1087	-0.1679	0.1934	0.1375	-0.0665	-0.1779	0.0026	-0.0611	-0.1686	0.0408	-0.086	42.315	5.0606	7.7864

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 268
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	27 - 277
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	15 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	25 - 277

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)