[日本語] English
万見
- PDB-2bbv: THE REFINED THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN INSECT VIRUS AT 2.8... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bbv
タイトルTHE REFINED THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN INSECT VIRUS AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • (PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)) x 2
  • RNA (5'-R(*UP*CP*UP*UP*AP*UP*AP*UP*CP*U)-3')
キーワードVirus/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / Icosahedral virus / Virus-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nodavirus endopeptidase / T=3 icosahedral viral capsid / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase A6, nodavirus coat protein / Peptidase A6 family / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Capsid protein alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Black beetle virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wery, J.-P. / Reddy, V.S. / Hosur, M.V. / Johnson, J.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: The refined three-dimensional structure of an insect virus at 2.8 A resolution.
著者: Wery, J.P. / Reddy, V.S. / Hosur, M.V. / Johnson, J.E.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Ordered Duplex RNA Controls Capsid Architecture in an Icosahedral Animal Virus
著者: Fisher, A.J. / Johnson, J.E.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Structural Homology Among Four Nodaviruses as Deduced by Sequencing and X-Ray Crystallography
著者: Kaesberg, P. / Dasgupta, R. / Sgro, J.-Y. / Wery, J.-P. / Selling, B.H. / Hosur, M.V. / Johnson, J.E.
#3: ジャーナル: Proteins / 年: 1987
タイトル: Structure of an Insect Virus at 3.0 Angstroms Resolution
著者: Hosur, M.V. / Schmidt, T. / Tucker, R.C. / Johnson, J.E. / Gallagher, T.M. / Selling, B.H. / Rueckert, R.R.
履歴
登録1994年6月6日処理サイト: NDB
改定 1.01994年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conf / struct_conf_type
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET EACH SUBUNIT (A OR B OR C) IS ROUGHLY MADE UP OF TWO DOMAINS, A BETA-BARREL DOMAIN AND AN ...SHEET EACH SUBUNIT (A OR B OR C) IS ROUGHLY MADE UP OF TWO DOMAINS, A BETA-BARREL DOMAIN AND AN ALPHA-HELICAL DOMAIN. THE BETA-BARREL DOMAIN CONSISTS OF AN EIGHT-STRANDED ANTI-PARALLEL BETA-BARREL AND THE INSERTIONS BETWEEN THE STRANDS OF THE BARREL. THE BETA-BARREL CONTAINS TWO BETA SHEETS, ?BG AND ?CF (? CORRESPONDS TO A OR B OR C DEPENDING ON THE SUBUNIT). SHEETS ?BG AND ?CF EACH CONTAIN FOUR STRANDS (IN SHEET ?BG STRANDS 1, 2, 3, AND, 4 CORRESPOND TO STRANDS B, I, D, AND G, RESPECTIVELY, WHEREAS IN SHEET ?CF STRANDS 1, 2, 3, AND 4 CORRESPOND TO STRANDS C, H, E, AND F, RESPECTIVELY. THE LETTERS INDICATE THE ORDER OF THE STRANDS IN THE PRIMARY STRUCTURE). THERE IS ANOTHER SHEET ?EX, WHICH CONTAINS FOUR STRANDS (OF WHICH TWO ARE SHORT STRANDS) AND A PAIR OF PROTRUDING STRANDS, DESIGNATED AS ?PR BELONG TO THE SAME B-BARREL DOMAIN.
Remark 650HELIX THE ALPHA-HELICAL DOMAIN CONSISTS OF THREE ALPHA-HELICES (?H1, ?H2, AND ?H3), WHICH ARE ...HELIX THE ALPHA-HELICAL DOMAIN CONSISTS OF THREE ALPHA-HELICES (?H1, ?H2, AND ?H3), WHICH ARE LOCATED INSIDE THE PROTEIN CONTIGUOUS SHELL. (? CORRESPONDS TO A OR B OR C DEPENDING ON THE SUBUNIT).

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
N: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*UP*AP*UP*AP*UP*CP*U)-3')
A: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
D: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
B: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
E: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
C: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
F: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,94912
ポリマ－134,7487
非ポリマー2005
水3,747208
1
N: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*UP*AP*UP*AP*UP*CP*U)-3')
A: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
D: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
B: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
E: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
C: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
F: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,096,922720
ポリマ－8,084,898420
非ポリマー12,023300
水5,405300
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
N: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*UP*AP*UP*AP*UP*CP*U)-3')
A: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
D: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
B: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
E: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
C: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
F: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 675 kDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)674,74360
ポリマ－673,74235
非ポリマー1,00225
水45025
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
N: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*UP*AP*UP*AP*UP*CP*U)-3')
A: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
D: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
B: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
E: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
C: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
F: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 810 kDa, 42 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)809,69272
ポリマ－808,49042
非ポリマー1,20230
水54030
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
N: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*UP*AP*UP*AP*UP*CP*U)-3')
A: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
D: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
B: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
E: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
C: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
F: PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
ヘテロ分子
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 675 kDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)674,74360
ポリマ－673,74235
非ポリマー1,00225
水45025
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)362.000, 362.000, 362.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number208
Space group name H-MP4232
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
3generate(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)
4generate(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
5generate(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)
詳細BBV HAS AN ICOSAHEDRAL PENTAMER IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THIS FIVE-FOLD NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY WAS USED TO AVERAGE THE ELECTRON DENSITY MAP IN THE PHASE REFINEMENT PROCEDURE. THE FOUR TRANSFORMATIONS PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL GENERATE THE ADDITIONAL 12 OF THE 15 SUBUNITS COMPRISING THE PENTAMERIC UNIT WHEN APPLIED TO THE THREE SUBUNITS PRESENTED IN THIS ENTRY.

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*CP*UP*UP*AP*UP*AP*UP*CP*U)-3')


分子量: 3060.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)


分子量: 39436.656 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GROWN IN DROSOPHILA MELANOGASTER / 由来: (天然) Black beetle virus (ウイルス) / 属: Alphanodavirus / 参照: UniProt: P04329
#3: タンパク質・ペプチド PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)


分子量: 4459.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GROWN IN DROSOPHILA MELANOGASTER / 由来: (天然) Black beetle virus (ウイルス) / 属: Alphanodavirus / 参照: UniProt: P04329
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.2 / PH range high: 6.9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18.0 mg/mlvirus1drop
20.05 Msodium phosphate1reservoir
30.55 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
PROLSQ精密化
精密化解像度: 2.8→6 Å / σ(F): 4
詳細: THE ENDS OF THE THREE SUBUNITS (A, B AND C) AND ENDS OF THEIR CLEAVED PRODUCTS (BETA AND GAMMA) AND THE ORDERED PEPTIDE_ARM MIGHT HAVE UNACCEPTABLE STEREOCHEMISTRY. THESE RESIDUES ARE A 56, A ...詳細: THE ENDS OF THE THREE SUBUNITS (A, B AND C) AND ENDS OF THEIR CLEAVED PRODUCTS (BETA AND GAMMA) AND THE ORDERED PEPTIDE_ARM MIGHT HAVE UNACCEPTABLE STEREOCHEMISTRY. THESE RESIDUES ARE A 56, A 363, D 364, D 379, B 56, B 363, E 364, E 379, C 20, C 31, C 55, C 363, F 364, AND F 379.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.221 --
obs0.221 112000 67.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7403 201 5 208 7817
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.81
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.91.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.72
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 4 / Rfactor obs: 0.221 / Rfactor Rwork: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 22.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.030.03
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.0460.05
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.2080.15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る