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万見
- PDB-2b78: A putative sam-dependent methyltransferase from Streptococcus mutans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b78
タイトルA putative sam-dependent methyltransferase from Streptococcus mutans
要素hypothetical protein SMU.776
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / structure genomics / METHYLTRANSFERASE / caries
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase activity / methylation / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RlmI, PUA-like domain / PUA-like domain / RNA methyltransferase domain (HRMD) like / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Transcription Regulator spoIIAA / PUA domain superfamily / PUA-like superfamily ...RlmI, PUA-like domain / PUA-like domain / RNA methyltransferase domain (HRMD) like / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Transcription Regulator spoIIAA / PUA domain superfamily / PUA-like superfamily / Vaccinia Virus protein VP39 / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nan, J. / Wang, K.T. / Su, X.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A putative sam-dependent methyltransferase from Streptococcus mutans
著者: Nan, J. / Wang, K.T. / Su, X.D.
履歴
登録2005年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein SMU.776


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7351
ポリマ－43,7351
非ポリマー00
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.472, 50.659, 53.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein SMU.776


分子量: 43734.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8DUW5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.5251.3
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2891蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.5PEG8000, Sodium Cacodylate,Magnesium Acetates, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
2892蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.5PEG8000, Sodium Cacodylate,Magnesium Acetates, ethyl mercury thiosalicylate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極ENRAF-NONIUS FR59111.5418
回転陽極ENRAF-NONIUS FR59121.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
BRUKER SMART 60001CCD2005年3月17日MONTEL
BRUKER SMART 60002CCD2005年3月22日MONTEL
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MONTELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MONTELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 58372 / Num. obs: 52534 / % possible obs: 94.49 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.54 % / Rsym value: 0.0503 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / Rsym value: 0.1509 / % possible all: 74.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
PROTEUM PLUSデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 5086 8.7 %RANDOM
Rwork0.241 ---
all-41078 --
obs-38816 90 %-
溶媒の処理Bsol: 37.563 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 20.246 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.084 Å20 Å21.445 Å2
2---3.184 Å20 Å2
3---2.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3014 0 0 220 3234
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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