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- PDB-2bdp: CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS DNA POLYMERASE I FRAGMENT COMPLEXED... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bdp
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS DNA POLYMERASE I FRAGMENT COMPLEXED TO 9 BASE PAIRS OF DUPLEX DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*C)-3')
  • PROTEIN (DNA POLYMERASE I)
キーワードTRANSFERASE/DNA / BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS DNA POLYMERASE / BF THERMOPHILUS POLYMERASE / COMPLEX (NUCLEOTIDYLTRANSFERASE-DNA) / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 ...DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Mao, C. / Beese, L.S.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Visualizing DNA replication in a catalytically active Bacillus DNA polymerase crystal.
著者: Kiefer, J.R. / Mao, C. / Braman, J.C. / Beese, L.S.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Crystal Structure of a Thermostable Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment at 2.1 A Resolution
著者: Kiefer, J.R. / Mao, C. / Hansen, C.J. / Basehore, S.L. / Hogrefe, H.H. / Braman, J.C. / Beese, L.S.
履歴
登録1997年11月17日処理サイト: NDB
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*GP*C)-3')
T: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*C)-3')
A: PROTEIN (DNA POLYMERASE I)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2987
ポリマ－71,9863
非ポリマー3124
水8,431468
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.241, 93.275, 106.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*GP*C)-3')


分子量: 2755.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*C)-3')


分子量: 3029.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 PROTEIN (DNA POLYMERASE I) / BF


分子量: 66200.859 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 297-876 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52026

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非ポリマー , 3種, 472分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
解説: LTI/SIGMA(I)> FOR THE DATA SET : 17.5 LTI/SIGMA(I)> FOR SHELL : 5.1
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 63.4 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
255 %(v/v)satammonium sulfate1reservoir
3100 mMMES1reservoir
42.5-7.0 %(v/v)MPD1reservoir
50.02 %(w/v)sodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 73375 / Num. obs: 73375 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rsym value: 0.044
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rsym value: 0.163 / % possible all: 60.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 253450 / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 60.1 % / Rmerge(I) obs: 0.163 / Mean I/σ(I) obs: 5.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: UNPUBLISHED DNA COMPLEX STRUCTURE

解像度: 1.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 3701 5.1 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.241 73281 87 %-
all-73281 --
原子変位パラメータBiso mean: 19.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3----0.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a--0 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4656 387 16 468 5527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.821.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.352
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.652
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.662.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 370 4.6 %
Rwork0.404 7737 -
obs--58.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAMDNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PARAM_SULFATE.TXTTOP_SULFATE.TXT
X-RAY DIFFRACTION5PARAMETER.ELEMENTS
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.02
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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