PDB-2bdu: X-Ray Structure of a Cytosolic 5'-Nucleotidase III from Mus Muscu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bdu

タイトル

X-Ray Structure of a Cytosolic 5'-Nucleotidase III from Mus Musculus MM.158936

要素

Cytosolic 5'-nucleotidase III

キーワード

HYDROLASE / UMPH-1 / CYTOSOLIC 5'-NUCLEOTIDASE III / NT5C3 PROTEIN / AAH38029 / BC038029 / MM.158936 / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG

機能・相同性

機能・相同性情報

Pyrimidine catabolism / CMP catabolic process / dTMP catabolic process / dCMP catabolic process / UMP catabolic process / dUMP catabolic process / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine metabolic process / : / 5'-nucleotidase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

多波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Han, B.W. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Bae, E. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of pyrimidine 5'-nucleotidase type 1. Insight into mechanism of action and inhibition during lead poisoning.
著者: Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / McCoy, J.G. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2005年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bdu.cif.gz	138.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bdu.ent.gz	106.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bdu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/2bdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/2bdu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g06C 2g07C 2g08C 2g09C 2g0aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2g09-d 2g07-d 2g06-d 2g0a-d 5vaf-1 3atj-d 5mn7-2 2g08-d 6d4d-d 1smr-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.36414

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cytosolic 5'-nucleotidase III

B: Cytosolic 5'-nucleotidase III

ヘテロ分子

68.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.674, 133.674, 38.889
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 7 - 297 / Label seq-ID: 7 - 297

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Cytosolic 5'-nucleotidase III / cN-III / Pyrimidine 5'- nucleotidase 1 / P5'N-1 / P5N-1 / PN-I / Lupin 分子量: 34163.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nt5c3 / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9D020, 5'-nucleotidase
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 26% PEG 8K, 0.10 M MOPS (HEPES USED AS CRYOPROTECTANT), pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97911 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月10日
詳細: HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING 2ND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR

放射

モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED SI (220) DOUBLE BOUNCE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97911 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.4 % / 数: 31917 / R_merge(I) obs: 0.091 / Χ²: 0.991 / D res high: 2.35 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 98.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.79	50	99.8	1	0.071	1.019	5.9
4.6	5.79	100	1	0.071	0.916	5.9
4.02	4.6	100	1	0.073	0.871	5.9
3.65	4.02	100	1	0.078	0.92	5.9
3.39	3.65	99.9	1	0.084	0.854	5.9
3.19	3.39	99.9	1	0.099	1.11	5.9
3.03	3.19	100	1	0.122	1.148	5.9
2.9	3.03	99.7	1	0.153	1.061	5.8
2.79	2.9	100	1	0.182	1.218	5.9
2.69	2.79	99.5	1	0.223	1.046	5.7
2.61	2.69	100	1	0.257	1.026	5.7
2.53	2.61	98.9	1	0.31	0.894	5.2
2.46	2.53	98.9	1	0.335	0.873	4.6
2.4	2.46	93.3	1	0.35	0.864	3.9
2.35	2.4	87.8	1	0.367	0.885	3.3

反射

解像度: 2.35→43.755 Å / Num. obs: 31917 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Χ²: 0.991 / Net I/σ(I): 6.818

反射シェル

解像度: 2.35→2.4 Å / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 2.067 / Num. measured obs: 1921 / Χ²: 0.885 / % possible all: 87.8

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 2.35 Å / 最低解像度: 43.76 Å / Power centric: 0 / Reflection centric: _

ID	R cullis acentric	Power acentric	Reflection acentric
ISO_1	0	0	31781
ANO_1	0.825	1.106	30198

Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Power acentric	Reflection acentric
ISO_1	10.24-43.76	0	0	378
ISO_1	7.35-10.24	0	0	661
ISO_1	6.03-7.35	0	0	869
ISO_1	5.23-6.03	0	0	1017
ISO_1	4.69-5.23	0	0	1150
ISO_1	4.28-4.69	0	0	1261
ISO_1	3.97-4.28	0	0	1378
ISO_1	3.71-3.97	0	0	1490
ISO_1	3.5-3.71	0	0	1561
ISO_1	3.32-3.5	0	0	1662
ISO_1	3.17-3.32	0	0	1729
ISO_1	3.03-3.17	0	0	1822
ISO_1	2.92-3.03	0	0	1912
ISO_1	2.81-2.92	0	0	1985
ISO_1	2.72-2.81	0	0	2062
ISO_1	2.63-2.72	0	0	2102
ISO_1	2.55-2.63	0	0	2194
ISO_1	2.48-2.55	0	0	2252
ISO_1	2.41-2.48	0	0	2156
ISO_1	2.35-2.41	0	0	2140
ANO_1	10.24-43.76	0.837	1.413	378
ANO_1	7.35-10.24	0.76	1.396	661
ANO_1	6.03-7.35	0.612	1.818	869
ANO_1	5.23-6.03	0.675	1.759	1017
ANO_1	4.69-5.23	0.733	1.5	1149
ANO_1	4.28-4.69	0.768	1.382	1257
ANO_1	3.97-4.28	0.785	1.236	1378
ANO_1	3.71-3.97	0.761	1.248	1484
ANO_1	3.5-3.71	0.803	1.262	1553
ANO_1	3.32-3.5	0.79	1.2	1661
ANO_1	3.17-3.32	0.802	1.173	1713
ANO_1	3.03-3.17	0.846	0.991	1822
ANO_1	2.92-3.03	0.874	0.862	1889
ANO_1	2.81-2.92	0.894	0.76	1985
ANO_1	2.72-2.81	0.923	0.668	2028
ANO_1	2.63-2.72	0.947	0.589	2093
ANO_1	2.55-2.63	0.972	0.485	2109
ANO_1	2.48-2.55	0.985	0.46	2066
ANO_1	2.41-2.48	0.989	0.398	1693
ANO_1	2.35-2.41	0.995	0.335	1393

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	-26.452	-41.15	-6.728	SE	41.72	1.4
2	-40.402	-74.555	-6.723	SE	40.31	1.4
3	-99.581	-30.126	-8.76	SE	56.59	1.23
4	32.705	-85.647	-8.684	SE	48.71	1.11
5	-34.364	-28.491	-3.077	SE	62.59	1.12
6	-32.512	-87.248	-3.118	SE	73	1.33
7	-79.834	-70.526	-4.025	SE	44.5	0.83
8	-46.886	-43.228	-8.943	SE	55.76	0.83
9	-19.913	-72.482	-8.949	SE	49.27	0.92
10	12.921	-45.26	-4.026	SE	44.69	0.86

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 31812

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
9.3-100	63	0.71	511
7.4-9.3	61	0.881	513
6.4-7.4	55.5	0.878	571
5.72-6.4	58.7	0.87	633
5.22-5.72	56.5	0.884	731
4.83-5.22	59.7	0.908	746
4.52-4.83	58.2	0.924	845
4.26-4.52	56.6	0.923	896
4.04-4.26	58.7	0.918	936
3.85-4.04	59.9	0.919	959
3.69-3.85	57	0.912	1046
3.54-3.69	64.5	0.888	1045
3.41-3.54	62.9	0.901	1127
3.3-3.41	63.2	0.883	1155
3.19-3.3	65	0.864	1207
3.1-3.19	64	0.863	1218
3.01-3.1	67.5	0.856	1262
2.93-3.01	67.9	0.836	1336
2.85-2.93	68.6	0.83	1330
2.79-2.85	70	0.83	1333
2.72-2.79	74.1	0.827	1430
2.66-2.72	76.8	0.825	1444
2.61-2.66	76.2	0.83	1451
2.55-2.61	78.8	0.796	1527
2.5-2.55	81.4	0.798	1496
2.46-2.5	81.8	0.809	1549
2.41-2.46	80.5	0.776	1461
2.35-2.41	85	0.719	2054

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
PHENIX		位相決定
SHELXD		位相決定
SOLOMON		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.35→43.755 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / WR_factor R_free: 0.238 / WR_factor R_work: 0.173 / SU B: 11.978 / SU ML: 0.151 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.216
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, SELENIUM C COEFFICIENT FOR STRUCTURE FACTOR CALCULATION SET TO -9.00, MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2198	1619	5.074 %	RANDOM
R_work	0.163	-	-	-
all	0.1659	-	-	-
obs	0.16588	31910	98.503 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.154 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.303 Å²	0.151 Å²	0 Å²
2-	-	0.303 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.454 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→43.755 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4652	0	30	359	5041

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	4770
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.548	1.976	6426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.439	5	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.957	25.446	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.224	15	906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.413	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	720
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3508
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	3236
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.134	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.379	2	2993
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.414	4	4676
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.645	6	2005
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.275	8	1750

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1164	tight positional	0.039	0.05
1166	medium positional	0.208	0.5
1164	tight thermal	0.348	0.5
1166	medium thermal	1.244	2

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.35-2.411	0.245	120	0.213	2024	2434	88.085
2.411-2.477	0.25	111	0.204	2085	2325	94.452
2.477-2.549	0.254	110	0.196	2130	2259	99.159
2.549-2.628	0.261	114	0.196	2101	2237	99.017
2.628-2.714	0.292	101	0.19	2000	2101	100
2.714-2.809	0.253	108	0.179	1978	2096	99.523
2.809-2.915	0.228	102	0.171	1871	1973	100
2.915-3.034	0.252	80	0.182	1858	1943	99.743
3.034-3.169	0.24	100	0.173	1731	1831	100
3.169-3.323	0.198	91	0.162	1646	1740	99.828
3.323-3.503	0.222	79	0.148	1605	1684	100
3.503-3.715	0.201	74	0.154	1485	1560	99.936
3.715-3.971	0.199	75	0.147	1440	1515	100
3.971-4.289	0.188	69	0.134	1333	1402	100
4.289-4.698	0.185	75	0.128	1165	1240	100
4.698-5.251	0.185	62	0.158	1082	1144	100
5.251-6.061	0.275	54	0.187	972	1026	100
6.061-7.419	0.269	41	0.193	816	857	100
7.419-10.47	0.17	33	0.138	628	661	100
10.47-115.47	0.254	20	0.16	341	367	98.365

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.997	0.2167	-0.9015	3.2148	0.1261	2.2928	0.1756	-0.0522	0.274	-0.0974	-0.1287	0.1561	-0.3203	0.0173	-0.047	-0.1514	0.0115	0.0254	-0.1566	0.018	-0.2417	37.487	75.829	27.384
2	4.0347	0.1445	0.8364	3.2878	-0.1359	2.2675	0.1793	-0.0487	-0.28	-0.0885	-0.1337	-0.1528	0.3169	0.0102	-0.0455	-0.1464	0.014	-0.0271	-0.1557	-0.0165	-0.2439	29.354	39.933	27.388

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 7 - 297 / Label seq-ID: 7 - 297

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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