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万見
- PDB-2bbk: CRYSTAL STRUCTURE OF THE QUINOPROTEIN METHYLAMINE DEHYDROGENASE F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bbk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE QUINOPROTEIN METHYLAMINE DEHYDROGENASE FROM PARACOCCUS DENITRIFICANS AT 1.75 ANGSTROMS
要素
  • METHYLAMINE DEHYDROGENASE (HEAVY SUBUNIT)
  • METHYLAMINE DEHYDROGENASE (LIGHT SUBUNIT)
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain ...Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Chen, L. / Mathews, F.S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Refined crystal structure of methylamine dehydrogenase from Paracoccus denitrificans at 1.75 A resolution.
著者: Chen, L. / Doi, M. / Durley, R.C. / Chistoserdov, A.Y. / Lidstrom, M.E. / Davidson, V.L. / Mathews, F.S.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1992
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Quinoprotein Methylamine Dehydrogenase from Paracoccus Denitrificans Determined by Molecular Replacement at 2.8 Angstroms Resolution
著者: Chen, L. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L. / Huizinga, E.G. / Vellieux, F.M.D. / Hol, W.G.J.
#2: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1992
タイトル: The Genetic Organization of the Mau Gene Cluster of the Facultative Autotroph Paracoccus Denitrificans
著者: Chistoserdov, A.Y. / Boyd, J. / Mathews, F.S. / Lidstrom, M.E.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1991
タイトル: Crystallographic Investigations of the Tryptophan-Derived Cofactor in the Quinoprotein Methylamine Dehydrogenase
著者: Chen, L. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L. / Huizinga, E.G. / Vellieux, F.M.D. / Duine, J.A. / Hol, W.G.J.
#4: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989
タイトル: Structure of Quinoprotein Methylamine Dehydrogenase at 2.25 Angstroms Resolution
著者: Vellieux, F.M.D. / Huitema, F. / Groendijk, H. / Kalk, K.H. / Frank Jzn., J. / Jongejan, J.A. / Duine, J.A. / Petratos, K. / Drenth, J. / Hol, W.G.J.
履歴
登録1993年12月17日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (HEAVY SUBUNIT)
L: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (LIGHT SUBUNIT)
J: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (HEAVY SUBUNIT)
M: METHYLAMINE DEHYDROGENASE (LIGHT SUBUNIT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,2794
ポリマ－106,2794
非ポリマー00
水10,016556
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11640 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area32520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.070, 135.920, 55.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO H 145
2: PHE H 193 - GLY H 194 OMEGA =218.52 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: CIS PROLINE - PRO J 145
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9928, -0.0483, 0.1095), (-0.0405, -0.7257, -0.6868), (0.1127, -0.6863, 0.7186)
ベクター: 119.012, 49.687, 12.331)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS H AND L WHEN APPLIED TO CHAINS J AND M, RESPECTIVELY.

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要素

#1: タンパク質 METHYLAMINE DEHYDROGENASE (HEAVY SUBUNIT)


分子量: 39411.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: P29894, EC: 1.4.99.3
#2: タンパク質 METHYLAMINE DEHYDROGENASE (LIGHT SUBUNIT)


分子量: 13728.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: P22619, EC: 1.4.99.3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE REDOX CENTERS OF MADH ARE LOCATED ON EACH L SUBUNIT. EACH IS COMPOSED OF THE SIDE CHAINS OF TWO ...THE REDOX CENTERS OF MADH ARE LOCATED ON EACH L SUBUNIT. EACH IS COMPOSED OF THE SIDE CHAINS OF TWO TRYPTOPHANS ON THE L SUBUNIT, LINKED BY COVALENT BOND BETWEEN TWO INDOLE RINGS. ONE INDOLE RING HAS AN ORTHO-QUINONE STRUCTURE. THIS DOUBLE-TRYPTOPHAN SYSTEM IS CALLED TRYPTOPHAN TRYPTOPHYL-QUINONE (TTQ). RESIDUE 57 OF CHAINS L AND M IS ACTUALLY TRYPTOPHYLQUINONE. THE ADDITIONAL OXYGEN ATOMS ARE PRESENTED AS RESIDUE OWQ AT THE END OF THE CHAINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein solution1drop
21.8-2.0 Mammonium sulphate1dropunbuffered
31.8-2.0 Mammonium sulphate1reservoirunbuffered

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.75→11 Å / σ(F): 2.7
詳細: THE SG ATOMS OF RESIDUES CYS L 23, CYS L 88, CYS M 23, AND CYS M 88 EACH ARE PRESENTED IN TWO ALTERNATE CONFORMATIONS. DURING REFINEMENT, THE OCCUPANCY WAS LEFT AT 1.0 FOR EACH CONFORMATION ...詳細: THE SG ATOMS OF RESIDUES CYS L 23, CYS L 88, CYS M 23, AND CYS M 88 EACH ARE PRESENTED IN TWO ALTERNATE CONFORMATIONS. DURING REFINEMENT, THE OCCUPANCY WAS LEFT AT 1.0 FOR EACH CONFORMATION WHILE THE B VALUES WERE REFINED. IN THIS ENTRY, THE OCCUPANCY OF THESE ATOMS HAS BEEN SET ARBITRARILY TO 0.5.
Rfactor反射数
obs0.167 111755
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7482 0 0 556 8038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 11 Å / Num. reflection obs: 111755 / σ(F): 2.7 / Rfactor obs: 0.167
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.913
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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