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- PDB-2b9s: Crystal Structure of heterodimeric L. donovani topoisomerase I-va... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b9s
タイトルCrystal Structure of heterodimeric L. donovani topoisomerase I-vanadate-DNA complex
要素
  • 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • DNA topoisomerase I-like protein
  • topoisomerase I-like protein
キーワードISOMERASE/DNA / topoisomerase I / vanadate complex / ISOMERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA replication / nucleolus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA Topoisomerase I; domain 2 / DNA Topoisomerase I, domain 2 / Yeast DNA topoisomerase - domain 1 / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 2 / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 1 / DNA topoisomerase I, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha/beta subdomain / Topoisomerase I C-terminal domain / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type, N-terminal domain superfamily ...DNA Topoisomerase I; domain 2 / DNA Topoisomerase I, domain 2 / Yeast DNA topoisomerase - domain 1 / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 2 / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 1 / DNA topoisomerase I, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha/beta subdomain / Topoisomerase I C-terminal domain / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type, N-terminal domain superfamily / : / Eukaryotic DNA topoisomerase I, DNA binding fragment / C-terminal topoisomerase domain / DNA Topoisomerase I (eukaryota) / DNA topoisomerase I, active site / Topoisomerase (Topo) IB-type active site signature. / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / DNA topoisomerase I / DNA topoisomerase I, catalytic core, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha-helical subdomain, eukaryotic-type / Eukaryotic DNA topoisomerase I, catalytic core / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Beta Complex / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
VANADATE ION / : / : / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase I-like protein / DNA topoisomerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Davies, D.R. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The Structure of the Transition State of the Heterodimeric Topoisomerase I of Leishmania donovani as a Vanadate Complex with Nicked DNA.
著者: Davies, D.R. / Mushtaq, A. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.
履歴
登録2005年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
E: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: topoisomerase I-like protein
B: DNA topoisomerase I-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6076
ポリマ－71,4925
非ポリマー1151
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.433, 106.102, 126.691
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a heterodimer consisting of one copy each of the large and small subunits and a DNA duplex.

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 CDE

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*T)-3'


分子量: 3061.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 3684.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 6705.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#4: タンパク質 topoisomerase I-like protein


分子量: 50903.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
遺伝子: topoisomerase I, large subunit (LdTOP1L) / プラスミド: pLysS / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: GenBank: 5305782, UniProt: Q9GPZ9*PLUS, EC: 5.99.1.2
#5: タンパク質 DNA topoisomerase I-like protein


分子量: 7138.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
遺伝子: topoisomerase I, small subunit (LdTOP1S) / プラスミド: pLysS / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: GenBank: 17528932, UniProt: Q8WQM6*PLUS, EC: 5.99.1.2

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非ポリマー , 2種, 131分子

#6: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1
詳細: 18% PEG 3350, 0.2 M Na2HPO4, 0.1 M LiCl, pH 9.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2Na2HPO411
3LiCl11
4H2O11
5PEG 335012
6Na2HPO412
7LiCl12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. all: 43803 / Num. obs: 43803 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 0.953
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / % possible obs: 71.6 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Num. measured obs: 3207 / Χ2: 0.812 / % possible all: 73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
Blu-Iceデータ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→43.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 6.412 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 2217 5.1 %RANDOM
Rwork0.231 ---
all0.233 43803 --
obs0.233 43746 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.498 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å20 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3---1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→43.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3715 889 3 130 4737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5972.1726725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9775475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.72623.523176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.23415577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0151524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.21869
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23121
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1850.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3520.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.49132452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3243810
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.85132957
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.78842915
LS精密化 シェル解像度: 2.273→2.332 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 126 -
Rwork0.337 2131 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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